云枫的武装直升机群遮天蔽日时，冰雯文正在给克隆体们分发蝴蝶形状的防弹贴纸——用黑泽的苹果果胶和韩雯雯偷来的《防弹材料学》配方制成。省厅大楼的玻璃幕墙映出他的倒影，左脸的机械蝴蝶义眼闪烁着红光，那是用紫龙集团的基因武器残骸改造的。
“凌枫在哪儿？”他的声音通过扩音器震碎玻璃，“让他带着克隆体097的基因链来见我，否则我炸平这里。”
冰雯文握紧凌枫的警徽，徽章里突然跳出黑泽的全息投影：“云枫是097的原生体哥哥，他们共用蝴蝶胎记基因。”投影画面里，少年云枫正给戴蝴蝶发夹的克隆体妹妹编花环，背景是紫龙集团的秘密孤儿院。
凌枫从地下武器库冲出，怀里抱着用《基因伦理学》包裹的基因链容器：“097在临终前托我带句话——‘哥哥，别让蝴蝶翅膀沾上太多血’。”他举起容器，里面的蓝紫色基因链正在与云枫的机械眼共鸣，显形出妹妹的笑脸。
“她的笑声......”云枫的机械臂微微颤抖，“紫龙集团说她的基因有缺陷，需要销毁......”
“不是缺陷，是天赋。”潘淼的全息投影突然出现在直升机群中间，她身后是克隆体们用机改造的“和平信号塔”，“097能听见基因链的声音，她临死前听见的，是你藏在袖口的蝴蝶风铃响。”
省厅大楼的天台突然裂开，三花猫“黑泽”叼着云枫的蝴蝶风铃跳出，铃铛里掉出的不是金属片，而是097的录音：哥哥，蝴蝶飞的时候，翅膀会说‘我爱你’。云枫的机械眼迸出火花，那是情感芯片过载的征兆，直升机群的枪口开始偏离目标。
“开枪啊！”藏在云层里的蝴蝶领结残余势力通过通讯器怒吼，“占领省厅就能拿到所有克隆体的销毁权限！”
冰雯文这才注意到，云枫的武装机甲后颈插着控制芯片——正是纸雷的量子技术产物。她掏出Zorg给的星际病毒注射器，趁乱刺进芯片接口：“你的愤怒不是你的，是他们用克隆体的恐惧编程的！”
芯片爆炸的蓝光中，云枫看见童年记忆：他和097在苹果园里追蝴蝶，她的发夹不小心掉进井里，他发誓要给她摘最亮的星星。当记忆与量子编程对抗时，他的机械臂自动瞄准了蝴蝶领结的指挥舰，炮口射出的不是导弹，而是097的基因链投影——化作千万只蝴蝶，扑向敌人的驾驶舱。
韩雯雯带着克隆体们冲上天台，每人手里都捧着云枫资助的克隆体孤儿院孩子们的画作。最大的孩子举起画着蝴蝶坦克的画：“云叔叔说，坦克要用来保护蝴蝶，不是压碎它们！”云枫的机械义眼流出机油，那是他改造成泪腺的装置，机油在地面汇成蝴蝶形状，冲走了省厅天台的血迹。
最终，云枫的直升机群降落在省厅广场，机甲舱门打开，里面跳出的不是士兵，而是 thousands of 戴着蝴蝶发夹的克隆体孤儿。他们抱着云枫买的童话书，书里夹着黑泽的纸条：真正的军火商，该贩卖希望。冰雯文望着这些孩子，突然明白：云枫的“武力占领”，不过是用错误的方式，完成对妹妹的承诺。
Zorg的飞碟在黄昏时降临，机械臂递给云枫一枚银河联邦的“迷途知返”勋章。凌枫将097的基因链容器交给他，容器突然裂开，飞出只由基因光组成的蝴蝶，停在他的机械义眼上。云枫笑了，这是他妹妹死后，第一次真正的笑。
省厅大楼的废墟上，克隆体们用云枫的机甲残骸搭起秋千，秋千绳上系着韩雯雯偷来的《战争与和平》书页。冰雯文望着天空，黑泽的全息投影正在给孩子们讲睡前故事，故事里的蝴蝶骑士骑着机械龙，用苹果核炮弹击碎所有歧视的高墙。而云枫坐在一旁，给最小的孩子编着蝴蝶发夹，夕阳把他的影子拉得很长，像一只终于收起利爪的蝴蝶，安静地守护着属于他的星空。
云枫的机甲脚掌碾碎省厅前的蝴蝶雕塑时，地面突然裂开，喷出的不是岩浆，而是韩雯雯用《地质力学》改良的粘滞剂。五十台武装机甲瞬间陷入甜蜜陷阱，机械关节里的齿轮卡着粉紫色糖丝，像极了被蛛网缠住的钢铁蝴蝶。
