海防的重要性，朱由校是深刻的了解的。殊不知后世华夏被欧美各国的航空母舰顶在家门口的那种屈辱，他是绝对不想再次承受一遍的。
经过几个时辰的长谈，朱由校终于被他们的真诚和决心所打动。在宫禁前，他给予了戚兴国和沈有容一个满意的答复，表示会全力支持海军的发展，并下达了一系列重要的旨意。
第二天，朱由校通过内阁正式下旨给辽宁、山东、江苏、浙江、福建、广东六省的船厂，宣布新一轮的十年造舰计划。这个计划规模宏大，目标明确：在未来十年内，大明要建造2000吨级的盖伦船60艘、1000吨级120艘、500吨级240艘、200吨级480艘，以及辅助船只1000艘。此外，还特别提到要建造可一次性装载步兵1000人的800吨级运兵船100艘，以增强海军的远洋作战能力和运输能力。
为了确保这批新式军舰的顺利建造，帝国兵部还需要重新招募大量的海军官兵。根据计划，将招募十二万名海军官兵，他们将接受严格的训练，成为大明海军的新生力量。
这一系列举措显示了朱由校对海军建设的高度重视和决心，也为大明的海防事业注入了新的活力和希望。
没有了天灾的拖累，不管是陆军还是海军的军备发展，不管是朱由校还是朝廷重臣们都会全力配合加以满足。
不过，心急吃不了热豆腐，如此庞大的造舰计划，需要花费的时间是非常之久的。但是这并不影响陆海两军在天启二十六年的出兵计划。
在天启二十五年（1645年）的最后几天时间里，朱由校和内阁连续下达了几份影响深远的旨意。
首先，他深思熟虑后，决定将这广袤的地域划分为五个战区。其中，北部战区涵盖了直隶省、山东省、河南省、山西省、陕西省、甘肃省以及蒙古自治领。这个战区包含了京畿地区，地域辽阔，资源丰富，战略地位十分重要。
东北战区则包括了辽宁省、吉林省、黑龙江省、远东省、西伯利亚、喀尔喀自治领以及日本地区。这个战区不仅拥有丰富的自然资源，还是连接亚洲和欧洲的重要通道。
南部战区则由江苏省、安徽省、浙江省、江西省、湖南省、湖北省、福建省、台湾省、广东省和广西省组成。这个战区经济发达，人口密集，是国家的重要经济支柱。
西南战区包括四川省、贵州省、云南省、西藏自治领、青海自治领以及西域自治领。这个战区地势复杂，民族众多，具有重要的战略意义和文化价值。
最后，东南亚战区则包括菲律宾省、越南省、南掌省、柬埔寨省、马来省、印尼省以及澳州。这个战区位于东南亚地区，是国家对外交流和贸易的重要窗口。
随后，朱由校任命了周遇吉、孙得功为北部战区正副中将司令；多尔衮、马祥麟、卢象升为东北战区正副中将司令，卢象升1主要负责日本地区；顾肇迹、潭弘业为南部战区中将正副司令；满桂、济尔哈朗为西南战区上将、中将正副司令。辛栋、祁秉忠为东南亚战区上将、中将正副司令。
在新设军区之后，朱由校又将陆军都督府与京军都督府合并为了陆军都督府。分别任命英国公张世泽、克勤郡王博尔济吉特·吴克善为左右都督。
完成陆军都督府的合并事宜之后，随即朱由校便将为日本准备的预备役部队二十万人新编成了136-155师，一股脑的被分派到了日本，加强了在日本的军事力量。同时，又给在日本督导作战的卢象升去了一封圣旨，要求其务必在天启三十年（1650年）完成日本征服战。为此，哪怕是将日本打成一片废墟都在所不惜。
除了兵力上的增加，未来几年内全国兵工厂生产的新式武器都将加强给驻日明军。不光如此，朱由校还暗示卢象升，在日明军可放开了打，什么烧杀辱掠、屠城、鸡犬不留等等朝廷都当看不着。并且许诺他，完成任务之时，便是他封侯之日。
朱由校之所以暗示卢象升，盖因其接任秦良玉之后的这段时间里，打的太文明了。诚然，驻日明军的军粮和军饷由日本地方的各种矿产支付，但是这场战争打的太久了，虽然明军二十多个师已经轮换了一轮，但毕竟是跨国作战，士兵思想日久，恐会生变。而且朱由校希望卢象升能从儒将蜕变成他想要的悍将，那种不达目的誓不罢休的那种。
卢象升的文官包袱还是太重了！
除了给在日本的卢象升下旨，朱由校还分别给东北、北部、西南、东南亚四个战区司令都去了一封圣旨。
并且与此同时，还详细地给出了四个战区在接下来的五年时间里的进攻计划。对于这期间具体的实施过程，无论是朝廷还是朱由校本人都不会去过问。这实际上就是一种变相的授权，给予了各个战区的司令们便宜行事的权力，让他们能够充分发挥自己的才能和策略，有机会在战场上大显身手。
尤其是在东南亚地区，自从郑成功在澳洲找到了一个合适的落脚点之后，仅仅两年时间里，明军就在澳洲展开了一系列的军事行动，造成了相当规模的杀戮。虽然没有确切的统计数据，但据不完全统计，截至天启二十五年（1645年）底，澳洲原住民的数量已经从最初的90万骤降至60万，而汉人移民的数量则从0迅速增长到了50万。
不仅如此，郑成功还在葡萄牙人的协助下，成功地抵达了南美洲的巴西，并在那里建立了数个重要的落脚点。这些成就无疑证明了郑成功的军事才能和领导能力，也不枉朱由校赐予他延平侯的爵位。