棱镜文明的危机虽暂时平息，熵瞳病毒的阴云却如影随形。林婉与秦逸在复盘时发现，宇宙中多个文明的医疗典籍开始出现诡异篡改，记载的治疗方案与致病方法竟呈现镜像反转。为探寻真相，他们循着残留的熵海能量波动，深入棱镜文明地下最古老的藏书阁——那里存放着号称能治愈一切疾病的《悖论药典》。
踏入藏书阁的瞬间，秦逸手中的银针突然剧烈震颤，针尖指向悬浮在中央的古籍。那本药典由半透明的水晶书页装订而成，文字在页面上如活物般游走，时而组成精妙的医方，时而又化作致命的诅咒。林婉试图读取其中内容，失明的双目泛起微光，却瞬间陷入意识漩涡：她看到自己用书中记载的方法治愈患者，可下一秒，被治愈者却因过度健康而细胞失控，最终化作一团无序的能量。
“这是思维陷阱！”秦逸甩出银针，布下“九宫定魂阵”，试图稳定林婉的意识。银针在空中划出的符文与药典文字相互碰撞，迸发出耀眼的火花。经过分析，他们发现这本书会根据阅读者的医疗认知，自动生成逻辑悖论——越是精通医道之人，越容易被其误导。例如，书中记载用寒冰治愈高烧，但若依方施为，患者体温会在治愈后骤降至绝对零度。
为破解谜题，林婉尝试将《黄帝内经》的辩证思维注入药典。她以晶化经络为引，在虚空中勾勒出阴阳鱼图案，引导秦逸的银针组成“五行相生阵”。当古老的中医智慧与诡异的药典文字接触时，水晶书页剧烈震动，浮现出隐藏的密文：在棱镜文明核心的真理祭坛深处，存在着一台“熵化共鸣器”，它通过量子纠缠改写所有文明的医疗知识。
然而，前往祭坛的道路布满机关。入口处的石门刻着两行矛盾的提示：“治愈即毁灭，毁灭即治愈”。秦逸尝试用银针触发治疗符文，刹那间，无数毒箭从墙壁射出；林婉转而攻击防御装置，地面却裂开深渊，涌出腐蚀一切的熵海之水。就在他们陷入绝境时，星孩的意识突然通过太初医匙传来指引：“答案在矛盾之中。”
林婉恍然大悟，调动体内残留的救赎核能量，在石门上绘制出同时包含治愈与毁灭的符文。石门缓缓开启，内部是一个由无数棱镜组成的迷宫，每个棱镜都折射出不同的医疗悖论场景。他们在迷宫中穿梭，不断遭遇自我矛盾的困境：遇到受伤的生物，治疗会加速其死亡，放任不管则能自行痊愈；使用解毒药剂，反而会激活潜在毒素。
在迷宫深处，他们终于找到熵化共鸣器。这台机器由初代实验室的残骸改造而成，核心处镶嵌着苏瑶晶化体的碎片。当秦逸试图破坏机器时，共鸣器突然启动，释放出的能量将他们困在一个时间循环中——每次摧毁机器，都会在瞬间重生，陷入新的悖论。
林婉意识到，单纯的破坏无法解决问题。她再次发动意识链接，深入共鸣器核心，发现其中封印着一名被归墟意识侵蚀的棱镜文明先知。通过“共情诊断”，她感受到先知内心的矛盾与挣扎，原来他试图用悖论打破医道的绝对权威，却不慎沦为归墟之主的工具。
“医道从不是绝对真理，而是对生命的敬畏与探索。”林婉将这句话传入先知意识。对方的精神防线出现松动，共鸣器的能量波动随之减弱。秦逸抓住时机，用银针刺入机器核心，同时注入《黄帝内经》的本源力量。熵化共鸣器轰然炸裂，散发出的能量中，秦逸和林婉看到了宇宙中无数文明因悖论药典而陷入混乱的画面，也更加坚定了对抗归墟之主的决心。而在他们离开后，《悖论药典》的最后一页浮现出新的文字：“真正的答案，永远在问题之外。”