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自玄殛离开业火山庄后，涯枭将收获的一些异兽残骸交给手下研究室后，发现面板上显示‘可穿越’，随即点开了穿越选项。
身份植入，锡安基地成员，阿道夫·莫里亚蒂……
《黑客帝国》世界开始……
融合分身记忆后，涯枭发现自己身处地球上最后一个人类据点——锡安基地。这个地方给人一种破旧、充满废墟的感觉，仿佛是被岁月和战争摧残过的地方。
这个世界被母体系统所控制，而现在，在尼奥等人的反抗操作下，母体系统已经决定“先下手为强”，开始第六次清除行动。
地下城市锡安（Zion）是人类和人工智能进行核战争后，仅存的最后一座人类城市，也是人类反抗军与机器作战的中心区和指挥部。这座地下城其实是由一连串中型洞窟组成，可容纳高达25万人。
地下城市锡安第一层是码头层，是一个配备重型武装的防御区域，人类飞船在这里停靠，接受充电和维修。第二层是生活层，是地下城市最大的组成，在地下岩壁凿出密密麻麻的地下洞窟是人类最后的栖息地，岩壁之间有立交桥般纵横交错的交通网道相连。
同时，锡安也是一座地下图书馆，保留了在“第一次机器战争”之后，残存的人类历史和文明遗存资料。
锡安基地位于地球深处，依靠地热作为能源，成为人类对抗matrix和机器之城的最后基地，基地的顶部和四周都装有厚重的防御层，其上满是岁月的痕迹。
这里是人类最后的希望，但微弱的防守力量根本不足以对抗即将到来的电子乌贼大军。
在这个基地里，集结了人类的最后力量！
战士们身穿银灰色的外骨骼机甲，机甲手持机枪，在昏黄的灯光下闪烁着冷硬的光泽，透露出一股苍凉感。
基地里的普通人也在为即将到来的战争而努力着，有的在帮着搬运物资，有的则在调试着手里的武器……所有人都在时刻警惕着电子乌贼的进攻。
战斗前夕，墨菲斯开始对全体锡安人动员，“锡安的同胞们！听我说。你们所听说的大部分都是真的，电脑召集的机器兵团正在逼近我们的家园，我们将有一场艰辛的硬战要打。
想要赢得这场战争的胜利，首先要斩除内心的恐惧。
我现在，站在这里，心中毫无惧意！
为什么？是因为我跟你们有着不同的信念吗？
不是！我能无惧的站在这是因为我记得，我记得我之所以能在这里，不是因为遵从前人所铺下的路，而是相信自己能创造属于我们的未来！
我记得我们跟这些机器对抗了百余年，我记得这百年来它们不停地派军队来企图消灭我们，经过了这一个世纪的战争我记得，最重要的一件事是我们依然活着！
今晚，让我们对机械军团宣战！
今晚，让我们感天动地！
今晚，让我们敲响这些钢铁和巨石的声音，传遍炙热地心到阴暗天空！
今晚，我们要让他们记住，这就是锡安，我们无所畏惧！”
……
涯枭很快了解到自己的处境，作为一名黑客和战斗专家，本身拥有丰富的知识和技能。然而，面对个电子乌贼的进攻，没什么大用，因此涯枭直接连通了魔眼镜界和魇魔幻界，制作起了电子机械病毒，静待战争的到来。
轰——
随着一声巨响，基地穹顶被钻穿了一个大洞，密密麻麻的电子乌贼应声而来，行进的响动传到基地内部，所有人都是枪口上抬，严阵以待。
麦凡利队长站在前列说道，“好了，终于到了最后关头，你们都知道我的性格直率，这一次我也是长话短说，如果我们阵亡，那也没有什么，但我要你们做到的是，如果必须死在敌人的手上，那就跟敌人同归于尽吧！！！”
随着钻头落地，无数电子乌贼蜂拥而至……
“准备迎战！！！保卫锡安！！！”麦凡利队长下达命令后，操起机甲，猛烈地开火，弹链随着机枪的转动快速消耗。
“狠狠地打！！！”麦凡利队长嘶吼着，其他战士也不甘落后，架起火箭筒，一炮消灭一团电子乌贼。
第一波冲下来的电子乌贼在无数的曳光弹幕之下，被直接打爆，洒落一地的废铁。
然而，下一刻，基地穹顶的破洞之处，一大股电子乌贼如潮水般涌出，在空中凝结成集团，冲击各处防御力量。
防御塔上的弹幕连绵不绝，向着天上的电子乌贼扫射而去，战场上的交锋激烈无比，电子乌贼如雨般坠落。
轰炸声不绝于耳，每一处都有激烈的爆炸声响起，防御塔的火光照亮了整个基地。
涯枭此时已经来到了基地的一处核心，这里聚集了锡安基地的后备力量。他们面色凝重地盯着前方的战斗，涯枭也看到了他们眼中的坚定和决然。
涯枭径直走向了一处高台，开始操作起面前的仪器，械力涌动，瞬间改造出一台连接仪器，沟通随身世界里的主机，涯枭的手指在虚拟界面上快速滑过，留下一串串复杂的指令。
涯枭的手指在虚拟界面上疾飞，眼中不断有数据闪烁，涯枭明白，关键时刻来了。
涯枭要将电子乌贼引向自己，利用自己制作的电子机械病毒，将它们一一摧毁。
锡安基地的防御力量开始集结，火箭筒、机枪等等武器一齐轰鸣，火力全开。与此同时，电子乌贼们也开始发动更猛烈的攻击，它们从四面八方涌来，像潮水一样涌向锡安基地。
“来了……”涯枭低语道，手指在虚拟界面上飞快滑过，大脑中快速闪过一串串代码。
突然间，电子乌贼们的攻击变得更加猛烈，它们似乎察觉到了涯枭的存在。然而，它们不知道的是，这正是涯枭所想要的。
随着时间的推移，电子乌贼的攻击越来越猛烈，它们仿佛要将整个锡安基地摧毁。但是，就在它们攻击最猛烈的时候，一股强大的波动从锡安基地的核心区域爆发出来，自缺口处直冲云霄。
那是一股强大的电子机械病毒，它是由涯枭所制作，专门为了对抗电子乌贼而设计的。它可以在电子乌贼的内部爆发，将它们一一摧毁。
像产生了连锁反应一般，电子乌贼们接连故障，瘫痪坠落，整个战场瞬间变得安静下来，只剩下重物落地声在基地中回荡。
涯枭默默地盯着眼前的战场，一种怪异的感觉逐渐涌上心头：这场战争还没有结束……