“可恶，一路兜兜转转，一只该地区的新宝可梦都还没有抓到。”
小智拖着疲惫的身体走着，纵使在刚出桌台市有万千高涨的兴奋之感，等到徒步数十里过来，也把好的情绪给磨疲惫了。
回过身望去，已不见桌台市的身影了。
“话说回来，帕底亚地区的地界真是辽阔，城里城外之间也没有任何的围栏、墙壁之类的隔挡，当属人类，宝可梦与大自然之间和谐共处的全开放地区之最了。”
走着走着，在远处有一座荒废的建筑物，从外观看来，外墙破碎剥落的瓷砖，绿意盎然的爬墙植物遍布，共同形成了建筑物的外墙面貌。
走近一看，发现门前立有一块招牌，小智抬手抹去上面的青苔，几个大字一个一个的出现眼前。
“灯……塔……研……究……所……”
建筑物的功能结构豁然开朗，原来这个高耸的柱子是用作灯塔使用，挨着它旁边的屋子则是研究所的本体，至于这所灯塔研究所用于进行哪方面的科学研究……小智则是无从知晓了。
突然，诡异的声音又冒了出来……
“叽里咕噜……叽里咕噜……”
小智大惊失色，对着一旁的皮卡丘说道。
“皮卡丘，你听到了吗？这是什么声音……”
皮卡丘竖起耳朵倾听，也发现到了诡异声音的存在……，不一会儿就发现了声音的来源，冲着小智向灯塔研究所的屋顶指了指。
小智屏息凝神，静静注视着屋顶看去……
“是宝可梦吗？这个屋顶坡度这么浅，有这么小的宝可梦能站在那里又不被人发现吗？”
这时，小智好像想起了些什么，问道。
“这个声音……有点耳熟！好像我们之前在户外型宝可梦中心也听到过这个声音是吧？我还以为是什么仪器的声音，绕着走了一圈并没有任何的发现，也就不了了之……现在想起来，好像也是屋顶发出来的声音吧。”
皮卡丘点了点头，表示赞同。突然，屋顶真的有一丝亮光闪烁，两人盯着仔细观察……
“金，金币？”
小智再也压抑不住内心的好奇，走到门口伸手按了一下墙上的门铃，发现门铃已经损坏，便敲了敲门板。
“喂，请问研究所里面有人吗？喂……”
见无人应答，小智再扭动门把手，发现房门上锁紧闭。
“哎呀，皮卡丘，看来这里真的是一群报废的建筑物了，里面也无人……看来我们也只能作罢了。”
两人达成一致后，心底对帕底亚地区又平添了一丝疑问，离开了。走下建筑物外的两三级阶梯，发现身后走来一个人……
“派帕！”
“是小智！我还以为是谁站在我家门口呢。”
“什么？这所灯塔研究所是派帕的家吗。”
派帕有点暗自神伤的回答道。
“是的……这是我童年时期和父母，还有宝可梦一起生活过的地方，只是现在不长住了，偶尔会过来一下。”
小智不好意思的问到。
“请问我能进入参观一下吗？”
派帕先是一愣，回答到。
“可以是可以，不过这里我已经很久没有好好打扫过了，还请你别介意……”
小智微笑着回答道。
“哪里会，到是我打扰你了。”
派帕边插上钥匙拧开房门，边说到。
“还真是稀客，这里已经有快十年时间没有接待客人了……”
“咯噔，滋啦……”
由于连接处的螺丝生锈，打开发出声响，上了锈的房门被缓缓打开。
“咳咳咳……”
房门打开之时，房檐上掉下一些灰尘粉末，轮到了他们的头上，致使他们被呛得咳嗽起来。
“不好意思啊……咳咳……距离上一次来这里已经是开学前的事情了，没想到破败至这个程度了……咳咳……”
“没……没事……咳咳……既然来了，我来帮你把这里收拾一下吧。”
喘过气来的派帕连忙摆手。
“不用了，小智，反正不住了，就这样吧。”
“你就别客气了派帕，这是你的家，我们还是一起把这里收拾一下吧。”
说着，小智从背包里掏出一块方巾，绑到自己脸上，掩住口鼻，挽起袖子，再扶起倒在墙边布满灰尘的扫把、簸箕，认真打扫了起来。
