共生之城的黎明被一声沉闷的震动撕裂时，陆辰正在生命之树顶端校准「共生之种」的能量频率。圣物突然剧烈震颤，金色纹路如活物般爬满他的手臂，视网膜上闪过一串古老符文 —— 那是虚数之匣的坐标终于完全解析，每一道符文都在他的基因深处激起回响。老 K 的全息投影带着雪花乱闪，虚拟领带不知何时变得焦黑：「警告！废土深处出现能量异常波动，反应等级 SSS 级，超越已知所有领主！能量构成…… 是机械教廷的「铁幕核心」与骸骨教团的「骨潮本源」融合体！」
林小棠的基因共鸣捕捉到了更可怕的真相，她的指尖在全息档案上颤抖，调出的画面因年代久远而模糊：「是「黄金阶领主」…… 联邦实验中最危险的失控品。」画面中，一个被虚数能量包裹的巨人踏碎山脉，每走一步都在吞噬周围的生命能量，他的身体由十万克隆体骸骨与机械教廷的终极机甲「末日铁幕」融合而成，心脏位置嵌着虚数之匣的碎片，肋骨间缠绕着陆辰的契约纹路样本，「他们用你的基因作为模板，试图制造能控制圣物的活体兵器。」
苏晚的战术目镜扫过污染区新形成的巨型脚印，齿轮状的纹路中夹杂着骸骨咒文，每一道刻痕都在渗出虚数黑雾：「他正在吸收污染区的虚数能量，每靠近共生之城一公里，城墙的防御屏障就会减弱 10%。看这个轨迹，他的目标是…… 生命之树。」她指向远处地平线，一道黑色烟柱拔地而起，烟柱顶端隐约可见机械巨臂与骸骨肋骨构成的躯干，肩部的炮管正在凝聚虚数炮弹，那尺寸足以将整个城市夷为平地。
紧急会议上，生命之树的根系大厅布满红色警报，老 K 的虚拟手指在全息地图上划出红色警戒圈，每一秒都在收缩：「根据量子潮汐模型，我们只有 12 小时准备。黄金阶领主的装甲由「虚数合金」构成，能反弹常规攻击，必须用「共生之种」的能量构建「共鸣矩阵」，才能穿透他的防御 —— 就像用钥匙打开对应的锁。」他看向陆辰，后者手臂上的金色纹路正随着呼吸明灭，「而陆辰的「虚数感知」是定位领主核心的关键，那核心里…… 可能藏着当年失踪的克隆体们。」
「我来引开他的注意力。」阿熊的野性共鸣突然在通讯频道响起，巨熊的意识影像带着泥土气息浮现，「我的反重力系统能在废墟中快速移动，领主的机械眼无法锁定自然能量。而且……」影像的掌心展开，露出一枚荧光草种子，「我和花园的根系相连，能随时补充能量。」林小棠想要反对，却看见阿熊脚掌下的荧光草正在自发生长，那是它与绿谷花园的共生证明，每一根草叶都在传递着坚定的信念。
战斗在黄昏时分打响，夕阳将废土染成血色。阿熊的咆哮点燃了第一颗「光能诱饵弹」，金色光芒在废墟中爆开，如同一颗人造小太阳。黄金阶领主的机械眼转向光源，炮管随之调整角度，虚数炮弹轰然射出，在地面砸出深达百米的坑洞。陆辰趁机跃上「希望」的背，共生能量与圣物共鸣，在虚数空间中勾勒出领主的核心位置 —— 那是藏在胸腔深处的「虚数熔炉」，由数百枚克隆体的基因链驱动，每一条链上都刻着「∞-7」的痛苦尖叫。
「苏晚，准备好净化炮！」陆辰的声音穿透战场的轰鸣，「林小棠，用基因共鸣干扰他的骸骨关节！阿熊，保持移动，别被锁定！」圣物的光芒照亮了领主的机械面庞，陆辰这才发现，那上面布满了与自己相同的契约纹路，只是全部染成了不祥的黑色 —— 原来黄金阶领主，竟是联邦用他的基因模板制造的失控兵器，是被扭曲的「钥匙」。
