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鲁迅在教育部教材司主事的位置上，以人性和人类文明的角度，重新编修了中国历史的教科书，越是苦难的历史，越记载得详细，对一些历史人物和历史事件重新评价，引起社会巨大的争议，比如秦始皇焚书坑儒，坑杀几十万降卒，被列为千古暴君，汉武帝的罢黜百家，独尊儒术，被认为是中华民族思想史上最黑暗的一天，过去所谓的康乾盛世，也被鲁迅挖出很多文字狱来，并且对清朝取代明朝，鲁迅认为这是历史的倒退，满清野蛮封闭的制度，思想上的禁锢，造成了中国近代的落后。太平天国的运动，被认为是洪秀全等农民装神弄鬼的造反。
报纸上很多保守的人受不了，连篇累牍攻击鲁迅数典忘祖。鲁迅则以“中国一些遗老遗少，总爱无中生有，移花接木造出一些故事来，他们不但歌颂生平，还粉饰黑暗”，“有缺点的战士终究是战士，宝贵的苍蝇始终是苍蝇”等在报纸上公开回应。
教育部总长严复拿着鲁迅主编的历史教科书去找宋骁飞，宋骁飞看了之后，表示赞赏。在1907年春，还任命鲁迅为教育部副部长，让他到各大学去“煽风点火”，要给中华民族来一场文化的大革命。
鲁迅履新职后，去的第一站，就是国立北京大学，校址在北京市景山东街，也就是现在景山公园附近。北京大学是北方的最高学府，中华共和国最早成立的四所国立综合性大学之一，其他分别是中部的国立武汉大学，上海的国立上海大学，南方的国立广州大学。这四所大学是中国思想的发源地。
那天是北京大学崇实学院的开办仪式，仪式隆重之至。大总统宋骁飞不仅亲自为崇实学院题写了院名，还率内阁总理盛宣怀，教育总长严复。司法总长梁启超一并出席，规格礼遇之高，着实罕见。连《纽约时报》驻中国的记者莫理循，嗅到一丝不同寻常的味道。也通过美国公使向外交部门提出申请，希望这天能参加。宋骁飞表示同意，并且让外交部发出公告，表示凡是愿意参加的西方记者，都欢迎参加。而且这次活动，报纸上还发出公告，征集三十读者参加。
举行完隆重热烈的相关仪式后，鲁迅并没有立即离去，将所有的学子们都召集到礼堂里面，作有关教育改革的重要形势报告。礼堂里面黑压压的沾满了将近两千名学子。各部官员和北京高校的教习们站在两侧。
站在人群中的鲁迅微微弯下腰去，鞠躬行礼，目光却带着些许的激动，缓缓走到人群前面。鲁迅的八字胡翘起，也许是太累的缘故。他面容看起来消瘦和苍白，嘴角带着一丝浅浅的但却是无比自信的笑容走到人群前面，平静的注视着下面的人群。
鲁迅的演讲，先对政府的政策表示赞许，说：“近十年来，大总统颁布了一系列法令，设立农工商局、路矿总局。提倡开办实业；修筑铁路，开采矿藏；组织商会；改革财政，在政治上，广开言路，开放报禁；;设译书局，派留学生；奖励科学著作和发明。科技强军。这些革新政令，目的在于学习科学技术和经营管理制度，使国家富强。效果也很好。但是，我们的思想还不够解放。
看见底下议论纷纷，鲁迅停顿了一会。大声说：“连满清的光绪皇帝，在《定国是书》都知道说：数年以来，中外臣工讲求时务，多主变法自强……惟是风气尚未大开，论说莫衷一是，或托于老成忧国，以为旧章必应墨守，新法必当摈除，众喙哓哓，空言无补……嗣后中外大小诸臣，自王公以及士庶，各宜努力向上，发愤为雄，以圣贤义理之学，植其根本，又须博采西学之切于时务者，实力讲求，以救空疏迂谬之弊。”
说到这，鲁迅清了清嗓子，提高了声调：“其实这世间的学问，不分东西，是就是，不是就不是。譬如逻辑，难道还分西方逻辑和东方逻辑两种吗？这种逻辑，本身就是很可笑的。”
