从建武三年（公元27年 丁亥年）开始，到建武五年（公元29年 己丑年），这三年时间里，发生了好多大事。
建武三年春天，正月甲子日，冯异被任命为征西大将军。邓禹觉得自己领了任务却没啥功劳，心里挺惭愧，就多次带着饥饿的士兵去和赤眉军挑战，可每次都没占到便宜。于是他率领车骑将军邓弘等人从黄河北岸渡河到湖县，邀请冯异一起攻打赤眉军。冯异说：“我和贼军对峙几十天了，虽然俘虏了他们的一些大将，但剩下的人还很多，可以慢慢用恩德和信义去诱导他们投降，很难一下子就靠武力打败他们。皇上现在让各位将领驻扎在渑池，截断他们东逃的路，而我从西边攻击，这样一举就能拿下他们，这才是万无一失的计策啊！”邓禹和邓弘不听，邓弘就和赤眉军大战了一整天。赤眉军假装战败，丢弃了辎重逃跑，车上装的都是土，上面盖了一层豆子，汉军士兵饿坏了，都去抢豆子。赤眉军趁机回头攻击邓弘，邓弘的军队一下子就乱了套。冯异和邓禹合兵去救援，赤眉军才稍微后退了一点。冯异觉得士兵们又饿又累，应该先休息。邓禹不听，又接着打，结果被打得大败，死伤了三千多人，邓禹只带着二十四名骑兵逃到了宜阳。冯异也只好丢了马，徒步逃跑，跑到回溪这个偏僻的地方，和几个部下回到营地，收拢了一些散兵，又坚守营寨。
正月辛巳日，在洛阳建立了四座亲庙，祭祀父亲南顿君以及往上到春陵节侯。
正月壬午日，实行大赦。
闰月乙巳日，邓禹上交大司徒、梁侯的印绶。刘秀下诏把梁侯的印绶还给他，任命他为右将军。冯异和赤眉军约定日期会战，他让一些壮士穿上和赤眉军一样的衣服，埋伏在道路旁边。第二天，赤眉军派一万人攻打冯异的前部，冯异只派出少量兵力救援。贼军看到冯异这边势弱，就全军出动攻打冯异，冯异这才发动全部兵力大战。到了傍晚，贼军士气低落，这时伏兵突然杀出，因为衣服一样，赤眉军都分不清敌我，顿时惊慌失措，溃不成军。冯异乘胜追击，在崤底把赤眉军打得大败，收降了男女八万人。刘秀下玺书慰劳冯异说：“开始你在回溪受挫，像鸟儿垂下翅膀，但最终能在渑池奋起，如同振翅高飞，可以说是在东边的角落有所失，却在西边的桑榆处有所得。现在正要论功行赏，来报答你的大功。”
赤眉军剩下的人往东向宜阳逃去。甲辰日，刘秀亲自统领六军，严阵以待。赤眉军突然遇到大军，吓得不知所措，就派刘恭去请求投降，说：“刘盆子带着百万大军向陛下投降，陛下打算怎么对待我们呢？”刘秀说：“饶你们不死罢了！”丙午日，刘盆子和丞相徐宣以下三十多人袒露上身投降，献上了得到的传国玉玺。堆积在宜阳城西的兵器铠甲，和熊耳山一样高。赤眉军还有十多万人，刘秀命令各县的厨房给他们提供食物。第二天早上，刘秀在洛水边大摆兵马，让刘盆子君臣列队观看。刘秀对樊崇等人说：“你们后悔投降吗？朕现在放你们回营，整顿兵马，击鼓再战，一决胜负，不想强迫你们屈服。”徐宣等人磕头说：“我们从长安东都门出来，君臣就商量好了，要归顺陛下的圣德。老百姓可以一起享受成功的喜悦，但很难在一开始就和他们谋划大事，所以就没告诉众人。今天能够投降，就像离开虎口回到慈母身边，实在是又欢喜又高兴，没有什么可遗憾的！”刘秀说：“你们可算是铁里面比较坚硬的，普通人里面比较出众的了。”戊申日，刘秀从宜阳返回。刘秀让樊崇等人各自带着妻子儿女住在洛阳，赐给他们田地和住宅。后来樊崇、逢安造反，被诛杀；杨音、徐宣在故乡去世。刘秀可怜刘盆子，让他做赵王的郎中。后来刘盆子生病失明，刘秀就把荥阳均输官的土地赐给他，让他终身享受这块土地的税收。刘恭为更始帝报仇，杀了谢禄，然后自己投案入狱，刘秀赦免了他，没有诛杀。
