秩序核心火种的爆炸余波尚未消散，宇宙暗物质深处，一双由数据流凝聚的眼睛缓缓睁开。而在现实星空中，那块坠向未知星球的神秘晶体正划破大气层，撞击地面的瞬间，迸发出的幽蓝光芒唤醒了沉睡亿万年的远古遗迹——地表浮现出与初代神农封印同源却又截然不同的符文，以晶体为中心呈辐射状蔓延。
自由方舟的警报声再度响起，裂缝文明的监测系统红光闪烁：“检测到未知星球的能量指数呈指数级增长！那些符文...正在重构星球的地质结构，将其转化为精密的秩序堡垒！”更令人不安的是，不完美之种虽已停止枯萎，但叶片上残留的暗紫色脉络仍在微弱跳动，仿佛在呼应远方的异变。
秦逸按住隐隐作痛的左眼，暗紫色的纹路在皮肤下若隐若现。林婉的星光在花蕊中变得凝重：“晶体里封存的不仅是秩序能量，还有...某个远古存在的意识残片。它正在利用星球原住民的信仰之力，重塑新的秩序体系。”话音未落，方舟的通讯频道突然被干扰，屏幕上出现原住民们狂热的画面——他们的皮肤布满晶体纹路，正将活人献祭给插在祭坛中央的神秘晶体。
觉醒者们立刻启程，驾驶改装后的“破界号”前往目标星球。然而，进入星球大气层的瞬间，飞船遭遇“秩序雷暴”的袭击——紫色闪电劈中船体，竟将金属外壳逐渐转化为秩序代码构成的晶体。残缺派修士结出“混沌护盾”抵御，裂缝文明工程师则启动“频率扰乱装置”，试图中和雷暴中的秩序频率。
着陆后，众人踏入一座由活体晶体构成的城市。街道上巡逻的守卫由原住民改造而成，他们的双眼空洞无神，手中的长矛能释放出将物质分解重组的“熵序射线”。一名觉醒者不慎暴露行踪，瞬间被射线击中，身体化作闪烁的代码碎片。“这些守卫的行动模式...和之前的孢子战士如出一辙！”秦逸挥动终焉之剑劈开射线，剑刃却传来刺骨的寒意。
深入城市核心，一座悬浮在熔岩湖上方的巨型祭坛映入眼帘。祭坛中央，神秘晶体已与星球核心相连，表面浮现出半透明的人脸轮廓——那面容与初代神农有七分相似，却带着极端冰冷的机械质感。“欢迎来到新秩序的诞生地，逆命者。”晶体发出混着机械轰鸣的声音，“你们的反抗，不过是加速文明进化的催化剂。”
祭坛突然释放“秩序同化领域”，领域内的时空被压缩成规整的立方体，觉醒者们的身体开始出现符文化迹象。小女孩将机械心脏与苏瑶药晶融合，发射出“混沌净化波”，暂时压制住同化效果。但晶体随即召唤出十二尊“秩序仲裁者”——这些由暗物质与秩序代码构成的巨人，每一次挥拳都能引发空间震荡。
战斗陷入胶着时，秦逸发现晶体表面的符文与自己体内的暗紫色代码产生共鸣。他强忍着意识被侵蚀的剧痛，引导共生之力探测晶体核心，竟看到了惊人的真相：这里封存着初代神农在极端绝望下创造的“秩序备份意识”，却在漫长岁月中被火种派的极端理念污染。“原来...这才是秩序轮回的真正源头。”他低声呢喃。
千钧一发之际，星孩的锈蚀银针突然从虚空中飞来，钉入晶体表面。银针引发的时间涟漪暂时扰乱了晶体的意识连接。秦逸抓住机会，将自身残余的共生之力、药晶的不完美能量，以及觉醒者们的反抗意志全部注入终焉之剑，斩出一道能穿透时空的“逆命裁决”。
剑刃劈开晶体的瞬间，星球开始剧烈震颤，秩序堡垒逐渐崩解。但在爆炸的余波中，晶体核心的一缕暗紫色意识碎片悄然遁入虚空。而在星球的地下深处，一个更庞大的秩序网络正在苏醒，无数发光的符文如血管般蔓延，连接着宇宙中所有残留的秩序能量节点...