列车的汽笛在夜空中长鸣，如同拉开终幕的号角。餐车内的晚宴奢华而精致，但气氛却暗流涌动。扮演成“受害者”的演员倒地，“谋杀案”如期上演，乘客们开始根据线索进行推理。
然而，真正的“戏剧”在暗处早已白热化。
柯南凭借其超凡的推理能力，迅速识破了贝尔摩德伪装成老婆婆“克里斯汀”的身份，并推断出她计划在车尾包厢制造火灾，逼迫“雪莉”现身的阴谋。他与冲矢昴（赤井秀一）、安室透（波本）以及世良真纯等人暗中配合，开始布局反制。
周长安和诸葛故里则游走于明暗之间。
周长安以“茅台”的身份，按照贝尔摩德最初的计划（她曾将部分计划透露给“伙伴”茅台），在列车中段制造了小范围的混乱，吸引了一部分FbI和公安的注意力，为贝尔摩德的行动打掩护，同时也借此向朗姆展示了“茅台”的“价值”。
而诸葛故里则利用“五粮液”的身份和对奇门遁甲的运用，巧妙地干扰了组织外围成员之间的通讯联络，并引导安室透“偶然”发现了贝尔摩德安装在车尾的真实炸弹（非演戏道具）。
与此同时，周瑾（弘树）通过网络，悄然接管了列车部分区域的监控系统，将灰原哀（以及由有希子假扮的灰原哀）所在包厢周围的画面进行了循环播放和细微修改，制造了视觉盲区，使得贝尔摩德无法准确判断“雪莉”的真实位置。
当贝尔摩德终于突破重重阻碍，抵达预定的车尾包厢，准备引爆炸弹并确认“雪莉”死亡时，她看到的，却是好整以暇等待她的冲矢昴，以及被提前拆除引信的炸弹。
“怎么可能……”贝尔摩德金色的瞳孔中闪过一丝难以置信。她的计划似乎每一步都被人提前预知并加以阻挠。
“你的剧本很不错，贝尔摩德。”冲矢昴用他那特有的、带着一丝慵懒的关西腔说道，“可惜，演员们临时改了戏。”
与此同时，在列车的另一节包厢内，由工藤有希子假扮的“伤疤秀一”突然出现，吸引了组织狙击手基安蒂和科恩的注意力，为真正的行动创造了条件。
而周长安，则在与一位“神秘乘客”（实为易凌斋成员伪装）的“偶然”交谈中，“意外”获得了一条关键信息——“组织内部有人似乎对贝尔摩德此次独断专行的行动颇为不满，朗姆可能另有所图”。她迅速将这条经过加工的信息通过“茅台”的渠道反馈给了琴酒，埋下了怀疑的种子。
最终的对峙在疾驰的列车顶部上演。柯南与贝尔摩德的交锋，安室透（波本）表明立场……一切都如同原定轨迹般惊心动魄。
周长安和诸葛故里没有直接出现在车顶，他们守在灰原哀所在的包厢外，如同最坚实的屏障。周长安的感知牢牢锁定着车顶的能量波动，指尖扣着数张符箓，随时准备应对最坏的情况。诸葛故里则在她身旁，奇门格局悄然布下，将包厢笼罩在一层无形的守护之中。
当列车终于冲破隧道，驶向终点站时，贝尔摩德的计划彻底破产。她未能确认“雪莉”的死亡，反而暴露了自身，引起了朗姆的猜忌，并在与FbI、公安的较量中落了下风。
曙光渐亮，列车缓缓停靠在终点站。乘客们陆续下车，大多还沉浸在“推理游戏”的余韵中，对夜间发生的真实暗战一无所知。
周长安牵着灰原哀的手，与诸葛故里、周瑾一同走下火车。灰原哀的脸色虽然依旧有些苍白，但眼神中却多了一丝劫后余生的释然。
“结束了……”她轻声说。
“暂时结束了。”周长安纠正道，抬头望向站台远处，那里，安室透（波本）正深深地看了他们一眼，随即转身融入人群。世良真纯则朝着他们挥了挥手，脸上带着意味不明的笑容。
贝尔摩德的身影已然消失，但周长安知道，这位千面魔女绝不会轻易放弃。
“漆黑的神秘列车”驶向了终点，但红与黑的轨迹，依旧在延伸。经此一役，周长安和她的伙伴们再次在组织的围剿中保全了自身，并给予了对方一次沉重的打击。然而，前方的道路，依旧迷雾重重，危机四伏。
周长安握紧了灰原哀微凉的手，感受着清晨阳光带来的暖意。
至少，他们又携手闯过了一关。而这，就足够了。接下来的挑战，他们将继续共同面对。