宇宙法则重归平衡后，秦逸与林婉并未迎来预想中的安宁。医道星核的能量波动在量子海深处激起千层浪，无数古老的星舰残骸从时空褶皱中浮现，舰体外壳蚀刻着与归墟引擎同源的符文。青囊望着星图上密密麻麻的红点，竹杖轻点地面：“这些是‘神农号’的碎片——初代神农探索宇宙奥秘的座驾，如今它的苏醒，预示着更古老的危机正在觉醒。”
与此同时，各个星系接连出现诡异病症。患者的身体表面生长出类似星舰外壳的金属结晶，意识却陷入无尽的时空循环，在记忆的迷宫中反复经历人生最痛苦的瞬间。白焰在诊疗舱中看着抽搐的病人，额头沁出冷汗：“这不是普通疾病，他们的灵魂似乎被某种力量困在了时间琥珀里。”检测仪器突然爆发出刺耳的警报，病人皮肤下的金属结晶开始逆向生长，将整个病房的设备同化为星舰零件。
秦逸与林婉决定循着神农号的碎片轨迹寻找真相。他们登上一艘由自由残缺派改造的量子穿梭舰，船身镶嵌着苏瑶药晶的碎片，在跃迁时会绽放出淡蓝色的光晕。当飞船掠过一片被称为“遗忘之渊”的星域时，导航系统突然失灵，舷窗外浮现出无数透明的人影——那些都是在探索神农号时失踪的星际探险家，他们的身体与空间融为一体，如同行走的星图。
“别碰他们！”林婉的石化能力突然自发启动，将一名试图触碰人影的船员包裹在石质屏障中，“这些是时空锚点，一旦打破平衡，我们都会被永远困在这里。”秦逸运转神农传承，发现这些人影的记忆中都残留着相同的画面：一座漂浮在虚空中的青铜祭坛，祭坛中央悬浮着一颗跳动的“宇宙之心”，而触碰过它的人，都难逃被金属化的命运。
在宇宙的另一角落，影蚀并未真正消亡。他的意识寄生在歧途法典的残页中，暗中操控着一个新兴组织“溯古会”。该组织成员身着绣有青铜符文的长袍，四处收集神农号的碎片，企图用宇宙之心的力量重塑现实。溯古会首领在秘密会议上展示一块发光的船舵残片：“当十二块神农号核心部件集齐，我们就能唤醒沉睡的造物主，让宇宙回归最完美的初始状态！”
秦逸的飞船终于抵达青铜祭坛所在的星域。这里的空间呈现出诡异的液态质感，无数星舰残骸如同沉没的巨鲸，表面缠绕着发光的藤蔓。当他们靠近祭坛时，地面突然裂开，露出排列整齐的石棺，棺中躺着的赫然是不同时代的“秦逸”与“林婉”——有的身着古装，有的装备着未来科技，却都佩戴着神农信物。
“这是时间的轮回，还是命运的陷阱？”林婉的声音在颤抖，石化的手指不自觉地蜷缩。秦逸握紧她的手，感受到掌心传来的星砂温度，这是两人意识共鸣的征兆。他们同时看向祭坛中央的宇宙之心，那是一颗由纯粹能量构成的晶体，表面流转着所有已知与未知的医疗符号。
就在此时，溯古会的舰队突然出现，密集的炮火撕开了量子穿梭舰的防护罩。青囊挥动竹杖，锈蚀银针化作一道流光，击落了最前方的旗舰。但更多的星舰从时空裂隙中涌出，舰首炮口凝聚的能量光束，竟与宇宙之心产生共振。秦逸意识到，这些人根本不是想摧毁宇宙之心，而是要利用它的力量，将整个宇宙的时间线拉回神农号探索初期——那时的宇宙虽然纯净，却也意味着所有文明将被抹除。
千钧一发之际，被困在时间琥珀中的探险家们突然挣脱束缚。他们的身体化作发光的粒子，组成巨大的屏障抵御攻击。其中一位老者的声音在虚空中回荡：“我们被困在这里无数年，终于等到能改写结局的人。”秦逸与林婉对视一眼，同时将神农信物与石化力量注入宇宙之心。
晶体表面的医疗符号开始重组，形成新的法则。溯古会的星舰在光芒中分解成纯粹的能量，回归宇宙本源；被困的探险家们的灵魂得到解脱，化作星辰点缀夜空。而宇宙之心缓缓沉入祭坛，在消失前投射出最后一幅画面：遥远的未来，一名少年手持沾泥的树枝，站在新生的星球上，背后是秦逸与林婉化作的双子星。