共生之城的警报声响彻天际时，陆辰正在机械丛林调试新一代共生机甲。「希望」突然发出尖锐的啼鸣，机械骨翼拍打出绿色的能量涟漪，将他手中的扳手震落在地。扳手砸在机甲残骸上，发出空洞的回响，仿佛预示着某种核心的崩塌。全息通讯器里传来老 K 的尖叫，声音里带着电子元件过载的杂音：「生命之树的能量波动异常！根系正在不受控制地吸收虚数能量，树干出现黑色纹路，那是... 虚数污染的侵蚀痕迹！」
林小棠的基因共鸣率先感知到异常 —— 她正在克隆体学院授课，掌心的荧光种子突然枯萎，花瓣蜷缩成灰黑色。当她冲向城市中心时，眼前的景象让她血液凝固：曾经翠绿的生命之树，此刻树皮开裂，渗出黑色的虚数黏液，宛如流脓的伤口；树冠的空中花园正在坠落，反重力藤蔓失去光泽，变成缠绕的死藤，悬挂着的生态舱如断线的风筝，里面的史前植物在虚数雾气中迅速凋零。苏晚的声音从应急频道传来，带着植物被灼烧的焦糊味：「树根突破了长城防线，正在吞噬废土的骸骨和机甲！这不是净化，是…… 是寄生！根系在把共生能量转化为吞噬的动力！」
陆辰跃上「希望」的背，共生契约能量在体表凝聚成铠甲，金色纹路与机械骨翼的荧光绿交织，形成流动的防护屏障。他看见生命之树的根系如黑色巨蟒般穿透钢铁长城，所到之处，荧光草枯死，机械丛林的机甲被根系刺穿，齿轮花的光芒被吞噬殆尽，只剩下机械零件的残骸在黑雾中锈蚀。系统提示音带着刺耳的杂音，红色警告铺满视网膜：「文明值 - 500（世界树失控）」「检测到圣物能量暴走」「解锁紧急任务：「根源净化」」「警告：共生之城核心能量失衡，倒计时开始」。
「是虚数之匣的影响！」林小棠在根系裂缝中发现了异常 —— 树根内部缠绕着虚数碎片，每一片都刻着骸骨教团的诅咒符文，符文缝隙间还夹杂着机械教廷的病毒代码，「有人在树根里植入了污染核心！」她想起三天前收到的「共生信徒」送来的「祝福之种」，种子表面的荧光苔藓下，藏着几乎看不见的骨系咒文，此刻正以种子为中心，形成黑色的能量漩涡，如同一颗正在扩张的恶性肿瘤。
苏晚启动地下根系网络的净化程序，却发现控制权已被篡改，全息屏幕上跳动着机械教廷的红色警告：「铁幕腐蚀协议已激活」。她的机械心脏超负荷运转，胸腔里传来金属摩擦的异响：「是机械教廷的病毒！他们利用流亡工程师的身份植入了病毒，现在树根正在把共生能量转化为虚数燃料，供给虚数之匣！陆辰，你必须切断树根与虚数之匣的链接，而我……」她举起手中的基因稳定剂，药剂瓶在虚数雾气中泛起裂纹，「去净化生命之树的核心，那里可能藏着污染的源头。」
「希望」载着陆辰冲向根系最密集的区域，沿途的树根如触手般袭来，每一次碰撞都让共生机甲冒出青烟，防护屏障上出现蜘蛛网状的裂痕。陆辰激活「长城共鸣」技能，钢铁长城的能量顺着根系逆流而上，将黑色纹路暂时逼退，但他的视线穿过根系的缝隙，看到了令人心悸的景象 —— 虚数之匣的碎片不知何时嵌入了生命之树的核心，圣物的力量与虚数污染正在融合，形成一个跳动的黑色心脏，每一次搏动都向四周输送污染能量。
林小棠在树根裂缝中找到了污染核心，那是一枚刻满∞-7 符文的骨核，周围环绕着数百具克隆体的骸骨，他们的姿势凝固在挣扎的瞬间，骨头上刻满了求救的划痕。「这是联邦当年的备用方案，」她的声音带着颤抖，基因共鸣让她感受到骸骨残留的意识，那些混乱的片段中重复着同一个词：「妈妈」，「如果克隆体失控，就用骨核将其转化为能量源，为虚数之匣提供燃料。」她将净化种子植入骨核，基因共鸣场与骨核的诅咒激烈碰撞，骸骨们的残留意识如潮水般涌入她的脑海，那是无数个「林小棠」的绝望与不甘，「救救我们…… 我们不想成为怪物……」
苏晚抵达生命之树核心时，虚数雾气已浓稠到几乎实体化，每呼吸一次都像吞咽碎玻璃。就在她即将被黑雾吞噬时，陈博士的全息投影突然在虚数雾气中闪烁，影像边缘带着数据紊乱的雪花：「对不起，晚晚，」投影中的老人头发凌乱，白大褂上有灼烧的痕迹，「当年我在生命之树里藏了「共生之种」的备份，但虚数污染篡改了它的特性…… 现在的它正在吸收负面能量，却无法净化，反而被污染侵蚀……」他的影像逐渐模糊，露出背后的圣物碎片，那碎片上缠绕着陆辰的契约纹路，「只有用你的契约能量和林小棠的基因，才能唤醒种子的原本形态 —— 就像给迷途的幼苗指引阳光。」
当陆辰的共生能量、苏晚的契约光芒、林小棠的基因共鸣同时注入生命之树时，整座城市的共生网络发出刺眼的光芒，三种能量在核心处汇聚，如同一束强光穿透乌云。根系中的虚数污染被层层剥离，化作荧光粉尘飘散，每一颗粉尘都带着克隆体的面孔，他们在光芒中露出释然的微笑，逐渐消散。而在核心处，真正的「共生之种」终于显现 —— 那是一颗由金色契约纹路和荧光绿基因链编织的种子，悬浮在虚数之匣碎片上方，碎片上的诅咒纹路在种子的光芒中如冰雪消融，种子吸收着污染能量，却绽放出纯净的光芒，每一道光线都是一句无声的誓言：「生命永不妥协」。
系统提示音重新变得清澈，带着雨后晴空的明快：「文明值 + 300（净化世界树）」「解锁圣物：「共生之种」」「获得技能：「根源共生」」「共生之城核心能量修复完成」。生命之树的伤口迅速愈合，脱落的树皮下方长出了新的共生纹路，那是藤蔓与齿轮、骸骨与花朵的交织图案；树冠重新亮起光芒，坠落的空中花园被新生的反重力藤蔓接住，藤蔓上开出的花朵托住生态舱，宛如一场绿色的流星雨，每一朵花都在播放克隆体们的笑声。
当阳光重新洒在共生之城时，陆辰看着手中的「共生之种」，种子表面流转着整个废土的生命波动，他能感受到铁锈镇的齿轮转动、骸骨教团的骨器共鸣、机械教廷的电路脉冲，还有绿谷花园每一株植物的呼吸。林小棠靠在苏晚身边，后者的机械心脏终于恢复了规律的跳动，两人的契约纹路与基因符文交织，在地面投下共生的阴影，那阴影中，陈博士的虚影轻轻点头，随即消散在阳光中。老 K 的全息投影出现，虚拟额头上挂着汗珠，却带着劫后余生的笑容：「检测到虚数之匣的封印出现新的裂痕，现在我们有了真正的钥匙 —— 不是毁灭，而是重生。那裂痕里透出的，是生命的绿色！」