谪贬彭泽
长寿元年（692年）正月，酷吏来俊臣以阴谋反叛之罪名，诬陷狄仁杰等一众大臣，将他们无情逮捕并投入大狱。按照当时的律法规定，只要在接受审问时立即承认谋反罪行，便有机会获得减免死罪的宽大处理。面对如此情境，狄仁杰毅然决然地当场认罪，高声说道：“大周革命，万物惟新，唐室旧臣，甘从诛戮，反是实！”来俊臣得到这一口供后，便将狄仁杰等人收押监禁，只等待日后的行刑之期，不再对他们施加更为严酷的防备措施。
狄仁杰暗中向狱吏借来笔墨，从被子上撕下一块帛布，在其上书写下自己的冤屈之情，然后将它塞进了棉衣里面，请求狱卒帮忙送回家中。负责看守的王德寿并未对此起疑心，让人将这份帛书送交给了狄仁杰的儿子狄光远。狄光远手持帛书，满怀悲愤地向武则天诉说了父亲的冤情。
武则天仔细阅读完帛书之后，即刻召来来俊臣进行质问。来俊臣却狡辩道：“臣并未对狄仁杰等人施以任何酷刑，甚至连他们的冠带都未曾剥下，他们的饮食和寝宿也都一切如常。如果没有谋反的事实，他们又怎么可能肯承认谋反呢？”武则天听后，便派通事舍人周綝前往狱中查看实际情况。来俊臣事先给狄仁杰等人穿戴整齐，然后才让周綝进入狱中查看。周綝内心惧怕来俊臣的权势，只是唯唯诺诺地应付着，甚至都没有正眼看一下狄仁杰等人，便匆匆回去向武则天复命。来俊臣还指使手下之人假冒狄仁杰等人的名义，伪造了一份《谢死表》，让周綝将其呈交给武则天。
武则天在接到这份伪造的《谢死表》后，心中产生了疑虑，决定亲自过问狄仁杰这起谋反案。她亲自召见了狄仁杰，当面询问他为何要承认谋反。狄仁杰坦然回答道：“我如果不承认造反，早已丧命于酷刑了。”武则天又进一步追问为何要作《谢死表》，狄仁杰则坚定地回答称自己从未写过。武则天于是命人拿出那份《谢死表》，经过仔细比对和调查，终于明白表章是伪造的，由此揭穿了来俊臣的阴谋。因此，她下令免去狄仁杰等大臣的死罪，但全部贬黜为地方官。其中，狄仁杰被贬谪到彭泽，担任县令一职。此后，魏王武承嗣多次向武则天请求诛除狄仁杰，但均被武则天一一拒绝，显示出她对狄仁杰的器重与保护。
复居宰辅
万岁通天元年（696年），契丹首领孙万荣发起叛乱，成功攻陷冀州，这一事件使得河北地区陷入巨大的震动之中。为了有效稳定局势，武则天果断起用狄仁杰，任命他为魏州刺史。在此之前的刺史为了抵御契丹的侵袭，采取了将所有百姓驱赶入城，并全力修缮守城器具的策略。然而，狄仁杰到任后，却做出一个出人意料的决定，他让百姓们返回田间，继续他们的耕作活动。
这一举措，无疑是对民心的一种安抚。孙万荣得知狄仁杰被重新起用后，出于对其能力的忌惮，选择不战而退。魏州的百姓们对狄仁杰的明智决策感激不尽，纷纷争相立碑，颂扬他的功德。不久之后，狄仁杰又被调任至幽州，担任都督一职，并且获得了朝廷赐予的紫袍和龟带。武则天还亲自在紫袍上题写了十二个金字，以此表彰狄仁杰的忠诚与功绩。
神功元年（697年），狄仁杰再次被任命为了宰相，担任鸾台侍郎、同凤阁鸾台平章事，并加授银青光禄大夫。当时，朝廷为了戍守安西四镇，大量征发百姓，导致民间怨声载道。狄仁杰针对这一情况，大胆地上表劝谏，同时还提出废除安东都护府，恢复高氏为高句丽的君主，暂停江南粮草运输，以及抚慰河北百姓等一系列建议。尽管这些建议未能被朝廷完全采纳，但却赢得了有识之士的广泛赞同。不久之后，狄仁杰又代理纳言之职，并兼任右肃政台御史大夫，展现出他在政治上的多方面才能。
圣历元年（698年），突厥南下，对河北地区进行骚扰，并劫掠了万余名百姓。面对这一紧急情况，武则天任命狄仁杰为河北道行军元帅，率领军队征讨突厥，并赋予他便宜行事的权力。突厥军在撤退前斩尽了所有俘虏，从五回道（位于今河北易县西）退回漠北。狄仁杰迅速率领十万大军进行追击，但由于突厥军的行动迅速，最终未能追上，只能退回河北。
随后，武则天又任命狄仁杰为河北道安抚大使，负责安抚河北地区的百姓。当时，许多河北百姓因为曾被突厥胁迫而随从，在突厥退军后，他们害怕受到牵连，纷纷选择逃匿。狄仁杰深入了解这一情况后，立即上奏皇帝，请求赦免河北诸州的百姓，让他们能够安心返回家乡，继续从事生产活动，这一举措有效缓解了当地的紧张局势，促进了社会的稳定与恢复。
晚年生活
久视元年（700年），狄仁杰晋升为内史，并随同武则天巡幸至三阳宫。在这次巡幸中，虽然众多文武百官都随驾前往，但唯有狄仁杰获得朝廷赐予的一所宅第，其恩宠之深厚，在当时无人能及。同年九月，狄仁杰因病去世，享年七十一岁。武则天为此悲痛不已，下令朝廷停止朝会三日，以示哀悼，并追赠狄仁杰为文昌右相，谥号为文惠，以表彰他生前的卓越贡献和崇高品德。
神龙元年（705年），唐中宗成功复辟，为了纪念狄仁杰的功绩，追赠他为司空，这是对狄仁杰生前忠诚与功绩的进一步肯定。景龙四年（710年），唐睿宗继位后，对狄仁杰的功绩依旧铭记在心，因此追封他为梁国公，这一封号不仅彰显了狄仁杰的崇高地位，也体现了朝廷对他的深厚敬意。天宝六载（747年），狄仁杰与张柬之、魏元忠等八位杰出人物一同被列入太庙配享之列，附祭于中宗庙廷，这标志着狄仁杰的地位已经与国家的缔造者和英明君主相提并论，永受后世敬仰。后晋天福六年（941年），后晋朝廷对历史上的功臣进行了追封，狄仁杰被追封为太师，这一荣誉不仅是对狄仁杰个人功绩的认可，更是对他为国家和民族所做出的巨大贡献的肯定，他的名字和事迹因此更加熠熠生辉，永载史册。