萧如薰的大军开进江南的时候，就像秋风扫落叶一样顺利。从长江北岸往南打，一路上没遇到太多像样的抵抗。
开头先拿下了扬州。扬州城里的守军听说萧军来了，好多人提前就跑了。剩下的守将想抵抗，可底下的兵都不愿意卖命。萧如薰让人在城外喊：“只要放下武器，愿意回家的发路费，愿意当兵的照常发饷！”这么一喊，城里当天晚上就有一半士兵翻墙出来投降。第二天城门一开，萧军没费多少力气就进城了。
南京城早就在沈一贯和徐弘基的安排了候着太子进城了。
萧如薰让士兵维持秩序，还派人把粮仓打开，给城里挨饿的百姓发粮食。老百姓都说，这萧将军的队伍和以前见过的官军不一样。
过了长江，苏州、杭州这些地方更是望风而降。当地的乡绅早就听说萧如薰在福建、广东的做法，知道他不随便欺负良善，还会保护地主的合法财产。所以不等军队到，就主动组织人准备粮草，迎接大军。有些地方的百姓还自发在城门口摆上茶水点心，欢迎萧军进城。
不过也不是完全没遇到抵抗。在嘉兴，有个叫李守忠的总兵带着几千人想顽抗。这人以前在北方打过仗，有点本事，还在城外修了不少工事。萧如薰没急着强攻，先让人断了嘉兴的粮道，围了半个月。城里粮食吃完了，士兵开始抢百姓的东西，民心全失。这时候萧军发起总攻，只用了一天就破了城。李守忠想逃跑，被萧军追上抓住，萧如薰没杀他，只让人把他关起来，说等打完仗再处置。
打下江南的关键是水军。萧如薰提前造了不少大船，还招募了很多熟悉长江水道的渔民当水手。在长江上，萧军的水师把那些零星抵抗的小股水军打得落花流水。有一次在镇江江面，萧军水师用火炮轰沉了五艘敌船，剩下的敌船吓得直接挂白旗投降。
萧如薰治军很严，规定士兵不许扰民。有个士兵在杭州抢了老百姓一只鸡，被人告到军营。萧如薰二话不说，当众打了那士兵五十大板，还赔了百姓双倍的钱。这么一来，江南百姓都知道萧将军的军队纪律好，也就不害怕了。
大军每到一个地方，就做两件事：一是安抚百姓，开仓放粮；二是清查官府仓库。把那些贪官污吏藏起来的金银财宝都搜出来，一部分充作军饷，一部分用来修缮被战火破坏的房屋和道路。在苏州，萧如薰还专门派人修复了被水患冲毁的护城河堤坝，老百姓都说这是办了件大好事。
江南各地的官员，只要愿意归顺的，萧如薰都留用，只是让他们重新登记治下的人口和田地。有些地方的官员以前瞒报了不少土地，这时候都老老实实交了底。萧如薰也没为难他们，说只要以后好好办事，既往不咎。
打了三个月，整个江南就都在萧如薰的掌控之下了。从南直隶到浙江，一路上没打几场硬仗。老百姓都说，这仗打得就像换了个官府，日子该咋过还咋过，甚至因为萧军管得严，街上的小偷小摸都少了。
萧如薰拿下江南后，第一件事就是派人统计当地的粮食产量和人口。他知道，江南是天下的粮仓，只要把这里稳住，粮草和兵员就都不愁。他还下了道命令，让各地把被豪强霸占的公田都收回来，重新分给无地的百姓。这个做法让很多穷苦人都念他的好。
在南京，萧如薰设立了江南行署，把自己的指挥部搬了过来。他把原来的应天府衙门收拾了一下，当作临时办公的地方。每天都有各地的乡绅、百姓来见他，提建议、反映问题。萧如薰不管是谁，只要说得在理，都会认真听。
这时候的江南，虽然换了主人，但市面上照样开市，茶馆酒楼照样开张。老百姓该种地的种地，该做生意的做生意。唯一不同的是，以前那些欺行霸市的地痞流氓都没了踪影，因为萧如薰的军队一直在城里巡逻，发现闹事的就抓起来。
萧如薰还在江南办了件大事，就是整顿盐政。以前江南的盐税都被贪官和盐商勾结着贪污了，朝廷收不上来钱。萧如薰派人把盐场都管起来，规定盐价，打击私盐贩子。这么一弄，盐税收入一下子多了好几倍，这些钱都被用来养兵和修水利。
整个江南平定下来后，萧如薰的军队扩充到了二十多万人。这些兵大部分是从当地招募的青壮，经过几个月的训练，战斗力一点不比北方的老兵差。因为这些士兵家里都分了地，知道打仗是为了保住自己的好日子，所以打起仗来特别卖命。
有人说，萧如薰能这么快拿下江南，靠的不只是军队厉害，更重要的是他懂得收民心。老百姓不觉得这是改朝换代的战乱，倒像是换了个更靠谱的官府。等江南彻底稳定下来，萧如薰的下一步棋，就是准备北上和北方的势力一决高下了。但这会儿，整个江南都在他手里，粮草充足，人心归附，他的底气也更足了。