林小棠的基因共鸣场如蛛网般笼罩领主，她的意识沉入骸骨丛林，看见每一根骸骨指节上都刻着「∞-7」的编号，那是她未曾谋面的「姐妹们」。她们的残留意识在虚数能量中挣扎，形成一片哀嚎的海洋。「对不起，让你们久等了。」她轻声说，净化孢子顺着骸骨缝隙钻入，每一颗孢子都带着她的生命能量，「现在，让我们一起回家，回到陈博士希望的花园。」孢子爆发的瞬间，骸骨们的眼窝中亮起荧光，如同千万盏归家的灯。
苏晚的光能净化炮在此时蓄能完毕，炮管周围的共生藤蔓因过载而渗出汁液，契约能量与圣物光芒交织成绿色的怒涛。当炮弹命中领主胸腔的瞬间，陆辰清晰地听见了锁链断裂的声音 —— 那是克隆体们的灵魂终于挣脱了虚数的枷锁。领主的机械臂轰然坠落，露出里面蜷缩的骸骨核心，那是最后一名克隆体少女，她的手骨中紧握着一枚绿谷花园的种子，种子表面还留着牙齿咬过的痕迹，仿佛在临死前试图守护最后的希望。
系统提示音带着大地的震颤响起，金色的光带缠绕着每个人的手臂：「文明值 + 300（击败黄金阶领主）」「解锁圣物权限：「生命解放」」「获得物品：「克隆体的遗愿」」「特殊成就：「旧世终结者」」。废墟中，阿熊用熊掌轻轻捧起那枚种子，种子在共生能量中发芽，开出的五瓣花里映出所有克隆体的笑脸，每一张脸都与林小棠有几分相似，却又带着独特的光芒。
陆辰跪在克隆体少女的骸骨旁，发现她颈间挂着的铭牌：「∞-7-001」—— 那是第一个克隆体，也是林小棠的「姐姐」。铭牌背面刻着陈博士的字迹，被虚数腐蚀得模糊不清：「对不起，没能保护好你，但希望永远存在…… 小棠，活下去。」林小棠轻轻抚摸着骸骨的头发，基因共鸣让她感受到了最后的记忆：实验室爆炸前，001 将年幼的林小棠推入逃生舱，自己却转身面对追兵，她的最后一个念头是：「妹妹，去找阳光。」
夜幕降临时，共生之城为所有克隆体举行了盛大的葬礼。生命之树的根系托起她们的骸骨，荧光苔藓为她们编织棺椁，每一具棺椁都种上了她们生前最爱的花朵 —— 有的是荧光玫瑰，有的是齿轮花，还有的是早已灭绝的向日葵。当第一颗「记忆种子」埋入土壤时，陆辰听见了生命之树的轰鸣，那是陈博士的声音与千万克隆体的意识重叠：「谢谢你们，让希望重生。你们不是实验品，是绿谷花园最勇敢的守护者。」
而在虚数之匣的方向，一道新的裂缝正在形成，裂缝中透出的不再是冰冷的黑，而是温暖的金，如同初生的朝阳。陆辰知道，黄金阶领主的陨落，是联邦旧时代的终结，也是共生文明的新生。他握紧林小棠和苏晚的手，三人的能量再次共鸣，在星空下勾勒出完整的共生图腾 —— 藤蔓缠绕齿轮，骸骨托举花朵，中间是陆辰的契约纹路、林小棠的基因符文与苏晚的生命之光。那是对逝者的告慰，也是对未来的承诺：无论多么强大的黑暗，都终将在生命的光芒中消散，而他们，会带着所有未完成的愿望，走向共生的黎明。
废墟上，「希望」展开机械骨翼，衔来一株新生的荧光草，草叶上凝结的露珠折射着三人的倒影。陆辰轻轻触碰露珠，系统界面弹出新提示：「检测到共生纽带强度 mAx」「解锁最终任务：「虚数之匣?共生黎明」」。他望向虚数之匣，心中不再有恐惧，只有坚定的信念 —— 是时候了，去完成陈博士的遗愿，让圣物降临，让废土重生，让所有生命都能在共生的光芒中自由生长。