焚烧忏悔录的余烬尚未冷却，宇宙便被一股诡异的暗紫色雾气笼罩。林婉与秦逸在混元中枢的监测屏幕上，目睹着令人绝望的景象：机械文明的量子医疗舱集体宕机，接受过纳米修复的患者身体开始逆向分解；魔法世界的治愈咒语化作腐蚀黑雾，刚愈合的伤口重新迸裂；原始部落的生命图腾失去光泽，被驱逐的古老疾病如潮水般卷土重来。
“所有被治愈的历史正在被改写！”林婉的银发又新增几道石化裂痕，她颤抖着指向星图上不断扩大的红色警报区域，“这不是普通的疾病复发，是时间线在局部坍缩！”秦逸的神农血脉疯狂涌动，金色经络中窜入暗紫色逆流，他强撑着头痛欲裂的意识，挥动混元开天斧劈开一道空间裂缝，试图斩断这股回溯之力，却只换来斧刃上蔓延的腐蚀纹路。
宇宙陷入前所未有的混乱。星际医院外排起绝望的长队，患者们同时承受着历代同类病症的折磨——有人皮肤下既生长着中世纪的坏疽，又浮现出未来科技引发的量子瘤；魔法学徒一边念着驱魔咒，一边咳出上古瘟疫的黑色血沫。自由残缺派与火种派的残余势力趁机作乱，前者向混乱星域投放“无序催化剂”，后者则以“科学净化”为名，对感染回溯病症的星球进行轨道轰炸。
菌裔们在这场灾难中展现出惊人的潜力。他们的血液与回溯之力产生特殊共鸣，一位年长菌裔将自身化作活体实验样本，其半透明的身躯内，紫色血液与暗紫色雾气激烈碰撞，竟凝结出散发微光的“时间疫苗”雏形。但每制造一支疫苗，就需要消耗一名菌裔的全部生命力，他们的族群数量在急剧减少。
“不能让他们白白牺牲！”林婉将石化的手掌按在培养舱上，通过菌丝网络与菌裔们建立更深层次的意识连接，“把你们的记忆和技术传给联盟，我们一起寻找替代方案！”她的意识在数据洪流中穿梭，意外发现回溯狂潮的源头指向医者墓园的废墟——那里残留的噬医菌与忏悔录灰烬融合，形成了一个不断吞噬时间的“熵洞”。
秦逸带着新医道联盟的精锐部队前往墓园，却遭遇两派的联合伏击。火种派的能量立场封锁空间，自由残缺派的生化兽群撕咬着联盟战舰。混战中，秦逸的神农血脉突然与熵洞产生共鸣，他看到了令人心悸的画面：如果任由熵洞扩张，整个宇宙将退化为混沌初开时的无序状态，所有文明的医疗历史都将被彻底抹杀。
“必须有人进入熵洞，从内部逆转回溯！”林婉的声音通过通讯器传来，她的身影出现在战场上空，石化的身体周围环绕着由菌裔血液构成的护罩，“我与噬医菌有特殊联系，这是我的使命。”秦逸想要阻拦，却被她用白发锁链束缚在战舰上：“你带着疫苗去拯救生命，这里交给我！”
林婉踏入熵洞的瞬间，时间与空间的概念彻底扭曲。她的意识在无数个医疗历史片段中穿梭，看到初代神农挥泪毁灭族群，看到秦天明为守护医道坠入归墟，也看到自己从普通医者一步步走向如今的境地。噬医菌在她身边化作初代神农的虚影，发出震耳欲聋的质问：“你以为焚烧忏悔录就能逃避真相？医道的罪孽，需要用生命偿还！”
与此同时，秦逸带领联盟成员突破重围，将时间疫苗分发到各个星球。但疫苗的效力只能延缓回溯，无法根治。他望着手中最后一支疫苗，做出了一个艰难的决定——将其注入自己体内，以神农血脉为引，强行构建出“太初时间锚点”。金色光芒从他身体迸发，暂时稳定住了部分星域的时间线。
而在熵洞深处，林婉的意识与噬医菌展开了最后的博弈。她将自身本源与菌裔的共生之力融合，在混乱的时间流中凝聚出“太素逆溯针”。当银针刺入熵洞核心的刹那，整个宇宙产生剧烈震颤，回溯狂潮开始出现逆转的迹象。但林婉的石化已经蔓延至心脏，她的意识逐渐模糊，只来得及通过菌丝网络向秦逸传递最后一句话：“记得...那朵不完美的花...”