皮卡丘脸上也是帮着一条方巾，用尾巴学着小智的样子清扫起墙上挂着的蜘蛛网。
派帕看到在努力打扫的二位，也变得认真了起来，大开门窗，便于采光和通风，扶起桌椅，再掸起架子上书籍的灰尘。
一路清扫，一路后退的小智，不小心被身后披着半拉在地的衬布绊了一跤，差点因为重心不稳而倒地。
“哎呀哎呀……”
恢复平衡的小智，看着绊了自己一跤的东西，好奇道。
“这是什么啊？”
说着，扯下衬布，底下布满一整面墙的仪器显露出来，令小智大呼震惊。
“哇，这么巨型的机器！派帕，你的父母亲是做什么研究的……”
只见派帕在侧屋里忙碌着，没有回应。
“嗯？好像在忙没听到。算了，抓紧时间收拾吧……对了，我来这里是干嘛来的，我好像给忘了。”
放出路卡利欧跟它一起拉着衬布往屋外拖去，抖落抖落掉上面积累的陈年灰尘，再把仪表盘上的数量不多的尘土再好好掸干净……
看着上面大大小小尺寸的液晶屏幕，成行成列的各种按钮，形状不一的许多拉杆，心想这么精密的仪器，造价肯定不菲，不知道经历什么研究，最终得出成果与否也不知道，可惜了……重新把衬布盖了上去。
继续扫着扫着，来到了一个书架面前。
“这不是刚刚派帕打扫过的位置吗？嚯，上面的专业书籍可真不少……”
小智随手拿起书架上的一本书籍就翻阅了起来。
“好家伙，密密麻麻的都是字，全是各种数据，专业术语，可想而知进行了某样非人的研究了吧。”
合上那本“天书”，重新把它放回到书架当中，书籍可真多，除了“天书”以外，还有关于不知是何物的“悖谬宝可梦”的介绍杂志，关于大三明治的儿童绘本。小智用手拂过那一排的书籍，手不小心碰到了书架格底的一个凸起，“咔哒”声响，竟从格底掉落出一红、一紫两本古书籍。
小智仔细看了看书的封面，发现到。
“这两本书好像之前蕾荷老师课堂上有教过的《朱之书》和《紫之书》，当地各大书店、图书馆都可以找到，不过……这两本书的装帧风格貌似不是现代的设计，这种纯手工的装订更像是上个世纪的产物。”
书籍年代久远，略有破损，放在一旁的桌子上，轻轻翻开，看着泛黄的纸张，阅读起来。
在探险中，海哲与摩托蜥一同行动，摩托蜥帮助海哲运送货物。
根据记载，海哲等人进入巨坑后，在巨坑上层发现的宝可梦与帕底亚地区其他地方的宝可梦没有什么差异，但随着逐渐深入巨坑，怪异的景象就开始逐渐展现在调查队面前。
首先调查队在地面上发现了奇怪的类似法阵一样的痕迹，但无法确认是否为帝国时期的人所作，之后又发现的刻有奇怪符号的未知金属板，同时发现巨坑深处存在大量的晶体。
而调查队也在此时突然遭受到类似于顿甲，但实际上显得更加野性……
这是《朱之书》上的记载，翻开另一本书《紫之书》，发现两书相差无异，区别比较大的就是……
故事变为更加机械化的宝可梦的袭击……
两书翻开同时阅读。
……而这个经历也激发了调查队员想象出如果传说宝可梦有着更野性\/更机械外表的样子，并画下了素描。
在最终到达最深处的时候，海哲一度与其他观测队员走散落难，被其他队员发现时已昏迷倒地。他声称自己在昏迷时与不知何人说过话，并在自己毫不知觉的情况下写下了大量笔记。与此同时，他甚至在巨坑最深处发现了一个根本无法确认是否是宝可梦的神秘物体，该物体呈圆盘状，身体也有类似晶体的构造，不过有关该物体的内容在书内几乎全部以“■”涂抹了……
小智合上书籍。
“哈哈，这都是什么重大发现啊，内容太过离奇了，难怪最终这些故事被世人当做了怪谈看待，《朱之书》与《紫之书》也逐渐被冷落到了二手书市场……”
