三界重归平静后的数年，修真界表面祥和安宁，各大门派广收门徒，灵气复苏之地草木葱茏。然而在青鸾宗后山禁地，一株通体漆黑的树苗正以肉眼可见的速度生长，树皮上缠绕着紫色纹路，每片叶子都流转着幽光，树下堆积的落叶竟化作骷髅形状。林婉例行巡查时，发丝突然不受控地缠向树苗，惊觉异常后立即召集众人。
陈阳指尖刚触碰到树苗，识海便炸开无数画面：修士们双眼赤红自相残杀，宗门化作火海，而这棵树在烈焰中疯狂汲取魔气。“是九幽余孽！”他猛地抽回手，发现指尖已结出黑色冰晶，“混沌心魔虽灭，但它将怨念种入天地灵脉，如今在各处生根发芽。”话音未落，天空突然飘来墨色乌云，云层中传来孩童嬉笑，却透着刺骨寒意。
乌云化作万千黑蝶俯冲而下，蝶翼扇动间释放出腐蚀灵气的毒雾。苏清瑶玉箫吹奏《清风曲》试图驱散，音波却被黑蝶组成的漩涡吞噬；秦逸长剑燃起祝融残火，金色光芒刚触及蝶群，火焰便转为诡异的幽蓝。林婉软剑舞出赤色剑幕，朱雀虚影却被黑蝶撕成碎片，剑身上浮现出细密的裂痕。
更糟的是，附近的修士被毒雾沾染后，瞳孔变成竖瞳，手持兵器冲向众人。这些被控制的修士招式狠辣，且能巧妙避开自身要害，陈阳银针虽能暂时击退，却无法根除他们体内的魔气。“它们在消耗我们的灵力！”陈阳急速翻阅识海中的《九幽真解》残韵，发现黑蝶翅膀的纹路与混沌心魔的怨念波动一致。
此时，漆黑树苗突然发出尖啸，树干裂开血盆大口，无数藤蔓如触手般袭来。藤蔓表面布满眼睛与嘴巴，喷出的紫色黏液能瞬间腐蚀法宝。林婉的软剑被黏液触碰后，剑身寸寸碎裂；秦逸的长剑也出现凹痕，雷狱本源之力竟无法灼烧藤蔓。危机时刻，陈阳将体内灵气注入银针，以《九幽真解》道韵为引，刺入树苗根部符文节点。
树苗发出痛苦的嘶吼，藤蔓开始收缩。然而，乌云中传来一阵狂笑，一个身着黑袍、怀抱漆黑灯笼的身影踏空而来。黑袍人面容被阴影笼罩，灯笼表面刻满狰狞面孔，每盏灯笼都囚禁着修士的魂魄。“你们以为斩断灵脉就能根除魔气？”黑袍人声音忽男忽女，“这些‘九幽之种’，本就是你们道心裂隙中滋生的恶念！”
黑袍人挥动灯笼，被控制的修士眼中红光暴涨，联手结出魔阵。地面浮现出血色符文，形成巨大的牢笼将众人困住。苏清瑶玉箫吹奏《破阵曲》，音波冲击符文却反震回来；林婉与秦逸发动道韵共鸣，双生炽焰在牢笼中四处碰撞，却无法突破。陈阳强运功法探查，发现符文核心竟是众人曾经压抑的恐惧与欲望。
“他在利用我们的心魔！”陈阳咬破舌尖保持清醒，“唯有直面恐惧，才能破局！”他率先沉入识海，面对自己对力量失控的担忧，以道韵将其净化；林婉则再次经历青鸾宗覆灭，这次她挥出蕴含新生之意的一剑；秦逸直面屠戮苍生的幻象，用雷狱本源将心魔劈成齑粉；苏清瑶在音道尽毁的绝望中，重新领悟到声音的本质。
随着众人道心稳固，牢笼符文开始崩解。黑袍人见状，将所有灯笼抛向树苗，漆黑树苗疯狂吸收魔气，化作百丈高的魔树。树冠遮蔽天空，树根如巨蟒般破土而出，缠绕住附近的山峰。魔树张开巨口，喷出的黑色雾气所到之处，岩石化为齑粉，灵气凝结成冰。
“以心灯为引，焚尽虚妄！”陈阳双手结印，识海中的《九幽真解》道韵化作一盏金色心灯。林婉、秦逸与苏清瑶也同时凝聚心灯，四盏心灯的光芒相互呼应，金红光芒与纯净灵气融合，形成驱散黑暗的曙光。心灯光芒所到之处，黑蝶消散，被控制的修士恢复清明，魔树的藤蔓开始枯萎。
黑袍人发出愤怒的嘶吼，自身化作万千黑雾融入魔树。魔树力量暴涨，树干上浮现出混沌心魔的面孔，它挥动树枝，掀起遮天蔽日的魔气风暴。陈阳高呼：“道韵共鸣，万法归心！”四人将心灯之力注入道韵，金红光芒化作一柄蕴含天地大道的光剑，直刺魔树核心。
光剑与魔树相撞的瞬间，天地剧烈震颤。魔树发出凄厉的惨叫，身体开始崩解，化作漫天黑色碎片。黑袍人在消散前留下狠话：“只要人心有暗，九幽便永不消亡！”战斗结束后，陈阳捡起软剑残片，望着逐渐消散的魔气深知：这场与心魔的战争，将是永恒的修行。而在世界的另一处，新的“九幽之种”，正在悄然萌发……