天启七年春，新成立的清吏司如同一柄出鞘的利剑，在陈子廷的统领下，悄无声息却又高效地运转起来。他们没有像传统御史那样风闻奏事、空泛弹劾，而是如同沈惊鸿所建议的“格物”精神，注重证据与调查。首批目标，并未直接指向盘根错节的朝中大员或地方督抚，而是选择了几个证据相对确凿、影响较为恶劣的中低级官员贪腐案件，其中便包括龙渊谷抚恤银案中几个侥幸未在第一批处决名单中、但罪证确凿的山东及登莱衙门胥吏。
铁证如山，程序严谨，清吏司的奏报直达天听，朱由校御笔朱批，毫不留情。数颗人头再次落地，抄家补赃。此举虽未掀起滔天巨浪，却也让朝野上下清晰地感受到了这个新机构的行事风格——不尚空谈，只认实证；出手狠辣，不留情面。
然而，大明朝堂的深渊，远非几个胥吏的贪墨所能衡量。就在清吏司初露锋芒之际，一场源自历史深处的巨大阴影，正悄然笼罩而来。
是年五月，距离王恭厂大爆炸（天启大爆炸）已近一年，但其后续影响仍在发酵。京师乃至北直隶地区，天灾频仍，异象迭现，人心惶惶。朝野间私议纷纷，皆言“天象示警”，乃“奸佞当道，阉宦乱政”所致。这“奸佞”、“阉宦”的矛头，直指权倾朝野的司礼监秉笔太监、提督东厂魏忠贤！
历史上，正是利用天启年间各种灾异现象，东林党残余势力及反对魏忠贤的官员不断上书，攻击阉党，最终在天启帝病重及崇祯帝即位后，魏阉集团才被清算。
此刻，类似的奏疏开始悄然增多。不少官员，尤其是与东林渊源颇深或单纯不满魏忠贤专权者，试图借“天变”之机，将祸水引向魏忠贤及其党羽（即历史上所谓的“阉党”）。
这一日，一份言辞激烈的奏疏被送入宫中，直指魏忠贤“任用私人，紊乱朝纲”、“贪墨营私，怨动天和”，并列举了其名下掌家太监、子侄辈（魏忠贤侄魏良卿等）侵占田产、收受地方官员贿赂等数条“罪证”。
奏疏并未通过清吏司，而是走的正常通政司渠道，显然是想在朝堂上公开造势。朱由校看到这份奏疏，眉头紧锁。他对魏忠贤固然信任，但“天变”之说和朝野舆论的压力，也让他感到棘手。更重要的是，奏疏中提及的某些“罪证”，诸如其侄魏良卿强占民田、其名下太监收受商人干股等，似乎并非空穴来风。
魏忠贤闻讯，又惊又怒。他深知这些指控若被坐实，尤其是在“天变”的背景下，后果不堪设想。他第一时间入宫哭诉，指天誓日，声称这是政敌构陷。
就在朝堂目光聚焦于这场即将到来的、围绕魏忠贤的政治风暴时，广宁的沈惊鸿接到了京中密报。他敏锐地意识到，这是一个危机，也是一个机会——一个让清吏司真正立威，并按照其设立初衷行事的绝佳机会。
他立刻以私人信件的方式，分别致信陈子廷和（通过隐秘渠道提醒）魏忠贤。
给陈子廷的信中，他写道：“天象幽微，难测虚实；然人事贪墨，有迹可循。清吏司初立，当以实证立威，以律法定性。今有奏劾权阉亲属及门下贪渎之事，无论劾者初衷为何，其所举若为实，则正在清吏司职权之内。望公能排除干扰，独立查证。若属实，依法究办，则清吏司权威立矣，天下知朝廷有法，而非党争之器；若为虚，亦当澄清，可堵天下悠悠之口。关键在于‘独立’与‘实证’四字。”
这封信，是在鼓励陈子廷，即便涉及权势滔天的魏忠贤，只要证据确凿，也应一查到底。这符合清吏司设立的初衷，也是使其超越党争、树立权威的关键一步。
而给魏忠贤的提醒则更为含蓄，只是点出：“树大招风，众矢之的。唯有自身枝叶干净，方能不惧风雨。若有宵小借门下之人行事不检而攻讦，恐伤公公清誉，亦累圣听。当此之时，严查门户，割舍疥癣，或可显公公大公无私，亦堵他人之口。”