“这是克隆体们的‘温柔陷阱’。”冰雯文通过对讲机大笑，她站在改装的图书馆战车上，车顶的投石机正将《辞海》投向敌军——每本词典都灌了黑泽的苹果胶水，砸中机甲后会展开成巨大的蝴蝶形状，遮挡光学瞄准器。
凌枫在指挥中心调出敌军热源分布，却发现云枫的机甲信号在量子态间闪烁。“他还戴着纸雷的控制芯片！”他将潘淼的蝴蝶毒针插进战术沙盘，毒针渗出的蓝紫色液体竟在地图上显形出云枫的记忆碎片：妹妹097在实验室里用基因链画蝴蝶。
真正的突破来自天空。Zorg的飞碟突然切换成“和平模式”，射出的不是激光，而是银河联邦的《文明公约》全息影像。正在扫射的毒枭士兵们看着影像中克隆体与人类共舞的画面，扳机逐渐松开——他们中许多人曾是紫龙集团的底层员工，亲手抱过克隆体婴儿。
“别被迷惑！他们不是人！”蝴蝶领结残余势力的指挥官举起基因链鞭子，却被身后的士兵击落。那士兵摘下头盔，露出与克隆体037同款的蝴蝶胎记——他曾是实验体的原生体，因“基因污染”被组织处决，侥幸逃脱。
战场上的风向瞬间逆转。云枫的机甲突然转向，用主炮轰开蝴蝶领结的指挥中心，机械臂里掉出的不是弹药，而是097的蝴蝶发夹。“原来你一直藏在这儿。”凌枫的声音从通讯器传来，“黑泽说过，真正的武器永远在心里。”
省厅的克隆体支援部队抵达时，孩子们推着装满苹果酱的消防车。最小的克隆体按下喇叭，播放的不是警笛，而是黑泽用克隆体笑声混剪的“声波武器”。敌军的机甲操作系统在笑声中崩溃，屏幕上跳出无数蝴蝶弹窗，每个弹窗都写着：你曾是孩子，别让孩子成为武器。
蝴蝶领结指挥官狗急跳墙，启动藏在省厅地下的基因裂变弹。潘淼的全息投影突然出现在弹体前，她的手指抚过倒计时屏幕，竟将数字改成了克隆体们的生日歌节奏。“这个炸弹的密码，”她对着镜头微笑，“是黑泽给每个克隆体写的第一句‘你好’。”
当生日歌的旋律填满整个战场时，基因裂变弹发出温柔的蓝光，化作千万只蝴蝶飞向星空。云枫的机甲在蓝光中解体，露出里面蜷缩的他——早已扯掉控制芯片，怀里抱着097的基因链容器。“原来真正的自由，”他望着天空，“是不再被仇恨编程。”
战争的最后一幕发生在省厅天台。冰雯文用凌枫的警徽接通银河联邦法庭，当庭展示蝴蝶领结们用克隆体基因制造生化武器的证据。Zorg的机械臂呈上关键证物：黑泽用苹果核存储的克隆体意识数据，每个核里都封存着一个孩子的灵魂。
“根据星际法第x-72条，”法官的声音从宇宙传来，“剥夺他人存在权的罪行，等同毁灭恒星。”蝴蝶领结指挥官们的量子芯片同时启动自毁程序，他们的惨叫声中，省厅广场的喷泉喷出蓝紫色的“基因净化水”，洗净了所有武器上的血迹。
硝烟散尽时，克隆体们在废墟上种满苹果树，每棵树都挂着战争中损坏的机甲零件，改造成蝴蝶形状的风铃。云枫坐在轮椅上，给孩子们讲他和097的故事，韩雯雯则忙着将战争记录编成新书——《蝴蝶战争：当枪炮开出花朵》。
冰雯文望着天空，黑泽的全息投影正在给银河联邦的孩子们上课，他举起苹果核：“这场战争教会我们最重要的事，不是如何战斗，而是如何停止战斗。当你看见蝴蝶时，记住——每只翅膀的振动，都是生命在说‘我值得存在’。”
省厅大楼重新挂牌那天，门口的蝴蝶雕塑被换成动态装置：每当有人经过，就会飞出无数光点蝴蝶，落在访客的肩头。凌枫摸着新警徽上的蝴蝶标志，冰雯文递来杯加了苹果酱的咖啡，远处传来克隆体们的笑声——他们正在用敌人的机甲残骸搭建儿童乐园的秋千。
而在宇宙的某个角落，被净化的基因链正在孕育新的生命，它们的dNA双螺旋上，永远刻着黑泽留下的密码：爱，是唯一的战争终结者。