2003年春，一场突如其来的非典型肺炎（SARS）疫情，悄然席卷了中国大地，并迅速蔓延至全球多个国家和地区。疫情初期，由于信息发布不够及时透明、应急响应机制不够健全，导致疫情在部分地区快速扩散，引发了社会恐慌，正常的生产生活秩序受到严重影响，经济发展也面临巨大压力。
疫情如火，考验着政府的危机应对能力和治理水平。林瀚所在的国家计委，虽然不是防疫主管单位，但承担着保障国民经济平稳运行、协调重要物资生产调配的重要职责，在疫情防控中扮演着不可或缺的角色。在中央迅速成立全国防治非典型肺炎指挥部后，林瀚凭借丰富的协调经验和超强的执行力，被任命为指挥部物资保障组副组长，全面负责医疗防护物资的生产、调配和供应工作。
上任伊始，林瀚面临的局面极其严峻。全国范围内的口罩、防护服、消毒液、呼吸机等医疗防护物资瞬间陷入短缺，市场上甚至出现了囤积居奇、哄抬物价的现象，假冒伪劣产品也趁机流入市场，给疫情防控工作带来了极大阻碍。一线医护人员缺乏必要的防护装备，面临着巨大的感染风险；各地医疗机构的物资储备告急，难以满足疫情防控的需要。
面对这一紧急情况，林瀚展现出了惊人的组织协调能力和果断的决策力。他立即召开物资保障组紧急会议，明确了“统一调配、扩大生产、稳定市场、保障运输”的工作思路，迅速启动应急机制，打响了一场医疗防护物资保障的攻坚战。
在统一调配方面，林瀚协调工业和信息化部、卫生部、交通运输部等多个部门，对全国范围内的重点医疗物资生产企业、库存情况进行全面摸底排查，建立了详细的物资台账。他牵头制定了《医疗防护物资统一调配管理办法》，明确了物资调配的优先级，将疫情严重地区和一线医护人员作为保障重点，实行“全国一盘棋”的统一管理和调度。通过建立高效的物资调配机制，确保了有限的物资用在最需要的地方，有效缓解了重点地区的物资短缺压力。
为了增加物资供应，林瀚亲自带队深入医疗防护物资生产企业，现场协调解决企业复产、扩产、转产过程中遇到的困难和问题。他协调相关部门为企业开辟绿色通道，解决了原材料供应、生产设备购置、资金支持、劳动力短缺等一系列难题。对于口罩、防护服等急需物资生产企业，他协调财政部门给予专项财政补贴，鼓励企业满负荷生产；对于有条件转产的企业，他组织技术专家提供指导，帮助企业快速调整生产线，投入到医疗防护物资生产中。在他的推动下，全国医疗防护物资生产能力迅速提升，口罩日产量从疫情初期的几十万只快速增长到数百万只，防护服、消毒液等物资的供应也逐步得到改善。
针对市场上出现的囤积居奇、哄抬物价、制售假冒伪劣产品等违法行为，林瀚联合工商行政管理总局、质量监督检验检疫总局、国家发展计划委员会价格司等部门，开展了专项整治行动。他要求各地加强市场监管，严厉打击各类违法违规行为，对哄抬物价的企业和个人依法从重处罚，对假冒伪劣产品坚决予以收缴销毁。同时，他推动建立了医疗防护物资价格监测机制，及时掌握市场价格动态，采取价格干预措施，平抑市场物价，保障了医疗防护物资的市场供应和价格稳定。
在物资运输方面，林瀚协调交通运输部、民航总局、铁道部等部门，建立了防疫物资“绿色通道”，对运输医疗防护物资的车辆、飞机、列车实行优先通行、优先装卸、优先运输，确保物资能够快速、安全地运抵疫情严重地区。他还组织建立了物资运输信息共享平台，实时跟踪物资运输情况，及时协调解决运输过程中遇到的堵点、难点问题，保障了物资运输的畅通高效。
那段时间，林瀚的办公室灯火通明，电话铃声此起彼伏，每天都要处理大量的协调工作和紧急事务。他常常工作到深夜，甚至每天只睡三四个小时，全身心投入到物资保障工作中。无论是深夜接到的紧急物资调配请求，还是企业反映的生产难题，他都第一时间作出回应，迅速协调解决。他下达的指令清晰、果断、有效，就像一个高速运转的大脑，指挥着庞大的物资保障体系高效运行。
在林瀚和物资保障组全体成员的共同努力下，经过一个多月的艰苦奋战，一度紧张混乱的医疗物资供应局面得到了彻底扭转。一线医护人员的防护物资得到了充分保障，各地医疗机构的物资储备逐步充实，市场秩序恢复正常，为全国抗疫斗争取得阶段性胜利提供了坚实的后勤支持。
疫情过后，林瀚并没有停下脚步，而是进行了深刻的反思和总结。他向中央提交了《关于加强国家公共卫生应急管理体系建设的若干建议》，从完善应急管理法律法规、建立常态化物资储备和轮换制度、健全疫情直报系统和信息发布机制、加强公共卫生应急处置能力建设等多个方面，提出了一系列有针对性的建议。他在报告中写道：“这次SARS疫情给我们敲响了警钟，暴露了我国公共卫生应急管理体系存在的短板和不足。一个现代化的国家，必须具备应对各种突如其来的公共危机的能力。我们要以此次疫情为契机，加快补短板、强弱项，构建起强大的公共卫生应急管理体系，为保障人民群众生命安全和身体健康、维护经济社会稳定提供有力支撑。”
林瀚的建议得到了中央的高度重视，许多措施被纳入后续的政策部署中。国家先后出台了一系列政策文件，加大了对公共卫生领域的投入，完善了公共卫生应急管理体系，建立了常态化的物资储备机制和疫情监测预警机制，为后来应对甲型h1N1流感、新冠肺炎疫情等公共卫生事件积累了宝贵经验。