这话既是警告，也是给魏忠贤指了一条路——断尾求生，主动清理门户，将一些确实不法且证据可能被抓住的“自己人”抛出去，以保全自身和整个派系的核心利益。
魏忠贤是何等人物，立刻明白了沈惊鸿的暗示。他虽恼怒，但也知道这是当前最理智的选择。与其让清吏司或政敌来查，不如自己先动手，还能掌握一定主动权。
与此同时，陈子廷在接到沈惊鸿信件和感受到朝中暗流后，展现出了惊人的魄力。他并未因涉及魏忠贤而退缩，也未被那些试图借他之手攻击阉党的官员所利用。他严格按照清吏司的章程，在请示皇帝并获得“一查到底”的默许后，对奏疏中提及的关于魏良卿及几名太监的贪腐指控，展开了独立调查。
调查过程阻力重重，既有来自阉党内部的遮掩和恐吓，也有来自反阉党势力的“热心”提供可能夸大甚至伪造的“证据”。关键时刻，清吏司副使、镇国中尉朱统鑍的作用凸显出来。
朱统鑍乃太祖血脉，远支宗室，按制本只能领些禄米，做个富贵闲人。但因沈惊鸿早年推动的“宗室子弟量才录用”之策，加之其本人通晓刑名律法，性情刚直不阿，被朱由校亲自点选入清吏司，任副使，秩从三品。他身份超然，不依附任何朝臣派系，只忠于皇帝和法度。在查案过程中，每当遇到权贵以身份或背景施压、阻挠调查时，朱统鑍便会亲自出面。他无需多言，只需亮出其宗室身份和清吏司副使的职权，便足以让大多数宵小之辈胆寒——宗室办案，代表的是皇族自查的意志，其威慑力远非普通官员可比。
在朱统鑍的保驾护航下，陈子廷及其麾下如同精密的机器，得以排除干扰，只认确凿证据链。最终，查实魏良卿确实倚仗权势，以低价强购京畿良田数百亩，证据确凿；另有两名魏忠贤名下掌管皇庄、织造等事务的太监，存在收受地方商人贿赂、虚报账目等行为。
至于其他一些更严重的、但证据模糊的指控，清吏司则以“查无实据”予以搁置。
调查结果呈报御前。朱由校看着报告，心中了然。在魏忠贤“主动请罪”、“严加管束子侄”的表态下，朱由校最终下旨：魏良卿夺职，退还强占田产，罚俸一年；两名涉案太监移交内廷处理（后被魏忠贤亲自下令严惩）；对魏忠贤本人，则申饬其“约束不严”之过，但并未深究。
这个结果，让试图借此掀起大风浪的反阉党官员大失所望，他们没能扳倒魏忠贤；但也让魏忠贤惊出一身冷汗，损失了几个爪牙，声势受挫。
而最大的赢家，是清吏司和陈子廷、朱统鑍。
经此一役，清吏司向全天下展示了其独特的行事方式：不依附任何党派，只忠于事实与律法；即便涉及权倾朝野的阉宦，也敢一查到底；调查严谨，不枉不纵。尤其是有宗室子弟朱统鑍坐镇，更彰显了皇帝肃贪的决心，也使得清吏司在面对皇亲国戚、勋贵高官时，少了许多顾忌，多了几分底气。其权威和公信力，在复杂的政治漩涡中初步确立。
朝野上下，无论是哪一派系，都不得不开始正视这个由皇帝亲手打造、由孤臣酷吏与铁面宗室共同执掌的新机构。它像一颗投入浑水的明矾，虽然未能瞬间让水体彻底澄清，却已开始让一部分沉渣泛起，并划定了一条“依法惩贪”的底线。
沈惊鸿在广宁得知结果后，微微颔首。清吏司度过了第一个真正的考验，朱统鑍的存在，果然起到了预想中的作用。他知道，大明的吏治积弊太深，绝非一个清吏司能彻底解决，未来的斗争将更加复杂。但这是一个开始，一个借助历史事件中的矛盾，将反腐利剑真正亮出，并且让宗室力量开始为国所用的开始。他的目光再次投向辽东，内政的初步稳定，让他能更专注于那个即将在历史上留下浓重一笔的对手——皇太极。他知道，来自关外的风暴，并不会因为朝廷内部的新动作而稍有停歇。