在叮咚流淌的小溪边，有一座特别的图书馆。它没有屋顶，没有墙壁，书架是溪边的大石头，书本是光滑的鹅卵石，每块石头上都藏着一个故事。图书馆的管理员是一只背着小布包的小青蛙，他的名字叫呱呱，因为他说话总是带着“呱呱”的尾音，像在给故事伴奏。
呱呱的皮肤是翠绿色的，背上有几颗星星形状的斑点，那是妈妈给他的“故事印记”，据说有了这个印记，就能听懂石头的语言。每天清晨，当第一缕阳光穿过树叶洒在溪水上，呱呱就会背着布包出门，踩着露水去检查他的鹅卵石书本——有的石头可能被溪水冲歪了，有的石头上的字迹可能被雨水打湿了，他要及时用松脂把故事重新“写”上去。
这些鹅卵石书本可神奇了。扁扁的石头上是长长的故事，圆圆的石头上是甜甜的故事，带着花纹的石头上是冒险故事，而最光滑的石头上，藏着只有在月光下才能看见的秘密故事。要想听故事，不用翻开书页，只要把鹅卵石放在耳边，轻轻哈一口气，石头就会“沙沙”地讲起来，像风吹过树叶的声音。
“今天要给石头们晒太阳啦，呱呱。”住在老柳树上的纺织娘奶奶说，她的声音像纺车转动一样轻柔，“昨天的暴雨把故事都打湿了，特别是那块讲彩虹的石头，我听见它夜里在偷偷哭呢。”
呱呱赶紧蹦到彩虹石旁边，果然，石头上的彩色纹路变得模糊了。他从布包里掏出松脂和羽毛笔，那是用天鹅的羽毛做的，笔尖蘸上松脂，就能在石头上写字。“别难过呀，彩虹石，”他一边修补一边说，“我把你的颜色重新描亮，比以前更好看，呱呱。”
彩虹石好像听懂了，表面慢慢变得光滑起来。这是一块椭圆形的鹅卵石，上面有红、橙、黄、绿、蓝、靛、紫七种颜色的纹路，讲的是雨后彩虹如何帮助迷路的小蚂蚁回家的故事。这是呱呱最喜欢的故事之一，每次听到小蚂蚁终于找到家的时候，他都会高兴地跳进溪水里打个滚。
正忙着，溪水下游传来“哗啦哗啦”的声音，一只背着贝壳书包的小乌龟慢吞吞地爬过来，脖子伸得长长的，东张西望。“请问……这里是能听故事的图书馆吗？”他的声音怯生生的，像怕惊扰了谁。
呱呱蹦到他面前：“是啊是啊，这里是鹅卵石图书馆，呱呱！你想听什么故事呀？冒险的、甜甜的还是勇敢的？”
小乌龟的眼睛亮了亮，又很快低下头：“我想听……让人不害怕的故事。我今天第一次离开家，要去河对岸找爷爷，可溪水太深，我不敢过，听说这里的故事能让人变勇敢。”他的贝壳书包上还沾着泥点，显然是爬了很远的路。
呱呱拉着他来到一块扁平的青石头旁：“这是‘勇敢的小鱼’故事石，你听听看，呱呱。”他帮小乌龟把石头放在耳边，又轻轻哈了口气。
石头“沙沙”地开始讲故事：小溪里有一条怕黑的小鱼，总是不敢游出浅水区，直到有一天，他的朋友小虾米掉进了深水区的漩涡里，小鱼鼓起勇气，在萤火虫的帮助下游进黑暗的深水区，终于把小虾米救了上来。从那以后，小鱼发现黑暗里不仅有害怕，还有会发光的萤火虫和会唱歌的夜虾。
故事讲完了，小乌龟的脖子伸得更长了：“小鱼后来还怕黑吗？”
“不怕啦，”呱呱指着溪水深处，“他现在每天晚上都带着萤火虫游来游去，帮迷路的小动物照路呢，呱呱。你看，勇敢不是不害怕，是害怕的时候还敢往前走。”他又找来一块带着波浪纹的石头，“这是‘过河的小乌龟’故事石，讲的是一只小乌龟如何找到过河的勇气，你肯定喜欢。”
小乌龟捧着故事石，认真地听起来。呱呱趁机去整理其他的石头：讲友谊的蒲公英石，讲坚持的蜗牛石，讲分享的松鼠石……每块石头都有自己的位置，按照故事的类型排列在溪边的石头架上，就像人类图书馆里的书架一样整齐。纺织娘奶奶说得对，故事需要被好好照顾，才能一直流传下去。
