血肉矩阵破土而出的刹那，整个哀牢山的空间结构开始扭曲成诡异的生物形态。山脉化作蜿蜒的血管，河流沸腾成猩红的血液，参天古木扭曲成布满骨刺的肋骨。林秋在剧烈的震荡中腾空而起，手中的光刃燃烧着金绿交织的火焰，却在接近矩阵时被一层粘稠的血肉屏障弹开，屏障表面密密麻麻生长着无数复眼，每一只都映照着他惊恐的倒影。
“这是...活体熵能护盾！”苏河的声音从通讯器里传来，带着金属摩擦般的刺耳杂音。科学家的身体被银色纹路完全覆盖，此刻正驾驶着临时改装的量子战机，在矩阵上空投放特制的逆熵炸弹。炸弹炸开的瞬间，血肉屏障表面泛起涟漪，却在瞬息间愈合，反将爆炸能量转化为增殖血肉的养料。“这些血肉会根据攻击自动进化，我们的常规手段根本没用！”
林秋的视网膜突然被血色代码覆盖，倒计时数字以毫秒为单位跳动。他的生死草之力与逆熵能量在体内剧烈冲突，右臂的血肉化程度急速蔓延，骨刺尖端滴落的黑色黏液腐蚀着空气。而在矩阵深处，观测者首领的虚影盘坐在由人类骸骨堆砌的王座上，双手操纵着十二根暗紫色锁链，每一根锁链都连接着一处蛊印禁地。
“破局者，感受这血肉的真理吧！”观测者首领的声音混着骨骼摩擦的声响，“当所有蛊印共鸣，整个宇宙都将成为暗熵的胚胎！”随着它的话音落下，矩阵的心脏位置裂开巨口，喷出无数条带着尖刺的血肉触须。这些触须表面流转着林秋在各个时空失败的画面，每触及一个物体，就将其同化进矩阵的血肉网络。
千钧一发之际，林秋的意识突然与星核深处的“逆熵之种”产生共鸣。他看到了初代镇邪司首座最后的记忆：在被观测者同化前，局首将自身的“熵减意志”注入生死草，而这股意志需要在绝境中，由血脉传承者以生命为引才能激活。林秋的嘴角溢出鲜血，却露出释然的笑容——他终于明白，自己从被咬的那一刻起，就不是受害者，而是被选中的逆熵容器。
“苏河！帮我争取三分钟！”林秋将光刃插入地面，生死草之力疯狂涌出，在他周身形成巨大的绿色结界。苏河驾驶战机冲向矩阵核心，量子战机的外壳在血肉触须的啃噬下片片剥落，他却大笑道：“老伙计，这次换我当诱饵！”与此同时，小璃的虚影突然在结界中凝聚，逆熵之剑的碎片重新组合，散发出比以往更耀眼的光芒。
“我不会再消散了。”少女的声音带着破茧重生的坚定，“观测者抽取了我核心中的逆熵数据，却忽略了最关键的东西——信念。”她将光剑刺入林秋的星核，金色光芒与绿色能量剧烈碰撞，在结界内部形成一个旋转的能量旋涡。林秋的身体开始透明化，他的意识却前所未有的清晰，能感受到每一寸血肉中奔涌的逆熵之力。
当三分钟倒计时结束，林秋的身体彻底化作能量体。他冲破结界，冲向矩阵核心。所到之处，血肉触须纷纷崩解，绿色光芒与金色火焰交织成毁灭的风暴。观测者首领惊恐地发现，自己操纵的暗熵锁链正在反向缠绕自身，十二蛊印的力量开始失控。“不可能！血肉矩阵是完美的秩序！”它的虚影在能量风暴中扭曲变形。
林秋没有回应，他将全部力量注入手中的光刃，斩向矩阵的心脏。光刃劈开血肉的瞬间，他看到了矩阵核心最恐怖的真相——那里蜷缩着一个巨大的胚胎，胚胎表面覆盖的不是羊水，而是无数挣扎的人类面孔，而在胚胎的眉心，赫然是第十二个暗紫色蛊印。“原来...最终的蛊印，是整个世界。”林秋在心中低语，光刃毫不犹豫地刺向胚胎。
剧烈的爆炸中，血肉矩阵开始分崩离析。观测者首领的虚影发出凄厉的惨叫，被失控的暗熵锁链绞成碎片。林秋的能量体也在超负荷中逐渐消散，他最后看到的画面，是苏河驾驶的战机撞向矩阵残骸，小璃的虚影在光芒中对他微笑，而哀牢山的天空，正在重新亮起希望的曙光。但在意识彻底消散前，他感受到了一股陌生而强大的气息——在宇宙的某个角落，新的暗熵威胁正在悄然觉醒......