月球之战的余波尚未平息，秦逸与林婉在量子乱流中意外失散。秦逸被卷入一片由记忆碎片构筑的奇异空间，四周漂浮着他从村医到宇宙医者的过往片段：在青山村背着药箱穿行的身影、与苏瑶探讨医理的场景、和林婉并肩作战的瞬间……每一幅画面都在量子潮汐中扭曲变形，仿佛在质疑这些经历的真实性。
“秦逸！”林婉的声音突然在虚空中响起。秦逸循声望去，只见林婉的身影被禁锢在一块散发幽蓝光芒的晶体中。晶体表面布满裂痕，隐约能看到她石化的身躯正在缓慢复原，但眼神中却充满了恐惧与挣扎。“这里是熵蚀会的记忆牢笼，他们想……”林婉的话戛然而止，晶体表面泛起黑色纹路，将她的声音彻底阻断。
秦逸心急如焚，试图用神农传承的医道之力破除晶体。然而每次攻击，都会遭到记忆碎片的反噬——那些他曾救治过的生命，此刻化作虚影对他发起攻击。“秦逸，你根本救不了任何人！”“完美与残缺的争斗，不过是你的妄想！”刺耳的话语如同利刃，直刺他的内心深处。
就在秦逸濒临崩溃之际，白焰感应到了他的困境。带着医道星核的白焰闯入记忆牢笼，星核的光芒驱散了部分虚影。“秦前辈，这些都是熵蚀会制造的幻象！”白焰将星核的力量注入秦逸体内，“医道的真谛，在于直面生命的真相，而非逃避！”
在白焰的帮助下，秦逸终于看清了记忆牢笼的本质。他不再攻击，而是运转医道之力，将那些扭曲的记忆碎片一一抚平。随着他的动作，晶体表面的裂痕开始愈合，林婉的意识也逐渐清醒。“秦逸，熵蚀会正在利用混沌之种，企图将所有生命的记忆都化作他们的武器……”林婉虚弱地说道。
与此同时，现实世界中，熵蚀会的混沌增幅塔进入最终阶段。十二座增幅塔联结成阵，将混沌之种的力量扩散至整个宇宙。无数星球的居民陷入集体幻觉，曾经的伤痛记忆被无限放大，城市在混乱中崩塌。自由残缺派与火种重启派的联军节节败退，量子共振器在混沌能量的冲击下接连被毁。
秦逸、林婉和白焰从记忆牢笼中脱身，他们意识到，必须找到混沌之种的弱点。林婉凭借石化期间与星孩意识产生的共鸣，感知到混沌之种虽然强大，但因为融合了过多负面能量，其核心存在着致命的不稳定。“就像人体的病灶，看似强大，实则是阴阳失衡的体现。”林婉分析道。
三人决定兵分三路。白焰带着剩余的医道星核，前往银河系中心，利用星核的力量干扰混沌增幅塔的能量联结；林婉则凭借石化后获得的特殊能力，潜入熵蚀会总部，寻找关闭增幅塔的密钥；秦逸则直面混沌之种，用医道之力引导其能量走向平衡。
秦逸来到混沌之种所在的虚空，面对这个不断膨胀的黑色球体，他感受到了前所未有的压力。混沌之种表面浮现出无数张痛苦扭曲的面孔，正是被它吞噬的生命记忆。“你以为自己能改变什么？”混沌之种发出低沉的嘶吼，“所有的生命，终将在混沌中湮灭！”
秦逸没有退缩，他调动体内的神农医道，同时召回了与星孩融合时的部分力量。“生命的意义，不在于完美无缺，而在于在残缺中不断成长！”他的双手绽放出耀眼的光芒，如同太阳升起，驱散了周围的黑暗。在光芒的照耀下，混沌之种表面的黑色纹路开始消退，那些痛苦的面孔也逐渐平静。
林婉在熵蚀会总部的战斗同样激烈。她巧妙地利用石化能力，将敌人的攻击反弹回去。最终，她在首领的密室中找到了增幅塔的控制密钥。然而，首领早已在此设下埋伏，一场惊心动魄的对决就此展开。
白焰这边，他将医道星核嵌入银河系中心的黑洞边缘。星核与黑洞的引力产生共鸣，形成强大的能量漩涡，将混沌增幅塔的能量源源不断地吸入其中。增幅塔开始出现裂痕，熵蚀会的阴谋即将破产。
在秦逸的努力下，混沌之种终于停止膨胀，逐渐缩小成一颗散发柔和光芒的种子。这颗种子蕴含着混沌与秩序的双重力量，象征着新的平衡即将建立。林婉及时赶到，将控制密钥插入增幅塔核心，十二座增幅塔轰然倒塌。
宇宙终于迎来了短暂的宁静。秦逸、林婉和白焰站在一片重生的星云中，望着眼前的景象，心中感慨万千。他们知道，医道的轮回仍在继续，新的挑战或许就在前方，但只要坚守对生命的敬畏与尊重，就一定能找到属于自己的道路。