清康熙年间，徽州府婺源县有个程家村，村中世代出制墨匠人。话说这程氏墨坊传到程永年手中时，已是第七代。永年膝下独子名唤程墨然，自幼在墨香中长大，三岁能辨松烟，七岁会制墨模，到了十五岁，一手描金点翠的功夫已胜过坊间老师傅。
这年重阳，永年带墨然上黄山采松。父子二人行至莲花峰下，忽见崖柏间紫气升腾。攀看时，发现个隐秘洞窟，内中石台上端坐着具道人遗蜕，羽衣如新，身旁放着个乌木匣。匣中非金非玉，竟是段通体乌黑的怪木，嗅之有异香，触之生温。
永年忙对遗蜕叩首：“无意惊扰仙长，此物若非凡品，乞示下用处。”言毕洞中忽起清风，卷起张丹砂符纸，上书：“墨髓一根，乃千年松心所化。捣粉入墨，能使字迹通灵，墨香百年不散。然需以心血养之，非至诚者不可用。”
父子二人恭敬葬了道人，携墨髓归家。当夜墨然梦见个玄衣老者：“小老儿乃松精墨髓，与尔程家有缘。来日墨坊有难，当以血饲我，可保门户不绝。”
如此过了三年。程家墨坊因墨质超凡，竟被选为贡品。谁知祸由此起——徽州知府周世昌贪暴成性，索要干股不成，竟诬程家“以妖术惑众”，将永年下狱。墨然散尽家财打点，才换得父亲病体支离出狱，未三日便含恨而逝。
临终前永年紧握儿子手腕：“周贼意在墨谱与墨髓...万不可...”话未说完便咽了气。墨然葬父那日，周知府竟派人强夺墨谱。混乱中墨然跌伤后脑，昏死过去。
待醒来时，身在荒山破庙，有个采药老丈正在煎药。原来老丈那日恰在程家后山采药，见惨案发生，趁乱将墨然救出。墨然摸怀中墨髓尚在，墨谱却已丢失，不由悲从中来。
老丈叹道：“老夫姓方，原是汀州府医官。周世昌这狗官，早年在我家乡贪赃枉法，害死我独女。我追查他多年，发现他专靠陷害匠人夺取秘方，上贡邀宠。”
墨然咬牙欲报仇，方老丈按住他：“周贼势大，硬拼不得。他既得墨谱，必开墨坊。老夫有易容之术，你可假扮哑仆混入周府，见机行事。”
次日，墨然染白鬓角，面上涂药起皱，果真化作个苍老哑仆。方老丈修书荐往周府——原来周世昌正重金聘请制墨师傅。
周府墨坊设在后园地窖，机关重重。墨然方入内便心惊：这里竟拘着七八位各地名匠，脚腕都锁着铁链。监工挥鞭喝骂：“三月内制不出极品贡墨，统统喂狼！”
墨然暗中与匠人们以手语交流，得知周世昌得墨谱后，依方制墨总不得法。因缺了最关键一味“墨髓”，所制之墨色浅香淡。狗官疑是匠人藏私，动辄鞭打虐待。
这夜三更，墨然偷偷取出墨髓。那乌木在暗处竟发莹莹微光，忽化作梦中玄衣老者：“小郎君莫怕，我感应到此地拘着无数匠魂冤气。你可削我少许木屑，混入普通墨料，先救众人性命。”
墨然依言削下些许墨髓粉，掺入次日要制的墨坯中。怪事发生——那批墨锭阴干时，满室异香经久不散，成形后黑中透紫，叩之有金玉之声。周世昌大喜，却道是匠人们此前怠工，鞭打更甚。
墨然心中愤懑，夜半对墨髓垂泪。忽闻女子啜泣声，循声至地窖暗牢，见个蓬头垢面的姑娘被铁链锁着。姑娘见他惊慌，墨然忙以手语比划示意自己是哑仆。姑娘哽咽道：“我姓苏，名雪砚，原是歙县砚雕匠人之女。周贼夺我家传血丝砚，杀我父兄，将我掳来试墨...”
正说时，外间传来脚步声。墨然急躲入阴影，见周世昌带着师爷进来。那师爷道：“大人，今岁贡墨虽佳，比过程家当年还差些火候。”周世昌冷笑：“听说程家小子坠崖死了，墨髓定然还在山中。多派些人去找！”又指苏姑娘：“这丫头既不肯雕砚，明日拖出去喂狗。”
众人走后，墨然冒死救出雪砚。方老丈在外接应，将姑娘安置在安全处。雪砚得知墨然身份，取出贴身藏着的半块血丝砚：“这是我偷藏的砚石。程公子若能报仇，我愿以此砚相助。”
当夜墨然再会墨髓精魂。老者道：“老夫可化入墨中，使墨迹显形诉冤。但需以心血为引，且施术者必遭反噬折寿。”墨然毫不犹豫刺破中指，将血滴在墨髓上：“但能雪恨，虽死无憾！”
重阳贡墨之期将至，周世昌果然将新制墨锭献予巡抚。开墨当日，全省官员齐聚。研墨时异香满堂，书写时墨色流光。谁知写就的贺表忽变血色，墨迹重组竟成诉状，历数周世昌十大罪状！满堂哗然中，墨迹又化作锁链图形，直指周世昌。
巡抚大怒，当即搜府。在地窖救出被困匠人，又查出多桩命案证据。周世昌斩立决，家产抄没。受害匠人泣谢青天时，却见墨然口鼻溢血倒下——正是心血饲墨的反噬发作。
方老丈与雪砚将墨然带回山中救治。老丈切脉良久，叹道：“心神俱损，恐难熬过今冬。”雪砚跪求医方，老丈垂泪：“除非...以墨髓为本体，辅以人血养魂。但供血者须以命换命...”
雪砚毫不迟疑割腕取血，将墨髓浸入血中。如此七日，墨然渐醒，见雪砚已苍白如纸。方老丈道：“这姑娘每日取半碗血养墨，铁打的人也撑不住啊！”墨然抢过药碗砸碎，紧抱雪砚落泪：“程某何德何能...”
忽见那墨髓从血水中浮起，化作老者虚影：“难得你二人皆有舍己之心。老夫感佩，可舍却千年道行救你们性命。”言毕爆出耀目光芒，竟分成两粒丹丸投入二人口中。
光芒散尽后，墨髓已成普通枯木。二人却觉气血充盈，伤病尽愈。方老丈啧啧称奇：“精怪报恩，古诚不欺！”
后来墨然与雪砚结为夫妇，重开程氏墨坊。他们以那半块血丝砚为模，制出闻名天下的“墨髓砚心墨”。据说用此墨书写，字迹百年不褪，夜半还有幽香。更奇的是，若有冤情书写此墨，墨迹会隐隐发红。
程家子孙后来出了好几位刑名师爷，专替百姓写状申冤。传家宝除了墨谱，还有段乌木供于祠堂，每逢冤案难断时便焚香祷告，据说木身会渗出血珠指向真凶。
有诗赞云：
墨髓通灵出幽崖，血仇似海卷尘霾。
匠心本自存浩然，墨痕犹能照鬼豺。
千秋松魄凝紫气，一点丹忱化丹霞。
莫道精怪无义胆，人间正气自长存。