众人迟疑了片刻，知道鲁迅又要放炮了，议论纷纷。有些人说话的声音还有点大：“我从识字开始，就在研究中国传统文化的治国之道。世间的道或许有所不同，但是我一直在想，对于中国这样一个人口众多，地域宽阔的国家，什么才是真正的大道，什么才是让国家振兴之道!我把目光投向了历史，几百年前，有一个姓王的人，叫王阳明，这个人大家肯定都是知道的，他曾经说过一句话，破山中贼易，破心中贼难。我们每个人要论清世间的大道，首先就要破除这心中之贼。大总统曾经把这个叫做‘解放思想’，我是赞同的。孝悌忠信礼义谦，我也是赞同的。 但是中国文化，最大的贼，就是伪善，知行不合一，特别是官员，说一套做一套，这就是伪善!平常大家学习程朱理学，学到的无非是存天理，灭人欲。可是翻翻我们的历史，历朝历代，靠圣人之学，仁义道德当真就能够治国平天下了?满口仁义道德是无法挽救一个国家的危亡的，你们想想，当官的所学四书五经、苦苦研习的八股文，能够抵抗洋人的坚船利炮吗?能够改变贪腐横行，土地兼并，流民千里，国家积弊丛生的局面吗?重名节而轻实务，这里面隐藏着的其实就是虚伪和虚弱。”
宋骁飞听后，带头给鲁迅鼓掌，礼堂里顿时响起了雷鸣般的掌声。鲁迅望了宋骁飞一眼，他的眼神充满了鼓励和支持，便大胆继续说：“道德改变不了一个人的命运，也根本不了一个国家的命运，空谈道德仁义，就是世间最大的伪善。所以，我们要依法治国，而这不是以德治国。中国传统知识分子的政治思维，无非是期待出个圣君，或者圣人，告诉人们天道，然后他站在拜相台上，挥一挥衣袖，四海升平，人民尊礼守法。孔子是这么想的，王莽是这么想的，李白也是这么想的。但翻开历史，上下五千年，中国道德的卫道士辈出，贞节牌坊立了不少，天下长治久安了吗？所以我们今天北京大学新成立的学院，叫崇实学院，就是要我们崇实去浮。”
礼堂有学生开始较好，点头称赞。鲁迅继续说：“中国文化第二个贼，就是守旧。我们喜欢说，从来如此，就要怎么样。不管什么事，从来如此，好像就是理所当然。孔子就把周朝的礼制当成宝贝。中国士大夫沉浸于章句小楷之积习，武夫悍卒又多粗蠢而不加细心，以致所用非所学，所学非所用。无事则嗤外国之利器为奇技术巧，以为不必学;有事则惊外国之利器为变怪神奇，以为不能学。但是，大家想过没有，从来如此，便对么? 世间没有一成不变的道理，天下事穷则变，变则通。今日的世势，乃是三千年未有之大变局，因循守旧，固步自封，只会让我们这个国家越来越落后，越来越衰弱。长此以往，国将不国。”
整个礼堂内鸦雀无声，最初的窃窃私语都没有了，只有一片凝重的让人窒息的沉默。鲁迅继续说，“中国文化的第三个贼，就是糊涂，不讲逻辑。这一点突出表现在一些俚语中。可以举太多的例子。比如俗话说：宰相肚里能撑船；可俗话又说：有仇不报非君子！俗话说：男子汉大丈夫，宁死不屈；可俗话又说：男子汉大丈夫，能屈能伸！俗话说：人不犯我，我不犯人；可俗话又说：先下手为强，后下手遭殃！俗话说：一个好汉三个帮；可俗话又说：靠人不如靠己！俗话说：瘦死的骆驼比马大；可俗话又说：拔了毛的凤凰不如鸡！俗话说：宁为玉碎，不为瓦全；可俗话又说：留得青山在，不怕没柴烧！俗话说：浪子回头金不换；可俗话又说：狗改不了吃屎！俗话说：苦海无边，回头是岸；可俗话又说：开弓没有回头箭！俗话说：退一步海阔天空；可俗话又说：狭路相逢勇者胜！俗话说：后生可畏；可俗话又说：嘴上无毛，办事不牢！俗话说：得饶人处且饶人；可俗话又说：纵虎归山，后患无穷！俗话说：善有善报，恶有恶报；可俗话又说：人善被人欺，马善被人骑！俗话说：人人为我，我为人人；可俗话又说：人不为己，天诛地灭！俗话说：百事孝为先；可俗话又说：忠孝不能两全！俗话说：明人不做暗事；可俗话又说：兵不厌诈。如此总总，让人无所适从。于是就有高人站出来，说‘难得糊涂’。总之，中国文化总的来说是颠三倒四的，什么事都耍小聪明，喜欢和稀泥。这是全民族的失败，我们必须有新的文化，真正把中国人的心灵提高到理性水准，这样才能跟世界对话，不至于愚蠢到再拿义和团刀枪不入的神功去抵挡洋枪洋炮。我们必须通过坦率分析，去除中国人思维颠三倒四的非理性因素。”
说到最后，鲁迅总结说：“伪善、守旧、糊涂，就是中国文化的三大贼，希望在座诸君，崇实去浮，能够破除心中之贼，以中国的强盛为己任，不骄狂，不自卑，正视现实，为民族复兴发愤图强。”
宋骁飞听了，第一个站起来为鲁迅的精彩演讲鼓掌。那些怀疑鲁迅那么年轻就当教育部副部长的人，也闭上了嘴巴，北京大学的礼堂响起雷鸣般的掌声！