农民军在打进南直隶后，漕运总督朱大典就调派徐州总兵马圹和睢州总兵骆举前来支援，但两人看到贼势太大有点怂所以拖延滞留，没有在凤阳沦陷前及时赶到。
而南京兵部尚书吕维祺得知流寇攻陷凤阳后生怕他们继续往南京打，于是派遣参将薛邦臣驻守全椒（今安徽省滁州市全椒县），并命令池河营提督赵世臣防守浦口（今南京浦口区）。
在正月二十三日，刘处直率领义军撤出凤阳后来到了朱元璋的发迹地定远县，凤阳巡抚杨一鹏和巡按吴振缨率领兵马收复了凤阳，这事太大了两人都不敢隐瞒下去，所以只能硬着头皮报了上去。
其实说起来杨一鹏有点冤，他的防区又不止凤阳一处地方，出事时他正在淮安打山贼呢，流寇从打进凤阳到撤离也就几天时间，前面杨泽那死太监为了独揽大权一直隐瞒消息没有告诉他真相，说流寇就是一小股凤阳官军轻松拿捏，让他专心对付山贼，杨一鹏也就没当回事了。
直到流寇已经打进凤阳了，杨一鹏得知消息后吓得脚都软了，慌忙带着队伍赶回来，但是他回来时流寇已经撤离了，在临淮他碰到了跑路的吴振缨两人一起在路上杀了一些掉队的流寇，然后收复了凤阳。
崇祯八年二月初，京师尚笼罩在在严冬的环境下，百姓们还裹着厚衣在街上行走，此时一道来自凤阳的六百里加急军报先到了兵部尚书张凤翼的手上，信使没有直接传到内阁交到崇祯皇帝的手里也是害怕陛下愤怒之下把他杀了出气，交给张本兵以后就和自己无关了。
兵部衙门内，尚书张凤翼展开军报的手颤抖得几乎握不住纸页，当凤阳陷落、皇陵被焚、享殿成灰等字眼映入眼帘时，他只觉得天旋地转，一股腥甜涌上喉头，眼前一黑，整个人便向后栽去，手中的茶盏脱手飞出，在地上摔得粉碎。
左右属官惊呼着扑上前搀扶，才避免了他一头撞在案角之上。“快！快传医馆！” “本兵大人！本兵大人醒醒！” 衙门内瞬间乱作一团，恐慌如同瘟疫般弥漫开来，张凤翼面如土色，气息微弱，口中犹自无意识地喃喃：“根基毁矣……国本动摇……万死……万死莫赎……”
消息无法封锁，也无从封锁，凤阳陷落的消息迅速传入京师的每一个角落，从内阁值房到六部廊庑，从勋贵府邸到茶坊酒肆，所有听闻此讯的人，第一个反应都是难以置信，随即便是彻骨的冰寒与恐惧。
一位官员说道：“万世根本之地，一旦竟为骷髅之场，良可痛也，良可恨也！”奏疏如暴雨般倾泻向通政司，言辞之激烈，情绪之悲愤，为近年来所罕见。
紫禁城，乾清宫。
内阁首辅温体仁、次辅吴宗达等几位重臣，步履沉重得如同灌了铅，手捧那份仿佛有千钧之重的军报，在内侍的引导下，屏息凝神地步入殿内。
崇祯皇帝朱由检正埋首于如山奏章之后，烛光映照着他清瘦而疲惫的侧脸，眉头习惯性地紧锁着，手中的朱笔不时批阅，发出沙沙的轻响。
他看起来异常憔悴，眼下的乌青显示出长期的睡眠不足，但腰杆依旧挺直，维持着一种近乎苛刻的自律和威严。
温体仁深吸一口气，用尽可能平稳，却依旧难掩一丝颤音的语调开始禀报，他先从流寇动向说起，试图铺垫，但崇祯敏锐地打断了他，声音低沉而沙哑：“温先生，直接说重点，凤阳……究竟如何了？”
温体仁心中一颤，知道无法再回避，只得硬着头皮，省略了过程，直接念出了最核心的噩耗：“……启奏陛下，据凤阳巡按吴振缨并巡抚杨一鹏飞奏……正月……贼魁刘处直、张献忠等纠合流寇数十万，突陷凤阳……焚……焚皇陵和享殿、龙兴寺……陵园震动，烟火蔽天……”
“哐当——”
崇祯手中的朱笔猛地掉落在御案上，滚动的笔杆在奏章上划出一道刺眼的红色墨痕，他整个人像是被瞬间抽走了所有力气，又像是被无形的巨锤狠狠击中，猛地向后靠在了龙椅的靠背上，发出了一声沉闷的撞击声。
殿内死寂，落针可闻。
几位阁老吓得立刻跪伏在地，连大气都不敢喘。
崇祯的脸上的血色以肉眼可见的速度褪去，变得惨白如纸，他的眼睛瞪得极大，瞳孔却失去了焦距，空洞地望着殿顶繁复的藻井，仿佛无法理解刚刚听到的话语。
他的嘴唇微微张开，颤抖着，却发不出任何声音，那是一种极致的震惊和茫然，仿佛整个世界在他眼前轰然崩塌。
