月球的能量风暴平息后，宇宙却陷入更深层的紊乱。熵蚀会利用窃取的星孩能量，在人马座旋臂深处激活了十二座“混沌增幅塔”。这些由黑色晶体堆砌的巨型建筑如同寄生在宇宙脉络上的肿瘤，不断吞噬周边恒星的光能，将其转化为能瓦解物质结构的熵化射线。首批遭受攻击的是“翡翠星链”——三颗以生态医疗闻名的星球，在射线笼罩下，植被瞬间碳化，水体沸腾成毒雾，数十亿居民的身体化作闪烁的量子尘埃。
自由残缺派的侦查卫星捕捉到异常能量波动时，领袖的生命已进入倒计时。他躺在由苏瑶药晶碎片改造的治疗舱中，皮肤下的血管泛着诡异的紫黑色，却强撑着启动全息会议：“熵蚀会的目标是彻底打破宇宙的熵平衡...他们想让一切回归混沌原点。” 话音未落，剧烈的咳嗽震得治疗舱警报大作，年轻学者看着监测仪上的数据，眼眶通红：“您的基因链已经断裂超过70%...” 领袖却抬手阻止他继续说下去：“去联系白焰，星孩融合时的能量共振，或许能...” 话未说完，他的意识已陷入黑暗。
白焰在量子空间获得的光莲之力，正以意想不到的方式觉醒。当他驾驶飞船途经“锈骨星域”时，探测到一艘被熵化射线重创的医疗舰。舰体外壳布满蛛网状裂痕，内部数百名医护人员的身体正在经历分子级解构。白焰眉心的光莲突然迸发强光，他本能地伸出手掌，光流所及之处，消散的分子重新聚合，断裂的基因链自动修复。但治疗结束后，他剧烈呕吐出带着星光的血沫——光莲之力在对抗熵化能量时，正在反噬他的本源。
火种重启派内部也在经历分裂。部分科学家在研究《医道起源》后，对“完美基因”理念产生动摇。首席科学家的得意门生艾琳，偷偷将实验室里的归墟引擎残片数据上传至公共星域：“我们都成了疯狂计划的帮凶！看看这些数据，引擎最初的设计目的是守护生命多样性！” 她的举动引发轩然大波，支持者与顽固派在总部大楼爆发械斗。混乱中，一枚失控的能量弹击中存放星孩胚胎研究资料的服务器，珍贵数据在爆炸中化作纷飞的光屑。
熵蚀会的首领此时正在混沌增幅塔核心，将收集的星孩能量注入一个巨大的胚胎状容器。容器表面浮现出类似星孩的轮廓，却缠绕着毒蛇般的黑色纹路：“真正的星孩被那些蠢货搞成了四不像...只有我能孕育出纯粹的混沌之种。” 他癫狂地大笑时，十二座增幅塔同时亮起猩红光芒，一道横跨百万光年的熵化光束射向银河系中心的黑洞——他们企图用黑洞的吞噬力，将整个宇宙拖入熵寂深渊。
自由残缺派联合新倒戈的火种重启派科学家，组成“逆熵联盟”。他们发现，若要阻止熵化光束，必须在其路径上建立能量对冲场。洛影主动请缨带队执行最危险的任务——在光束必经的“碎星带”部署三百座量子共振器。碎星带布满因超新星爆发形成的高速陨石，每颗陨石都携带着足以摧毁战舰的动能。当联盟舰队进入区域时，陨石群突然产生诡异的磁场变化，无数陨石表面浮现出熵蚀会的蛇形图腾，如同一支机械虫群扑向舰队。
白焰在收到联盟求援信号的同时，再次进入量子空间。这一次，融合后的星孩以少年形态现身，他的左眼闪耀着治愈之光，右眼却流淌着黑色能量：“熵蚀会触碰了不该触碰的禁忌...混沌之种若诞生，连我也无法阻止宇宙坍缩。” 星孩将一缕融合能量注入白焰体内：“去找齐散落在宇宙的‘医道星核’，它们是初代神农为平衡熵增留下的后手。” 白焰苏醒时，导航系统自动标记出七个闪烁的坐标，最近的一个，竟指向被熵蚀会摧毁的翡翠星链废墟。
在翡翠星的焦土上，白焰找到了第一颗医道星核。这颗拳头大小的晶体内部，封存着无数生命的记忆与治愈力量。当他握住星核的瞬间，数以万计的全息影像在废墟上空浮现：孩童欢笑奔跑、医者彻夜救治、情侣在星空下相拥...这些美好的画面却在熵化射线的侵蚀下化作灰烬。白焰攥紧星核，指甲深深刺入掌心：“不会再有更多牺牲了。”
此时，熵化光束已逼近银河系中心。逆熵联盟的量子共振器仅完成60%部署，洛影看着蜂拥而至的陨石虫群，咬牙启动战舰的自毁程序：“所有人员撤离！我来为共振器争取时间！” 巨大的爆炸在碎星带炸出绚丽的火花，为后续部署争取到了关键的三分钟。而在混沌增幅塔核心，混沌之种即将破茧，它的第一声“啼哭”，让整个宇宙的星光都黯淡了一瞬。