新的希望，或者说，新的武器，抵达了第三新东京市。来自松代实验场的EVA三号机，被巨大的运输机吊挂着。
缓缓降落在指定的试验场。它通体黝黑，与初号机、零号机和二号机的风格迥异，带着一种未知的神秘感。
葛城美里和赤木律子亲临现场，监督着至关重要的“启动实验”。一切准备工作就绪，工作人员各就各位。
“三号机启动实验，开始！”
美里下达指令。
然而，实验开始的信号发出后，三号机并未像预期那样平静地启动。它突然剧烈地颤抖起来，外部装甲发出不祥的扭曲声，关节处冒出诡异的紫色烟雾！
“怎么回事？！同步率异常飙升！超出安全阈值！”
工作人员惊慌地报告。
“立刻中止实验！注入镇静剂！”
赤木律子厉声命令。
但已经太晚了。
轰——！！！
一声巨响，三号机的拘束器被巨大的力量强行崩断！它如同一头挣脱牢笼的凶兽，猛地站了起来，头部以一种极其不自然的角度扭曲。
发出一阵非人的、刺耳的咆哮！爆炸的冲击波将周围的研究设施夷为平地，美里、律子以及众多工作人员被气浪掀飞，受伤倒地，现场瞬间陷入一片火海与混乱。
“三号机……暴走！目标……向NERV总部方向前进！”
更令人恐惧的是，暴走的三号机形态发生了诡异的变化：它的肩部撕裂，伸出了额外的、如同昆虫节肢般的狰狞手臂；
头部装甲裂开，露出了恐怖的、布满利齿的巨口；
而原本插入栓所在的位置，被一种粘稠的、不断蠕动的蓝色胶状物质堵塞，彻底断绝了从内部救援驾驶员的可能。
它不再是EVA，而是被使徒——第十四使徒“霰天使”完全寄生控制的怪物！
零号机和二号机奉命出击拦截。但被寄生强化的三号机力量与速度都远超寻常，它利用额外的手臂轻易格挡开攻击。
口中喷吐出的腐蚀性粘液和狂暴的爪击，很快便将零号机和二号机相继重创，瘫痪在地。
指挥室内，碇源堂面无表情地看着屏幕上势不可挡的三号机，冰冷地下达命令：“让初号机出击。目标，歼灭被使徒寄生的三号机。”
初号机赶到战场，挡在了通往NERV最终教条区的必经之路上。真嗣看着眼前这个形态扭曲、散发着邪恶气息的“三号机”，握着操纵杆的手在剧烈颤抖。
他透过那粘稠的蓝色物质，仿佛能看到里面可能还活着的、无辜的驾驶员。
“父亲……那……那里面可能还有驾驶员！那是EVA啊！”
真嗣的声音带着哭腔和哀求。
“现在它是使徒。”
碇源堂的声音没有丝毫动摇，如同冰冷的钢铁，“歼灭它。这是命令。”
“可是……杀人……我做不到！我做不到啊！”
真嗣崩溃地大喊，让他向可能是同伴的人开枪，这超越了他的底线。
碇源堂的耐心似乎耗尽了，他镜片后的目光扫向旁边的技术台：“既然驾驶员拒绝执行命令，那么……启动初号机备用方案。植入‘傀儡系统’。”
“傀……傀儡系统？”
真嗣愣住了。
技术员伊吹摩耶脸色苍白，手指颤抖着，但在碇源堂冰冷的注视下，还是按下了执行键。
一瞬间，真嗣感到初号机内某种东西改变了。他与EVA的神经连接被强行切断，取而代之的是一种冰冷、纯粹的杀戮指令涌入系统。
初号机原本半跪在地的机体猛地一震，然后，以一种真嗣从未做出过的、充满野兽般侵略性的姿势，自行站了起来！
“不！住手！”
真嗣在插入栓内惊恐地大叫，但已经无法控制初号机。
初号机发出低沉的咆哮，眼中闪烁着嗜血的红光，猛地冲向三号机！
真嗣瞬间切断了所有通讯！他毫不犹豫地掏出了火花棱镜！
就在两台EVA即将以最野蛮的方式碰撞的刹那——
耀眼的光芒再现！迪迦奥特曼如同守护之盾，骤然出现在两者之间！
他双臂交叉，硬生生挡住了初号机狂暴的冲撞，随即腰部发力，一记沉重的侧踢，将初号机踹得向后翻滚出去。
迪迦没有丝毫停顿，纵身跃起，精准地骑乘在被寄生的三号机后背上。
他无视了三号机的疯狂挣扎和攻击，强有力的双手猛地插向被蓝色粘稠物堵塞的插入栓位置！
“滋啦——”
仿佛撕裂血肉的声音响起，迪迦硬生生将那团粘稠物连同变形的插入栓舱门一起扯开！
他小心翼翼地将插入栓取出，轻轻放置到远处的安全地带。
失去驾驶员，三号机的动作出现了一瞬间的僵直。迪迦抓住机会，从它背上跳下，顺势抓住它的一条手。
一个干净利落的过肩摔，将这庞大的怪物重重地砸在地上。
不等三号机爬起，迪迦右拳紧握，奥特光芒拳击再次凝聚。这一次，光芒中带着净化般的炽热能量。
狠狠轰击在三号机暴露出的、不断蠕动的使徒核心上！
轰——！！！
被寄生的三号机在剧烈的爆炸中化为碎片，其中的霰天使也被彻底净化消灭。
迪迦胸口的计时器开始闪烁，他看了一眼远处安全躺着的驾驶员，准备飞离。
然而，就在他转身的瞬间，那个被他踹飞的初号机，眼中红光大盛，在傀儡系统的控制下，如同失去理智的野兽。
再次发出咆哮，以更快的速度，疯狂地冲向背对着它的迪迦奥特曼！
迪迦瞬间切换为空中型，灵巧升空躲过扑击，双臂交叉射出冷冻光束，将初号机下半身牢牢冻结在原地。
他落地后立刻奔向插入栓，用力撬开舱门，看到的竟是昏迷不醒的铃原东二。
迪迦乳白色的双眼猛地望向NERV总部方向，直刺指挥台上那个冷漠的男人。
真嗣的怒火如火山般爆发。他心中充满了对父亲的愤恨：‘竟然用傀儡系统……对东二……你究竟还要做到什么地步？！’