“小智，你在叫我吗？”
派帕听到小智阅读的声音，闻声而来……看到了桌子上的两本书。
“啊，这是……”
凑上前去，认真仔细的看了起来……半晌，问到。
“小智，你这是在哪里找到的这两本书。”
小智指了指书架格板底的暗格，把事情的起因经过告诉给派帕听。
“小智，这好像不是书店都有卖的印刷版，而是海哲博士所撰的原版，我想这里面应该有其他印刷本不具有的内容……拜托这两本书让给我保管吧，我想好好把它们带到身边，可以吗？”
“当然，派帕，这是你的家，这是你的东西。”
“谢谢小智，我想通过两本书应该能找到我父母的蛛丝马迹。”
“好的，祝你好运……”
突然，小智这才反应到。
“……我记得这两本书是太晶化的专家奥琳与弗图博士研究的课题，这么说你是……”
“没错，奥琳与弗图正是我的妈妈和爸爸……其实这也不是什么秘密，校内很多的师生都知道，不过对你是海外的转学生来说，可能对此会陌生一点。”
小智挠了挠后脑勺。
“这样啊，那你在父母亲失联的日子里，还真是辛苦了。”
派帕笑了笑。
“不会啊，我已经习惯了，只不过我会责怪自己没有好好照顾好父母给我留下的三只宝可梦，两只与附近小径的野生宝可梦发生冲突走丢了，另一只则跟我闹别扭……”
小智听到派帕原来有饲养三只宝可梦的事之后，后知后觉道。
“三只宝可梦！难怪呢，我就说厨房里怎么有三个模糊写着‘偶叫……、故……顿、……勒顿’字样的食盆呢。厨房也跟研究所里的其他地方不同，这么多年依旧被保管得很好。”
“嗯，这里是以太晶珠原型来向联盟融资得来的资金打造的研究所。所内一半的区域都为研究太晶珠的研究室，内充满研究器材，一半则为生活起居的起居室。这些年，我在灯塔研究所只使用厨房来煮食，因此保管得会比其他地方好一点。”
派帕突然想到。
“小智，你还没吃饭吧，机会难得，我就在这里为你煮一顿三明治料理吧。”
小智捂了捂早已咕咕叫的肚子，满脸欣喜的说到的。
“这是真的吗！之前一直住在你隔壁光闻味道来着……那还真是麻烦你了。”
派帕在厨房里忙碌起来，小智继续刚才手头中的打扫工作，心想。
“哎，要是魔墙人偶在的话，这些小问题它立马就能收拾干净了，可是拉克韦尔依旧留着它在学院，直至工作结束……我怎么会落到在这里打扫卫生呢，我是来追踪宝可梦的……”
突然，小智拍了一下大腿说到。
“对了！我是来……派帕，派帕，灯塔能让我上去看看吗？”
“可以是可以，不过上面可什么都没有哦。”
“我看到屋顶上有会叽里咕噜叫，类似金币的宝可梦在，我要上去灯塔处看看。”
“叽里咕噜？金币？……哦，我估计知道你碰见什么宝可梦了，它是一种会潜伏在帕底亚地区各种各样的地方的宝可梦，胆子比较小，感觉到人或宝可梦的气息就会埋伏起来，经常潜伏在城市与自然中的角落等很少遇到人或宝可梦的地方……这么长时间，我想它可能已经离开了，你去看看吧。”
得到派帕的同意，小智飞奔的往灯塔上跑去。上去一瞧，静悄悄的，早已失去了它的身影，撑在灯塔的护栏上，一阵阴郁……
低头一瞬间，从灯塔上远眺帕底亚风光，就这惊鸿一瞥深深印在小智的心里，站得高看得远，远看居然能看到早已离开桌台市模模糊糊的身影……正当小智欣赏之际，远处出现两道纠缠的身影。
小智火急火燎的跑下楼，语无伦次的说到。
“派帕……红紫闪光……我要去看……”
“小智，你怎么了，好好说，别着急。”
“我看到了，一红一紫闪光，我现在要追出去看看。”
说着，小智往屋外跑去。
“什么？你是说一红一紫，难道是……小智，等等我，我也去……”
派帕也紧随其后，向着小智离开的方向追去。