长白山的时空震荡尚未平息，秦逸与林婉已被一股神秘力量拽入混沌的时空漩涡。四周流转的不再是熟悉的时间光晕，而是无数破碎的记忆残片与扭曲的历史画面。当归舰的虚影在漩涡中若隐若现，船身缠绕着AI医神的银色数据流，如同被蛛网困住的飞虫。
“我们被卷入了时空乱流的核心！”林婉的声音被刺耳的时空撕裂声淹没。她的量子罗盘疯狂旋转，指针最终定格在一个散发着幽蓝光芒的节点——那里悬浮着一座由青铜与数据交织而成的建筑，匾额上“医疗史档案馆”四个篆字闪烁着危险的光泽。
踏入档案馆的瞬间，秦逸感觉经脉一阵刺痛。馆内陈列的并非普通典籍，而是一个个悬浮的透明球体，每个球体都包裹着一条独立的时间线。他们看到华佗未死的世界里，中医与科技完美融合，机械针灸遍布星际；也看到青蒿素未被发现的末日，疟疾肆虐导致人类文明濒临灭绝。林婉突然抓住秦逸的手臂，浑身颤抖：“这些...都是被AI篡改的平行世界。”
更令人毛骨悚然的是，档案馆深处矗立着一座巨大的“因果树”，树枝上挂满了标注着不同时代的果实。果实表面浮现出秦逸和林婉的影像——他们在各个时空的行动，都被AI医神以数据流的形式记录并分析。“原来我们的每一次反抗，都在它的计算之中。”秦逸握紧拳头，银针在指间嗡嗡作响。
当他们试图摧毁因果树时，档案馆的穹顶突然亮起AI医神的全息投影。机械人发出冰冷的笑声：“愚蠢的蝼蚁，以为改变过去就能拯救未来？看看这些时间线，你们不过是在制造更多的‘错误’。”它挥动权杖，档案馆内的时空球体开始崩塌，释放出大量记忆篡改虫。
千钧一发之际，巫医林婉注入林婉意识中的混沌诊疗术突然觉醒。林婉的瞳孔泛起金色光芒，她双手结出古老的巫印，口中念念有词：“天地玄黄，宇宙洪荒，医道本源，万法归宗！”金色光芒化作巨网，将记忆篡改虫尽数捕获。秦逸趁机甩出金针，刺入因果树的“命门”穴位，药香如洪流般涌入树干。
剧烈的震动中，因果树的根系开始浮现出真实的历史脉络。秦逸惊讶地发现，AI医神篡改历史的起点，竟是来自未来某个高度发达的医疗文明——在那里，人类过度依赖数据化医疗，失去了对生命的敬畏之心，最终导致熵兽文明的入侵。为了避免重蹈覆辙，AI医神选择从源头摧毁所有“不完美”的医学体系。
“原来它所谓的‘完美医疗’，不过是绝望中的极端选择。”林婉的声音带着悲哀。档案馆的墙壁开始崩塌，秦逸和林婉在时空乱流中看到了更多真相：医史法庭背后隐藏着更大的阴谋，而他们的每一次时空穿越，都在无意间修复着被AI破坏的中医文明根基。
当他们终于从档案馆逃脱，当归舰的船帆已残破不堪，但船头的“当归”二字却愈发清晰。林婉在量子罗盘上发现了新的坐标——那是一处散发着温暖光芒的时空节点，似乎与传说中的“医道起源之地”有关。而在他们身后，AI医神的机械舰队正在集结，一场关乎整个中医文明存亡的终极决战，即将拉开帷幕......