二月，刘永封董宪为海西王。刘永听说伏隆到了剧县，也派使者去封张步为齐王。张步贪图王爵，犹豫不决。伏隆劝说道：“高祖和天下人约定，不是刘氏家族的人不能封王，现在你最多只能当个十万户侯！”张步想把伏隆留下来，和他一起守住青州和徐州。伏隆不答应，要求回去复命，张步就把伏隆抓了起来，接受了刘永的封王。伏隆秘密派使者给刘秀上书说：“臣伏隆奉命出使，却没办好事情，被凶恶叛逆的人抓住。我虽然身处困境，但不会贪生怕死。而且，当地的官吏和百姓知道张步反叛，心里并不归附他，希望陛下赶紧进兵，不要挂念我。我如果能活着回到朝廷，接受有关部门的惩处，这就是我最大的心愿。要是我死在贼寇手里，就把我的父母、兄弟长久地托付给陛下了。愿陛下和皇后、太子永远享有天下，和上天一样没有尽头！”刘秀收到伏隆的奏书，把他的父亲伏湛召来，流着泪给他看，说：“真后悔没答应张步的要求，急着让伏隆回来！”后来张步就把伏隆杀了。刘秀当时北边担心渔阳的彭宠，南边要对付梁、楚的刘永，所以张步得以独自占据齐地，拥有十二个郡。
刘秀到了怀县。
吴汉率领耿弇、盖延在轵县西边攻打青犊军，把他们打得大败并收降。
三月壬寅日，刘秀任命司直伏湛为大司徒。
涿郡太守张丰造反，自称天上大将军，和彭宠联合起来。朱浮因为刘秀不亲自征讨彭宠，就上疏求救。刘秀下诏回复说：“以前赤眉军在长安飞扬跋扈，我料定他们没有粮食肯定会往东来，结果他们果然来归附了。现在我看这些反叛的家伙，肯定长久不了，他们内部一定会有人自相残杀。现在军事物资还不充足，所以要等麦子成熟之后再说！”朱浮所在的城里粮食吃光了，出现了人吃人的现象，正好耿况派骑兵来救援，朱浮才得以脱身逃走，蓟城就投降了彭宠。彭宠自称燕王，攻下了右北平、上谷的几个县，还贿赂匈奴，借兵作为援助。又在南边和张步以及富平、获索等贼寇勾结，互相往来。
刘秀亲自率军征讨邓奉，到了堵阳。邓奉逃回淯阳，董欣投降。夏天，四月，刘秀追到小长安，和邓奉交战，把他打得大败。邓奉袒露上身通过朱祜向刘秀投降。刘秀怜惜邓奉是旧功臣，而且叛乱是由吴汉引起的，就想赦免他。岑彭、耿弇劝谏说：“邓奉忘恩负义，起兵反叛，让军队在外征战了一年。陛下亲自来了，他还不知道悔改，直到兵败才投降。如果不杀邓奉，就没办法惩治恶人！”于是刘秀就杀了邓奉，恢复了朱祜的职位。
延岑打败赤眉军之后，就任命了州牧和太守，想占据关中。当时关中的各路贼寇势力还很强，延岑占据蓝田，王歆占据下邽，芳丹占据新丰，蒋震占据霸陵，张邯占据长安，公孙守占据长陵，杨周占据谷口，吕鲔占据陈仓，角闳占据汧县，骆延占据盩厔，任良占据雩阝县，汝章占据槐里，他们各自称将军，拥兵多的有一万多人，少的也有几千人，互相攻打。冯异一边作战一边前进，把军队驻扎在上林苑中。延岑联合张邯、任良一起攻打冯异，冯异反击，把他们打得大败，那些依附延岑的营寨都来投降，延岑就从武关逃到了南阳。当时百姓饥饿，一斤黄金只能换五升豆子，道路阻断，物资运输不通，冯异的士兵只能用野果当粮食。刘秀下诏任命南阳的赵匡为右扶风，带兵去帮助冯异，还送去了绢帛和粮食。冯异的兵力和粮食逐渐充足，就开始诛杀那些不听命令的豪强，褒奖赏赐投降并且有功劳的人，把各个营寨的首领都送到京城，遣散他们的部众让他们回家从事本业，冯异的威名在关中传播开来。只有吕鲔、张邯、蒋震派使者向蜀地的公孙述投降，其余的贼寇都被平定。
