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1898年底，世界主要强国陆军兵力的人数: 俄国：116.2万人, 法国：71.5万人,英国：62.4万人,德国：52.4万人,奥匈帝国：38.5万,中国25万人, 美国：9.6万。虽然人数并不决定战斗实力,而且中国的新军武器也比较先进,还有近百辆原始坦克,但要彻底征服俄国一百多万陆军,不是那多容易,宋骁飞决定先进行国内的训政改革，再等待合适的时机。
此时，中国义务教育普及到小学阶段,农村很多地方都开了夜校,文盲越来越少，加之中国人本来就有“万般皆下品惟有读书高”的传统观念，全国高等的学堂发展到一千多少所，城市里的青年学生达到五十多万人，成为不可忽视的一个阶级。
在宋骁飞的第一个任期内,梁启超、严复等人都觉得松散的联邦制将使国家软弱可欺，支持中央集权，各省的民政长（省长）也都由北洋将领兼任，除了张之洞、刘坤一、王韶文控制的七个省外，所有内地省份都被宋骁飞控制了。作为一个具有现代思想的人，宋骁飞推崇严格的管理手段和行政法规，强调官场纪律，规整政府机构，任用自己认为可靠的人，比如席家的兄弟和姐妹，并且把国内的稳定放在首位，不顾一切要消除不可预料的事情的强烈*，有时候让人望而生畏，这很容易让人误以为宋骁飞热衷于贪求不受道义制约的个人权利，成为中国实质上的“皇帝”。各省越来越多的人也对北洋将领的军政独裁造成的*表示不满，宋骁飞惩一儆百，革掉张勋的云南省都督一职，将他手下的三十个营裁撤到三个营，调往徐州驻防。开始由军政阶段往训政阶段转变。
刚开始，宋骁飞还是野心勃勃，坚持通过复兴党一党执政，建立一个强有力的中央政府。控制军队和报纸舆论，他认为这最适合中国的国情，货币改革的顺利进行、战败日本和西班牙，也正说明了这一点。到1899年初，盛宣怀的内阁甚至希望完全撤销省级行政单位的公开政策，但宋骁飞为了避免引起张之洞、刘坤一、王韶文的反对，表示不愿步子一下子迈太大。
1899年春节刚过，宋骁飞迈出了全国训政的第一步，颁布了大总统一号令，在削弱各省都督权力的基础上。加强各省的民政长官的权力，宣布由各省的民政长官主管省内税收和县知事的任免，各省都督不再参与民政事务。宋骁飞还让中央组织部选拔称职的文职官员，特别是对县知事一级的人选，考试的内容不再是四书五经。而是行政法规和一般的知识，数千人在北京参加考试。
通过一系列强有力的改革，在这场整肃官场的运动中，中央的权威大大加强，地方对中央政府的指示也落实得很快，国会很快通过了新的《刑法》、《民商法》、《行政法》。宋骁飞通过复兴党的《中央日报》向全国阐述了他的想法：今天妇孺嘴上都知谈平等一词，而平等只是在法律面前人人平等。并不意味着行政等级之分应予取消或者每个人都是一样的，并不意味着个人皆可否定法律，自立准绳，或者在经济上人人均等。自由是另一华丽的现代词，但它是限制在法律范围之内的，在此范围之内人是自由的。不受限制的自由。这个东西是不存在的。法律的最高目标，是保障自由，正所谓法无明令则政府不禁止。共和也是一个雅致的词，但外国人对这个术语的理解，是在国内有普遍的发言权。而不是全民都必须干涉政府的行动。这种干涉除了造成混乱之外，还可能造成什么结果呢？至于民权这个术语，除了选举总统的最高特权外，它还包括代议权、选举权、监督权，但切不可理解为民众直接处理行政。
在宋骁飞领导的革新运动中，政府还恢复了监察制度，成立中国廉政公署，专门惩治官吏*，同时也为官员们提高了薪水和高额养老金的胡萝卜。
但每一场改革，必定会损害一部分人的利益。宋骁飞实行训政，损害的，首先是北洋军官的利益。驻扎在四川的第三师师长曹锟等人对宋骁飞提倡文官法治、削弱都督的权力心怀不满，他又是宋骁飞的老部下，地方的警察很难将曹锟的一万新军限制在军营里。
有一次，曹锟手下的一个团长叫李兴，带着两个心腹去青楼喝花酒，不给钱不说，还动手打了陪他们的姑娘，结果青楼的老妈子叫护院把他们打了一顿。李兴大怒，当即赶回军营带兵把青楼给砸了。当时青楼也还是合法生意，当地警察局局长带着四个警察局赶到，李兴等人将警察也打了，容蓉的《强国报》披露这件事后，全国的舆论哗然，纷纷要求曹锟辞职。
当时，根据日本与八国签订的停战条约，日本解散了海军和陆军，中国依照日本投降的条款，派兵保护日本，宋骁飞便任命曹锟为驻日陆军的总司令，将曹锟的第三师一万人马全部调往日本。
曹锟到日本之前，因管束手下不严，被宋骁飞劈头盖脸骂了一顿，感觉心里很憋屈，想找地方出出气。曹锟到东京后，按照他自己的想法，俨然把自己当成了日本的“太上皇”，一到日本，安顿好驻军，曹锟就决定杀杀日本人的威风，好让他们服从自己的意志。在一个黄昏，曹锟带着五百新军，携带最新锐的gew.98毛瑟步枪、马克沁机枪、过山炮和克虏伯快炮，包围了位于日本东京都千代田区九段坂的靖国神社。
靖国神社的前身叫东京招魂社。自1853年，美国海军准将佩里要求日本开港后，日本国内形成了两大对立派，即以日本天皇为中心的朝廷方和德川幕府。幕府无视朝廷的命令，因此尊王派长州藩和萨摩藩便展开了打倒幕府的内战。1868年6月28日，在明治天皇的旨意下为了“慰灵”和“显彰”在内战中阵亡的3588名军人建立了东京招魂社。1879年，根据日本军部的要求，东京招魂社改名为靖国神社，“靖国”二字，来自左传僖公二十三年“吾以靖国也”，意为使国家安定，可见小日本受中国文化影响有多大。在日本，靖国神社是国家神道的象征，每年四月和十月，日本皇室都会到此组织祭祀，可见靖国神社在日本的地位极其特殊。
靖国神社大都是木质建筑，其守护者车源太郎和小田多喜二连滚带爬跑出来，抱着曹锟的马腿痛哭求中*队不要毁坏靖国神社，曹锟横眉冷对，对身后的军士下令，“来人，抱材火，给我一把火全烧了！”五十个新军每人抱了一捆柴火，堆在靖国神社的四周，浇上了煤油。当是已经是秋天，冷风在耳边呼呼响，曹锟下令点火。
傍晚，这场大火从靖国神社大门开始，借着风势，蔓延到神社里面。当时天干物燥，神社里的木质房子和干枯的树木跟浇了松油似的，沾火星就着。到了下半夜，远处的天际，已经可以看见一片红光。位于中心地带的游就馆也着火了。
火红炙热的火苗噼里啪啦，窜起几丈高，屏风、门窗、楼梯都被熊熊的火焰包围，1893年建立的大村益次郎铜像都热融了，靖国神社里的牌位、祭器、仪仗等都在大火中被烧成灰烬，粗大的楠木柱子烧成了黑炭，残垣断壁随处可见。
被宋骁飞派来协助和监督曹锟的吴佩孚赶到大火现场时，这座历史上臭名昭著的神社，已经毁于一旦，成为一片焦土，吴佩孚惊呼：“曹大帅，这下你闯大祸了！”