在三块混沌碎片不知所踪的阴影下，多元宇宙的平静如薄冰般脆弱。以「梦境投影」构建现实的「幻影城宇宙」首当其冲，城市上空突然浮现出巨大的暗紫色漩涡，将人们的噩梦具象化为吞噬一切的怪物。街头巷尾，恐怖的深渊巨口撕裂地面，扭曲的人形生物从阴影中爬出，将尖叫着的居民拖入黑暗。更诡异的是，城市的建筑开始逆向生长，化作尖锐的混沌晶体，将曾经的繁华都市变为阴森的堡垒。
与此同时，「元素轮替宇宙」陷入了前所未有的混乱。维系宇宙平衡的「元素循环法典」被暗紫色能量腐蚀，火、水、风、土四大元素失去控制，开始疯狂吞噬彼此。炽热的岩浆与汹涌的洪水在星空中相撞，形成巨大的爆炸；狂暴的飓风裹挟着锋利的岩石，将星球表面削成齑粉。元素使们的法器纷纷炸裂，他们的身体被暴走的元素之力撕裂，化作漂浮在虚空中的残骸。
文明联盟的量子监测网捕捉到令人心悸的信号：三块混沌碎片分别坠落在三个宇宙的核心地带，正以惊人的速度吸收周边能量，形成全新的混沌核心。更可怕的是，原初混沌海的躁动引发了宇宙级的共鸣，所有曾经被封印的混沌力量开始蠢蠢欲动。不完美之种残留的意识在消散前，发出最后的警告：「终末胎动已始，万物将归混沌。」
林夜紧急召集觉醒者，启动「末日防线」计划。小女孩带领科研团队研发出「混沌中和剂」，这种特殊的能量体能够与混沌力量发生中和反应，但需要大量的秩序之力作为催化。他们改造了一艘巨型母舰「秩序方舟」，将其打造为移动的能量枢纽，用于储存和释放中和剂。
洛璃率领科技小队前往幻影城宇宙，驾驶着装备了「梦境稳定器」的「幻梦号」战舰。在与噩梦生物的战斗中，他们发现这些怪物的力量源自人们内心的恐惧。洛璃利用战舰的神经感应系统，将全宇宙文明的勇气与希望转化为「信念光束」，每一道光束都能驱散噩梦，净化被腐蚀的梦境空间。
苏瑶的灵能小队深入元素轮替宇宙，在元素循环法典的所在地——「元素圣殿」，试图修复被破坏的元素平衡。他们遭遇了由暴走元素凝聚而成的「混沌元素领主」，这些领主拥有毁天灭地的力量。苏瑶带领队员们以自身为媒介，引导四大元素重新达成契约，用灵能编织成「元素锁链」，暂时束缚住了领主们的行动。
林夜则亲自带领精锐部队，追踪三块混沌碎片的踪迹。在穿越一片星云时，他们遭遇了混沌力量的伏击。无数暗紫色的「混沌触手」从虚空中伸出，缠住战舰，试图将其拖入未知的深渊。林夜挥动新终焉之剑，斩出蕴含秩序之力的剑气，将触手一一斩断。但在战斗中，他发现混沌力量的攻击模式在不断进化，似乎在学习他们的战斗方式。
当觉醒者们分别抵达三块碎片所在的宇宙时，发现碎片已经成长为巨大的混沌核心。这些核心表面布满扭曲的纹路，不断向外散发着毁灭的气息。林夜意识到，必须同时摧毁三块核心，才能阻止混沌的最终爆发。他通过量子通讯，协调全宇宙文明的力量，准备发起最后的总攻。
在幻影城宇宙，洛璃的「幻梦号」战舰集中所有能量，向混沌核心发射「信念湮灭炮」。金色的光芒与暗紫色的混沌能量激烈碰撞，爆发出强烈的冲击波。在元素轮替宇宙，苏瑶带领队员们将元素锁链与混沌中和剂结合，注入混沌核心，引发了剧烈的能量反应。
林夜所在的宇宙中，他将全宇宙文明的信念之力注入新终焉之剑，斩出「终末裁决」。三道璀璨的金色光芒同时击中三块混沌核心，引发了连锁爆炸。然而，在核心崩溃的瞬间，一道暗紫色的光柱直冲云霄，连接到原初混沌海。混沌原始意志的声音在全宇宙回荡：「愚蠢的蝼蚁，终末之战，现在才真正开始！」
原初混沌海掀起巨大的浪潮，一个更加庞大、恐怖的身影在海水中若隐若现。林夜望着即将到来的终极威胁，握紧手中的剑，向全宇宙发出号召：「无论前方是何等绝境，我们都将为文明的存续而战！」觉醒者们严阵以待，准备迎接这场决定多元宇宙命运的最终决战。