在拿下京城后，北直隶和山西各地传檄而定。喀尔喀蒙古再次败于招讨军后，彻底退出了燕山地区。
多尔衮，多铎按亲王礼葬在了清永陵也就是努尔哈赤陵墓的西侧。
武哈纳、李巴彦、松古里以及在这次战争中牺牲的将士们，一起安葬在了明十三陵西南边，虎峪山上的烈士公墓里。
前清各级官员包括八旗贵族，进行了分类处理。在郑成功必杀名单上的，只要被抓住了全部判处了死刑。那些罪过不大，且有心改过自新的，则送进了监狱进行改造。
对仅怀念前清但无实际威胁的官员，发放路费遣返原籍。对具备专业技能且无罪的旧官员，采取“各安职守，办理移交”原则，继续任用。
鳌拜在逃出京城后，带着手下人马和他们的家眷们，一直逃到了开封后才停下。虽然他在开封号令整个河南，并且打出了为多尔衮复仇的旗号，想要号召一些前清余孽。
但结果除了来了一堆包衣奴才以外，就没有其他八旗贵族鸟他。
吴三桂在逃走后直接向南逃到了徐州，投奔了南明。虽然他逃走时没能带走家眷，但是郑成功在进城后并没有为难他的家眷们。而是给了吴三桂家眷一个选择，愿意走愿意留自便。
大方面的事情办完，郑成功该安置一下自自己起兵以来，一直在京城隐藏自己，默默付出的大功臣了。
京城，湖里捞火锅店的密室里，郑成功见到了久违的二号。
“哥，这些年你辛苦了。很抱歉这些年让你受了这么多委屈。背了这么多骂名。”郑成功十分自责的说道。
“不，看到你带兵打败满清了，看到你带兵进城了，看到百姓安居乐业了。我感觉我所做的一切都是值得的，都是有意义的。我不委屈，也不怕背下这些骂名。”二号说道。
“还是我亏欠你太多呀。虽然现在我已经进城了，但是你却不得再次遁入黑暗之中，改头换面离开京城。”郑成功十分抱歉的说道。
“我明白，在京城里认识我的人太多，而且我还在你的必杀名单上，呵呵。”二号笑道。
“没错，从今往后你不能在使用‘林登图’这个化名了，‘二号’这个代号也将成为过去时。从今往后，我想让你以你的真名‘杨华’示人。不知你意下如何？”郑成功询问道。
“‘杨华’这个名我好久都没听到过了。现在听起来是那么的陌生。‘杨华’也好，‘林登图’也罢，都只是符号罢了。只要这个符号能够帮到你，叫什么我都愿意。”杨华讲道。
郑成功点了点头，又安排道：“杨哥，至于你的去处，我想听听你的意见。”
“你安排就好，无论是刀山火海，我都愿意去。”杨华表态道。
“我想让你回福建，组建对外情报局。专门负责海外各国情报。待十年后，人们渐渐忘记了你的模样，再回京城。不知你意下如何？”郑成功询问道。
“我干。”杨华十分坚定的答应道。
“好！那么从现在起，你的代号就变为‘深海’。”
“好！”
“你先收拾收拾，十日后，我派梧桐卫队护送你和你的家人回福建。”郑成功安排道。
杨华又说道：“多谢。不过在走之前，我有一本奇怪的书要交给你。骆养性从狱中逃跑后，我带人抄了他的家，在家中我发现了一本奇怪的，用金子做成的书。”
说罢杨华从一旁的包袱里，拿出了一本用金子做成的，上面一个字也没有，全是镂空的洞和压得突出的点。郑成功定睛一看，‘卧槽，这不是和从巴萨罗那上剿来的那本二进制写成的书一样吗？’
……
时间很快就来到了1652年春节的时候，此时京城和北直隶各地的局势已日趋稳定。
安全无虞后，郑成功便将他的夫人们和孩子们都接来了京城。虽然此时紫禁城里的前清皇室成员已经被请了出去。但是郑成功还是没有领着家人住进去。
而是暂时住在了多尔衮登基前的摄政王府。
当然大家都猜测，郑成功明明有资格住紫禁城也不住是因为还没称帝。同时大家也都承认郑成功没有称帝只是暂时，而且很快他就将称帝，毕竟他已经将夫人和孩子都接到京城来。
然而郑成功将自己的媳妇们和孩子们都接来京城快三个月了，眼见马上到清明节了，他自己却一点动静也没有。
甘辉、薛国观、郭启辰等人都急了，他们都劝进过，但郑成功始终无动于衷。
不过事情的转机发生在清明节这天。清明节这天一郑成功带着夫人们和孩子们来到了紫禁城的太庙里，祭拜前明和前清以及前元的先皇们。
祭告太庙的活动举办的并不盛大，但庄严肃穆，该有的规矩都有。
郑成功领着夫人们和孩子们三跪九叩，上过香，供奉过贡品后。郑成功看着自己的两位老丈人（朱由检和皇太极）的牌位久久不语。
‘不知我这两位老丈人，在九泉下能否握手言。’郑成功在内心中自言自语道。
有人曾向郑成功提议将前清和前元皇帝的牌位都从太庙中移出去，就算不把前元皇帝的移出去，也应该把前清皇帝的牌位移出去。
不过这个提案一提出来，就被郑成功否决了。就连提起此事的人也被郑成功送去了宿务。
自己的招讨军里不只有来自前明的官员和战士，还有前清和蒙古科尔沁部的官员和战士。把前清和前元皇帝的牌位移出去，不是故意制造分裂吗？
更何况自己在世的六位夫人中有两位都是来自前清皇室，一位来自前明皇室，一位来自蒙古科尔沁部。要论起来，自己家里的含清量比含明量还要高。
不把前清和前元皇帝的牌位放进太庙，自己家里就得先打起来。
所以做这个提议的人，必须发配边疆。留着只会在招讨军内部和自己家里制造矛盾。
更何况通过祭告太庙里的元明清三朝皇帝，也就代表着郑成功承认且继承了这三朝的法统。未来有需要的时候，自古以来起来，也会变得更加有理有据。
在结束了太庙的祭拜活动后，郑成功又马不停蹄的赶往了天坛，他要在这里祭天称王。