本源熔炉的震荡余波尚未平息，多元宇宙便被一股无形的力量笼罩。在以「能量守恒」维系平衡的「恒能宇宙」，所有能量转换装置开始疯狂运转，本该稳定输出的清洁能源瞬间暴走，巨型能量站接连爆炸，释放出的暗紫色冲击波如海啸般席卷星系。更诡异的是，被消耗的能量并未转化为其他形式，而是直接消散在虚空中，违背了宇宙最基本的物理法则。
与此同时，「时空韵律宇宙」的时空结构出现灾难性崩塌。暗紫色的裂缝如蛛网般蔓延，将空间切割成无数碎片，时间流速在不同区域剧烈紊乱。有的星球上，花朵瞬间绽放又迅速枯萎成灰；有的星域里，战舰刚发射的炮弹竟逆时间流回炮膛。时空守护者们的「韵律罗盘」完全失效，他们惊恐地发现，宇宙的时空韵律正被一种冰冷、无序的节奏取代。
文明联盟的预警系统全线崩溃，最后一次监测数据显示：全宇宙的熵值正以失控的速度攀升，暗紫色的「熵寂雾霭」从本源熔炉扩散至各个角落。不完美之种残留的核心程序在过载前，投射出末日景象——所有恒星熄灭，行星冻结成死星，暗紫色的混沌物质如同潮水，将整个多元宇宙吞噬。
雷恩紧急召集觉醒者，启动「逆熵之战」。物理学家埃隆带领科技小队奔赴恒能宇宙，驾驶装备了「能量锚定装置」的「熵减号」战舰，试图重新建立能量守恒秩序。但在靠近暴走的能量站时，他们遭遇了由失控能量凝聚而成的「熵寂巨像」。这些巨像能吸收一切攻击，并将其转化为加速宇宙熵增的力量，战舰的主炮轰击在巨像身上，反而让周围的空间更快地陷入无序。
时空法师莉娅率领团队深入时空韵律宇宙，试图用「韵律重构仪」修复破碎的时空。然而，每当他们稳定一处裂缝，更多暗紫色时空漩涡便凭空出现。队员们发现，这些漩涡的中心连接着混沌维度，从中不断涌出腐蚀时空的暗物质。莉娅冒险发动「时空回溯咒」，短暂地将局部时空恢复到灾难前的状态，但自身也因时空能量反噬而生命垂危。
雷恩则带领精锐部队重返本源熔炉，决心彻底清除残留的混沌因子。熔炉内部，暗紫色的熵寂雾霭中浮现出混沌原始意志的终极形态——她化作一团不断膨胀的暗紫色能量，身体表面流转着毁灭一切的符文：「雷恩，当熵寂吞噬所有秩序，宇宙将重归原初的混沌！」
在恒能宇宙，埃隆的团队发现，熵寂巨像的弱点在于其能量吸收的饱和阈值。他们将战舰的能量系统过载，集中释放出超量纯净能源，迫使巨像因能量过载而崩解。但在修复能量站核心时，暗紫色雾霭突然加速侵蚀，整个宇宙的能量循环濒临彻底崩溃。
时空韵律宇宙中，莉娅在昏迷前将韵律重构仪的控制权交给队员。众人以自身为媒介，将残存的时空韵律之力注入仪器，发动「永恒韵律共鸣」。金色的时空波纹与暗紫色漩涡激烈碰撞，终于暂时压制住了时空崩塌的趋势。
雷恩在本源熔炉与混沌原始意志展开生死对决。他挥动秩序曙光剑，斩出蕴含全宇宙希望的「破晓逆熵斩」，金色剑光与暗紫色雾霭相撞，爆发出足以撕裂空间的能量风暴。战斗中，雷恩突然领悟到，对抗熵寂的关键不在于消灭混沌，而在于引导无序的能量回归秩序。他引导全宇宙文明的信念之力，在熔炉中构建出「混元熵减阵」。
随着阵法启动，金色的秩序之力与暗紫色的混沌能量开始产生奇妙的转化，熵寂雾霭的扩散速度逐渐减缓。但混沌原始意志在最后时刻，将所有力量注入本源熔炉的核心，引发了一场足以让宇宙归零的熵寂大爆发。雷恩拼尽最后一丝力量，用平衡印记残片与全宇宙文明之力，凝结成「永恒守护结界」，将爆炸的余波隔绝在多元宇宙之外。
战后，多元宇宙虽然得以保全，但已满目疮痍。恒星数量锐减，无数文明覆灭，时空结构千疮百孔。雷恩望着这片残破的宇宙，深知熵寂的威胁并未真正消除。在宇宙深处，暗紫色的混沌物质仍在悄然聚集，而混沌原始意志的声音，也再次在虚空中回荡：「这...只是开始...」