良久，他的目光缓缓移动，极其缓慢地，逐一扫过殿下跪着的臣子们，似乎想从他们脸上找到这只是一场噩梦流寇并没有进入凤阳，然而他看到的只有恐惧、羞愧和深深的无力。
他的眼角开始不受控制地剧烈抽搐，太阳穴上青筋隐隐浮现，紧抿的嘴唇扭曲着，显示出一种正在疯狂压抑却即将崩溃的边缘状态。
突然，他猛地向前一倾，一只手死死按住剧烈起伏的胸口，另一只手撑住御案，指关节因用力而捏得发白。
“呃……”一声压抑到极致的呜咽从他喉咙深处挤出。
“陛下！” “皇上保重龙体！” 温体仁、王承恩等人带着哭腔叩首。
崇祯猛地一摆手，动作剧烈得几乎带倒了桌上的镇纸，他试图站起来，身体却晃了一晃，险些栽倒，旁边的太监王承恩泪流满面，慌忙上前想要搀扶，却被崇祯一把推开。
他摇摇晃晃地站直了身体，原本空洞的眼神逐渐被一种滔天的悲愤和绝望所取代，他仰起头，对着虚空，声音嘶哑而颤抖，充满了无尽的自嘲与痛楚：
“朕……朕自登基以来，宵衣旰食，励精图治……不敢有一日懈怠……为何？为何会如此？！祖宗之地……龙兴之所……竟毁于朕手！朕是朱家的罪人！是天下之罪人！”
他的声音越来越大，最后几乎变成了泣血的低吼：“朕非亡国之君！奈何事事皆亡国之象！悠悠苍天何薄于朕！何薄于我大明啊！”
话音未落，又是一股气血逆涌，“噗——”的一声，一口殷红的鲜血猛地从他口中喷溅而出，星星点点洒落在明黄色的龙袍和摊开的奏章上，宛如雪地红梅。
“皇上！” 殿内顿时乱成一片，太医被急召入宫。
然而，崇祯却异常固执地拒绝了立刻休息，他推开所有搀扶的人，用袖角狠狠擦去嘴角的血迹，眼神中燃烧着一种近乎偏执的决绝。
“传旨……”他的声音虚弱却不容置疑，“素服！避殿！移驾……太庙！朕要……亲告列祖列宗！下罪己诏！”
接下来的仪式，是在一种极其沉重和悲怆的气氛中进行的，整个紫禁城撤去所有彩饰，钟鼓不鸣，乐设不奏。
崇祯换上了一身没有任何装饰的素白袍服，在同样身着素服的宦官和侍卫的簇拥下，步履蹒跚地走向太庙，路途很远他没有坐任何车辇一直在行走，身后的文武百官即使再累也不敢劝阻，只能跟着一起走。
太庙之内，烛火通明，香烟缭绕，朱元璋及明朝历代帝后的神主牌位肃穆地排列在神案之上，沉默地凝视着他们的子孙。
崇祯一步步走入，他的脚步虚浮，身体微微摇晃，每一步都仿佛踩在刀尖之上，王承恩想在一旁搀扶，却被他再次轻轻推开。
他走到朱元璋的牌位前，凝视良久，脸上的肌肉因极度痛苦而扭曲。
突然，他扑通一声重重跪倒在冰冷的金砖地上，发出沉闷的响声，这一跪，仿佛用尽了他全部的力气。
“不孝子孙……朱由检……”他的声音带着剧烈的颤抖和哽咽，刚一开口，泪水便如同决堤般汹涌而出，与他嘴角尚未擦净的血迹混合在一起，“……叩告列祖列宗……于……于天上……”
他再也无法维持帝王的威仪，像一个无助的孩子，猛地以头触地，发出咚的声响，随即伏地嚎啕痛哭起来，那哭声悲切、绝望、充满了无尽的自责和委屈，在空旷肃穆的大殿中回荡，令人闻之心碎。
“孙儿无能……孙儿有罪……未能……未能守住祖宗基业……致使贼寇猖獗，践踏中都，焚毁皇陵……惊动了皇祖考、皇祖妣在天之灵……孙儿之罪，上通于天……万死难赎其咎……”
他哭得浑身颤抖，语不成句，几次几乎背过气去。过了好一阵，他才勉强抬起头，泪眼模糊地望着那些牌位，断断续续地诉说着：
“孙儿……自继大统，未尝有一日敢忘祖宗创业之艰……不敢耽于享乐，不敢荒于政事……日夜所思，皆为中兴社稷，光耀门楣……奈何……奈何天不佑我大明，灾荒频仍，虏寇交煎……朝臣朋比，将帅无能……孙儿……孙儿真的尽力了……真的……不知道该如何是好了……”
他再次重重叩首，额头抵着冰冷的地面，肩膀剧烈地耸动着，泣不成声。此刻的他，不再是那个刚愎自用、刻薄寡恩的皇帝，更像是一个走投无路、背负着巨大压力和愧疚的年轻人，在向他的祖先们哭诉着内心的痛苦、迷茫和巨大的无力感。