母脑危机解除的余波尚未平息，逆命之树的异变已达到临界点。林婉与秦逸返回现实宇宙时，赫然发现原本守护众生的古树已彻底沦为暗紫色的庞然大物。它的根系如同巨大的血管，深深扎入数十个星系，树冠遮蔽的星域中，所有星球的生态系统都在向病态的“完美共生”转变。
“树的熵化速度超出预期！”秦逸的银纹刺入树干，观测者之力反馈的画面令人不寒而栗：树心处的命核正在与初代实验室的熵寂母体建立量子纠缠，每一次脉动都引发空间的扭曲。更可怕的是，被共生体改造的文明开始自发建造“熵能祭坛”，将捕获的生命体献祭给逆命之树。
林婉驱动典籍释放治愈金光，试图唤醒树的生机，却遭到疯狂反扑。无数藤蔓如巨蟒般袭来，将医疗舰缠住。金芒接触藤蔓的瞬间，竟被转化为强化其侵蚀性的能量。“它把我们的攻击当成养料了！”林婉的意识体在剧烈震动中出现裂痕，典籍的书页渗出黑色黏液，“必须切断它与实验室的连接！”
两人驾驶舰船沿着树根的脉络深入，却发现根系中流淌的不再是生命能量，而是混杂着熵寂之力的暗紫色流体。当他们抵达初代实验室的外围时，眼前的景象宛如地狱：实验室的外墙被树根包裹，形成一个巨大的共生体堡垒，入口处矗立着由无数医者骸骨堆砌的图腾柱，柱身刻满“以熵证道”的扭曲经文。
“等等！”秦逸的银纹突然剧烈震颤，“树的异变中掺杂着星孩恶体的意识波动。他在利用树的共生特性，将熵寂力量伪装成救赎！”话音未落，堡垒的大门轰然洞开，逆命之树的根系化作人形守卫冲出，他们的身体表面布满星孩恶体标志性的暗紫色纹路。
战斗中，林婉发现这些守卫的弱点与共生体截然不同。她不再使用攻击性的医道力量，转而驱动典籍释放“共情波动”，试图唤醒守卫体内残留的生命意识。奇迹发生了，部分守卫的动作出现迟疑，他们的身体开始透明化。但就在此时，逆命之树的树冠爆发出刺目紫光，所有守卫瞬间被强化，化作更恐怖的战斗形态。
“这样下去不是办法！”秦逸将银纹注入树根，观测者之力强行解析树与实验室的连接节点。他的意识在暗紫色流体中艰难前行，终于发现树心处存在一个由初代道侣亲自设置的“熵能虹吸装置”——这个装置本意是吸收熵寂能量保护宇宙，却被星孩恶体篡改，反而成了加速熵化的元凶。
林婉与秦逸决定冒险深入树心摧毁装置，但他们刚突破守卫防线，逆命之树突然分裂出邪恶的“影之树”。影之树的枝干上挂满被囚禁的文明火种，树根处缠绕着被异化的苏瑶晶化体。它的声音混着星孩恶体的狞笑回荡在虚空中：“你们以为共生是救赎？不过是另一种形式的奴役！看清楚吧，这才是宇宙的真相！”
影之树挥动枝干，释放出能腐蚀灵魂的“熵化风暴”。林婉的意识体在风暴中摇摇欲坠，典籍的金芒变得忽明忽暗。关键时刻，她想起初代道侣在母脑核心留下的最后记忆——那个为追求完美医道而迷失的女子，临终前最大的遗憾是未能守护生命的多样性。
“真正的共生...不是同化一切！”林婉将自身意识与典籍彻底融合，化作一道金色光柱射向影之树。秦逸则用银纹构建出观测者牢笼，困住影之树的行动。在金芒与银纹的双重冲击下，影之树的身体开始崩解，但它在消散前，将所有力量注入逆命之树的命核。
命核剧烈膨胀，发出震耳欲聋的轰鸣。初代道侣的虚影在光芒中浮现，她的眼中闪烁着悔恨与期待：“快...用锈蚀银针的残片...那是最后的希望...”而此时，林婉与秦逸才惊觉，锈蚀银针的残片早已在时间锈痕事件中化为尘埃。逆命之树的熵化进程即将完成，一场足以毁灭宇宙的灾难，正在倒计时......