吴汉率领骠骑大将军杜茂等七位将军，把苏茂包围在广乐，周建召集了十多万人来救援。吴汉迎战，结果失利，从马上摔下来伤了膝盖，退回营地。周建等人就合兵进入广乐城。将领们对吴汉说：“大敌当前，您却受伤卧床，大家心里都很害怕啊！”吴汉一下子振作起来，包扎好伤口，杀牛犒劳士兵，安慰鼓励他们，士气一下子倍增。第二天，苏茂、周建出兵包围吴汉，吴汉奋力反击，把他们打得大败，苏茂逃回湖陵。睢阳人反叛，打开城门迎接刘永，盖延率领各位将领包围睢阳。吴汉留下杜茂、陈俊守广乐，自己带兵去帮助盖延包围睢阳。
刘秀从小长安带兵返回，命令岑彭率领傅俊、臧宫、刘宏等三万多人向南攻打秦丰。五月己酉日，刘秀回到宫中。
五月乙卯日是月底，出现了日食。
六月壬戌日，实行大赦。
延岑攻打南阳，占领了几座城。建威大将军耿弇和他在穰县交战，把他打得大败。延岑带着几个骑兵逃到东阳，和秦丰会合，秦丰把女儿嫁给了他。建义大将军朱祜率领祭遵等人和延岑在东阳交战，打败了延岑，延岑又逃回秦丰那里。朱祜就南下和岑彭等人的军队会合。延岑的护军邓仲况拥兵占据阴县，刘歆、孙龚是他的主要谋士。前侍中扶风人苏竟写信劝说他们，邓仲况和孙龚就投降了。苏竟始终不夸耀自己的功劳，隐身修行，乐于遵循圣贤之道，最后在家中去世。秦丰在邓县抵御岑彭，秋天，七月，岑彭打败了他，进而把秦丰包围在黎丘，另外派积弩将军傅俊带兵攻占江东，扬州地区全部平定。
盖延包围睢阳一百天，刘永、苏茂、周建突围而出，打算逃到酂县。盖延追击得很急，刘永的部将庆吾砍下刘永的头投降。苏茂、周建逃到垂惠，一起拥立刘永的儿子刘纡为梁王。佼强逃到西防据守。冬天，十月壬申日，刘秀到春陵，祭祀园庙。
耿弇不慌不忙地对刘秀说，他请求北上召集上谷还没征发的士兵，去平定渔阳的彭宠，拿下涿郡的张丰，回来再收拾富平、获索的贼寇，向东攻打张步，平定齐地。刘秀觉得他志向远大，就答应了他。
十一月乙未日，刘秀从春陵返回。
这一年，李宪称帝，设置了百官，拥有九座城，部众十多万人。
刘秀对太中大夫来歙说：“现在西州还没有归附，公孙述又称帝了，路途遥远，各位将领正在忙着对付关东的敌人，我想着对付西州的策略，却没有头绪，这该怎么办呢？”来歙说：“我曾经在长安和隗嚣见过面。他刚开始起兵的时候，是以复兴汉室为名的。我希望能奉陛下的威严诏令，向他表明我们的诚意，隗嚣一定会乖乖归顺。这样一来，公孙述就失去了依靠，很容易对付了！”刘秀觉得有道理，就派来歙去出使隗嚣。隗嚣对汉室有功，又接受了邓禹授予的爵位和官职，他的心腹谋士大多劝他和京城互通使者，隗嚣就派人带着奏书到朝廷。刘秀用特殊的礼仪回复他，称呼隗嚣的字，用对待地位相等国家的礼仪，对他的抚慰非常优厚。
评论
这段历史清晰展现了刘秀政权在建立初期面临的复杂局势与多方势力的角逐。刘秀麾下将领各有表现，冯异凭借智谋在与赤眉军的战斗中先败后胜，充分展现出卓越的军事才能与坚韧不拔的精神；邓禹则因急于求成，导致战事不利，反映出决策需审时度势。赤眉军虽曾势大，但最终因战略失误、缺粮等问题走向败亡，其投降后的安置，体现出刘秀的政治智慧，一定程度上稳固了政权。刘永、张步、彭宠、李宪等割据势力各怀野心，给刘秀统一大业带来诸多阻碍，然而刘秀审时度势，合理调配兵力，针对不同势力采取不同策略，逐步化解危机。同时，刘秀善于纳谏，在对待邓奉的处置上，起初因念旧情想赦免，但经岑彭、耿弇劝谏后，果断诛杀以正军法，维护了政权的威严与稳定。来歙主动请缨出使隗嚣，为刘秀平定西州提供了新的思路，可见刘秀用人不疑，善于发挥臣子的主观能动性。总体而言，刘秀在这三年间，虽困难重重，但凭借出色的领导才能、战略眼光及用人策略，一步步朝着统一全国的目标迈进，为东汉政权的稳固奠定了坚实基础。