“我想明白了！”小乌龟突然说，把故事石小心地放回原位，“小鱼能勇敢地救朋友，我也能勇敢地过河！我可以沿着溪边找浅水区，或者找一根浮木当小船。”他从贝壳书包里掏出一颗光滑的雨花石，“这个送给图书馆，是我在河边捡的，上面有星星的花纹，也许能用来讲星星的故事。”
呱呱高兴地接过雨花石：“太棒啦！这是新的故事石，我们可以一起编一个星星帮助小乌龟过河的故事，呱呱！”他送小乌龟到溪水边，指着不远处的浅滩：“从那里过河最安全，水只到你的壳边，我在岸边陪着你，要是害怕就喊我，我给你讲一半的故事，等你过来再讲另一半。”
小乌龟点点头，小心翼翼地走进溪水里。呱呱在岸边蹦来蹦去，大声讲着故事：“从前有一颗小星星，它觉得自己不够亮，总是躲在云朵后面……”小乌龟一边听故事，一边往前爬，不知不觉就到了河对岸。他转过身，对着呱呱挥挥爪子：“谢谢你！等我从爷爷家回来，就把过河的故事讲给你听，让你刻在新石头上！”
送走小乌龟，呱呱继续整理图书馆。他发现一块讲月亮的故事石不见了，那是一块带着银色光泽的石头，讲的是月亮如何跟着夜行的小动物回家的故事。“肯定是被调皮的小松鼠搬走了，呱呱。”呱呱无奈地摇摇头，小松鼠总喜欢把亮晶晶的石头搬回树洞里当玩具。
他沿着溪边往松鼠家的方向跳，嘴里哼着找石头的儿歌：“石头石头亮晶晶，藏在草丛不吭声，故事等着小朋友，快出来呀行不行……”没走多远，就听见树洞里传来“呜呜”的哭声，像小石子落在空罐子里。
呱呱扒着树洞往里看，小松鼠正抱着月亮石哭呢，眼泪把石头都打湿了。“怎么了呀，小松鼠？”呱呱轻声问。
小松鼠委屈地说：“我想把月亮石搬回家当夜灯，可它不亮，还总是‘沙沙’地哭，说想念图书馆的朋友们。我不是故意偷石头的，我只是晚上一个人睡觉害怕，想要月亮陪着我。”
呱呱跳进树洞，摸了摸月亮石：“月亮石的光是故事变的，离开图书馆的故事家族，它就不亮了。不过你别难过，我们可以在你的树洞旁建一个‘故事角’，把月亮石和其他的星星石放在那里，晚上你既能听故事，又能让石头们团聚，呱呱。”
小松鼠立刻不哭了：“真的吗？我可以帮忙搬石头！我还能找松针当垫子，让故事角更舒服。”他赶紧把月亮石抱出来，又从树洞里掏出自己藏的坚果：“这些送给图书馆，作为我借石头的礼物。”
他们一起在松鼠树洞旁的大石头上布置故事角，放上月亮石、星星石，还有一块讲萤火虫的故事石。呱呱教小松鼠怎么听故事：“要轻轻摸石头，对它说‘请讲故事吧’，它就会告诉你月亮和星星的秘密，呱呱。”小松鼠试着听了听，果然，月亮石开始“沙沙”地讲故事，小松鼠的眼睛瞪得圆圆的，再也不害怕了。
傍晚的时候，鹅卵石图书馆变得热闹起来。放学的小兔子们来听睡前故事，她们最喜欢讲花朵的故事石，每次听完都要在石头旁放上一朵新鲜的小花；晚归的小刺猬来听冒险故事，他说听完故事就有勇气穿过黑漆漆的草丛回家；连忙碌了一天的蜜蜂们，也会飞来听一会儿讲蜂蜜的故事石，放松一下翅膀。
呱呱坐在最大的故事石上，看着大家认真听故事的样子，心里甜甜的。他的布包里装着今天收集的新故事素材：一片带着露珠的枫叶，一颗被小鸟啄过的浆果，一根闪闪发光的羽毛，这些都能变成明天故事石上的新内容。纺织娘奶奶说得对，故事不是凭空来的，是从森林的每个角落收集来的——风吹过的声音，花开的样子，小动物们的经历，都能变成好听的故事。
“呱呱，今天有新故事吗？”小刺猬问，他的背上还背着没吃完的野果。
呱呱从布包里掏出一块新捡的石头，上面还没有刻故事：“有呀！今天要讲‘勇敢的小乌龟过河’的故事，呱呱。大家谁愿意帮忙一起编？小乌龟说他回来后会讲更多细节，但我们可以先编开头。”
小兔子说：“小乌龟的壳上可以画地图，这样就不会迷路了。”小松鼠说：“可以有小鱼帮他指路，告诉他哪里水浅。”蜜蜂说：“要加一点蜂蜜的甜味，让故事更温暖。”大家你一言我一语，一个新的故事就在石头上慢慢成形了。
