宇宙在经历黑暗本源危机后，重归表面上的平静。联盟各星球沉浸在复苏与发展的热潮中，星际贸易航线愈发繁忙，新的殖民地如雨后春笋般在适宜星球建立。但李明在这看似祥和的表象下，总隐隐感到不安。
果不其然，联盟情报部门截获一系列异常通讯信号。这些信号加密复杂，来源分散在宇宙偏远角落，经过专家多日艰难破译，竟发现是一些小型势力在秘密集结。他们虽单个力量薄弱，却似乎在谋划着针对联盟的联合行动。李明意识到，这或许是一场有组织、有预谋的暗中对抗，背后很可能隐藏着不为人知的势力在操控。
为了摸清情况，李明派遣了多支精英情报小组，伪装成星际商人、探险家，分散至信号来源区域。其中一支小组在一颗名为“砾石星”的荒芜星球上，发现了疑似秘密据点。据点隐藏在巨大的陨石坑下，周围布置了先进的隐形护盾和防御武器。情报小组小心翼翼地靠近，利用携带的反隐形探测器，成功突破护盾侦查。他们发现据点内正在大量囤积能量武器和星际战舰零件，并且有迹象表明，这里是各方势力的联络枢纽。
李明接到汇报后，立刻召集联盟军事高层商议对策。一位来自“猛禽族”的将军建议：“我们应立即出动舰队，对这些据点进行突袭，将威胁扼杀在萌芽状态。”但李明却冷静地分析道：“贸然行动可能会打草惊蛇，引发未知的连锁反应。我们先继续深入收集情报，了解他们的真正目的和背后主使。”
与此同时，联盟科研团队在对神秘天体和黑暗本源力量的后续研究中，有了意外发现。他们发现黑暗本源虽被暂时中和，但在宇宙某些特殊区域，依然存在着与之共鸣的微弱能量波动。这些区域分布毫无规律，且能量波动强度在逐渐增强。科学家们担心，这可能预示着黑暗本源力量有再次觉醒的迹象。
李明陷入两难境地，一方面要应对暗中集结的势力威胁，另一方面要防止黑暗本源力量死灰复燃。他决定双管齐下，一方面加大情报收集力度，派遣更多特工渗透至可疑势力内部；另一方面，组织顶尖科学家成立专项研究小组，深入探究黑暗本源力量的复苏机制，寻找彻底解决隐患的办法。
在情报收集过程中，一支特工小队历经艰险，成功获取到一份关键情报。原来，这些小型势力的集结是受到一个自称为“宇宙秩序重塑者”组织的蛊惑。该组织宣扬联盟的强大破坏了宇宙原有的“自然秩序”，必须被推翻，他们企图联合各方力量，发动一场针对联盟的全面战争，重新划分宇宙势力格局。
李明得知这一消息后，深知局势严峻。他一方面通过联盟官方渠道发布声明，揭露“宇宙秩序重塑者”组织的阴谋，呼吁各势力保持冷静，不要被其误导；另一方面，紧急加强联盟各星球的防御工事，集结舰队进行战略部署。
而在黑暗本源力量研究方面，科学家们经过日夜奋战，发现这些特殊区域的能量波动与一种古老的宇宙射线有关。这种射线能够激发黑暗本源力量的活性，而宇宙中即将发生的一次罕见天体碰撞，可能会产生大量这种射线，极大增加黑暗本源复苏的风险。
李明果断决定，在天体碰撞前，派遣一支由科研战舰和护航舰队组成的特别行动队，前往射线产生区域，利用特制的能量干扰装置，尝试改变射线的传播方向和特性，阻止其与黑暗本源力量产生共鸣。
特别行动队抵达预定区域后，立刻遭遇了强烈的宇宙辐射和复杂的引力场干扰。在艰难靠近天体碰撞点时，又遭到了“宇宙秩序重塑者”组织派出的干扰舰队袭击。他们企图破坏行动队的任务，让黑暗本源力量复苏，从而引发宇宙混乱。
护航舰队迅速与干扰舰队展开激战，科研战舰则在火力掩护下，全力部署能量干扰装置。战场上能量光束交错，战舰爆炸的火光不断闪烁。李明在联盟总部密切关注着战场局势，适时地给予行动队战术指导。
经过一番惊心动魄的战斗，护航舰队成功击退干扰舰队，科研战舰也顺利启动能量干扰装置。在装置的作用下，宇宙射线的传播方向发生改变，避免了与黑暗本源力量的接触。
然而，“宇宙秩序重塑者”组织并未善罢甘休，他们开始在联盟边境频繁制造摩擦，煽动一些中立星球对联盟的不满情绪。李明明白，更大的危机或许还在后头，联盟必须做好全面应对战争的准备，同时继续深入探寻黑暗本源力量的秘密，以彻底消除这一宇宙隐患 。