随着地位巩固，苏清欢开始着手解决另一个关键问题——药品。
她空间里的现代药品有限且不可再生，必须找到替代品。同时，她也想将一些经过验证的有效方剂推广开来。
她首先瞄准了抗生素的替代。她深知许多中药具有抗菌消炎作用，如黄连、黄芩、金银花、蒲公英等。她开始系统性地研究古籍药方，结合现代药学知识，进行配伍和提纯实验。
她改进了麻沸散的配方，使其效果更强、副作用更小。她尝试用高度蒸馏酒浸泡提取药材有效成分，制作酊剂。
最重要的是，她根据记忆，开始小规模试制青霉素。
这个过程极其艰难且充满风险。她需要合适的青霉菌菌种、复杂的培养和提取流程，还要面对纯度不足和过敏反应的巨大风险。她只能在极度保密的情况下，在自己的实验室内缓慢进行。
然而，她的这些“捣鼓”很快引起了太医院旧势力的警惕。
刘院使等人无法在理论上驳倒她，便开始在“药”上做文章。
这日，太医院议事。刘院使拿出一份弹劾奏章，面色凝重：“苏院判，有御史弹劾你‘私制禁药，配伍诡异，恐生祸端’。你近日所用之‘消毒烈酒’、‘改良麻沸散’等，皆非《本草纲目》所载，亦未经太医院合议核准，如此滥用，是否欠妥？”
这是直接质疑她制药的合法性和安全性。
“院使大人，”苏清欢平静回应，“消毒烈酒乃提纯之酒，外用于疮疡消毒，其效已在安澜县、军中多次验证，乃防疫之必需。改良麻沸散乃为减轻病患痛苦，使其耐受手术，亦经试用，效果良好，副作用更低。皆为民、为兵谋福，何来‘禁药’之说？若事事需合议核准，恐贻误救治时机。”
“验证？试用？凭你一人之言，何以取信？”一位老太医冷笑道，“若出了差错，谁担待得起？祖宗传下的方子用了千百年，岂容随意更改？”
“祖宗方子固然宝贵，然医学岂能固步自封？”苏清欢反驳，“若因循守旧，何来神农尝百草？何来华佗麻沸散？实践是检验真理的唯一标准。有效，便当推行！”
“你！强词夺理！”
双方激烈争论起来。
苏清欢知道，这背后又是世家的推波助澜，想从根源上否定她的医药体系。
她不再纠缠，直接上奏女帝，陈明新药之于防疫、军阵的重要性，并请求在太医院下设“医药改良所”，专门研究验证新方新药，制定标准。
女帝支持革新，再次准奏，但为平衡，也让刘院使派人参与监管。
苏清欢获得了合法研究的名义，但也被套上了一层监督的枷锁。药方之争，从明面转入了新的战场。
苏清欢深知这监督的枷锁不好挣脱，但她也不会轻易放弃。她表面上配合着刘院使派来的人，暗中却加快了青霉素的试制进度。
这日，她正在实验室里小心翼翼地观察青霉菌的培养情况，刘院使派来的张太医突然闯了进来。“苏院判，你这是在做什么？如此神秘，莫不是真在制什么禁药？”张太医阴阳怪气地说道。
苏清欢淡定自若，“张太医，我正在研究对抗感染的新药，这可是关乎无数百姓和将士性命的大事。”张太医不屑地哼了一声，“谁知道你是不是打着研究新药的幌子，行些不可告人的勾当。”
苏清欢心中恼怒，但还是强忍着，“张太医，你要是不信，大可以仔细检查，看看我是否有违规之处。”张太医四处翻找，却没发现什么把柄，只能气呼呼地走了。
苏清欢明白，接下来的路会更难走，但她不会退缩，她要让自己的医药体系在这重重阻碍中生根发芽。