天黑了，萤火虫们提着灯笼飞来，给故事石们照亮。呱呱开始给每块石头盖上树叶“被子”，防止露水打湿故事。他轻声对石头们说晚安：“今天辛苦啦，明天见，呱呱。”石头们好像在回应他，表面反射着萤火虫的光，像在眨眼睛。
回到自己的荷叶小屋，呱呱还在回想今天的故事。他把小乌龟的故事、小松鼠的故事都记在心里，准备明天刻在新的石头上。他的布包里还有一块特别的石头，是妈妈留给她的“空白故事石”，妈妈说，这块石头要等他找到最珍贵的故事才能刻，而现在，他好像慢慢找到了——最珍贵的故事不是冒险，不是魔法，而是朋友们互相帮助、彼此温暖的点点滴滴。
第二天清晨，呱呱在溪边发现了一个惊喜：小乌龟回来了！他的贝壳书包里装满了河对岸的故事，还有爷爷给他的“勇气贝壳”，据说能给故事石增加勇气的力量。“我过河的时候一点也不害怕，”小乌龟骄傲地说，“我想起小鱼的故事，就找了一根浮木当小船，还遇到了好心的水鸟哥哥，他帮我指了路。”
呱呱高兴地把小乌龟的故事刻在空白故事石上，用勇气贝壳的粉末做颜料，让故事石闪闪发亮。他把新故事石放在图书馆最显眼的位置，旁边放上小乌龟带来的河对岸的鹅卵石，告诉大家：“故事就像溪水一样，会流到很远的地方，也会从很远的地方流回来，把不同的温暖和勇气带到我们身边，呱呱。”
越来越多的小动物知道了鹅卵石图书馆，他们不仅来听故事，还带来自己的故事和石头：小蚂蚁带来了搬运食物的故事，刻在小小的沙砾石上；小鹿带来了森林深处的秘密故事，刻在带着花纹的玛瑙石上；连平时最害羞的刺猬妈妈，也带来了养育宝宝的故事，刻在一块温柔的粉石头上。
图书馆的故事石越来越多，从溪边一直延伸到森林边缘，像一条长长的故事项链。呱呱和朋友们一起建了石头屋顶，挡住雨水；铺了树叶小路，方便大家行走；还在周围种满了会发光的苔藓，晚上也能听故事。纺织娘奶奶说，这已经不是普通的图书馆了，是森林的“故事心脏”，每个故事都在里面跳动，把温暖和快乐传到森林的每个角落。
秋天来的时候，鹅卵石图书馆举办了第一届“故事节”。小动物们带来自己最喜欢的故事石，轮流讲故事；小松鼠的故事角表演了“月亮和星星”的故事剧；小乌龟用河对岸的石头搭了一座“故事桥”，让两边的故事石能“互相串门”；呱呱则把所有新故事刻在一块最大的石头上，作为图书馆的“故事全家福”。
故事节的最后，大家一起在溪边放漂流瓶，每个瓶子里都装着一片写着小故事的树叶，让溪水把故事带到更远的地方。呱呱相信，这些故事一定会像溪水一样，找到新的朋友，新的家，然后变成新的故事石，出现在新的图书馆里。
夜晚，故事节结束了，小动物们都回家了。呱呱坐在故事全家福石上，看着溪水静静地流淌，月光洒在水面上，像撒了一层银粉。每块故事石都在月光下闪闪发亮，仿佛在轻轻讲述今天的快乐。他摸了摸背上的星星印记，想起妈妈说的话：“故事是有生命的，你用心对待它，它就会用心温暖你。”
现在，他终于明白了这句话的意思。鹅卵石图书馆里的每个故事，都藏着小动物们的欢笑、泪水、勇气和善良，这些情感让冰冷的石头变得温暖，让简单的纹路变得生动，让每个来到这里的小动物，都能找到属于自己的那份力量和快乐。
溪水还在叮咚流淌，带着故事的声音流向远方；故事石还在静静等待，准备把新的温暖讲给每个到来的朋友听。而小青蛙呱呱，依然每天背着布包，检查他的故事石，收集新的故事，用他“呱呱”的声音，给森林里的每个夜晚，都送上甜甜的、暖暖的故事梦。他知道，只要溪水还在流，只要还有人愿意听故事、讲故事，鹅卵石图书馆就会永远存在，把爱和勇气，像溪水一样，永远传递下去。