宇宙在联盟胜利的欢呼声中，缓缓步入重建阶段。各个星球上，损毁的城市废墟中，工程机器人与志愿者们忙碌穿梭，搬运着建筑材料，修复着破碎的家园。曾经繁华的星际贸易港，在工程师们精心规划下，一点点重现生机，运输船往来如织，再度装满各类物资。
军校里，新生力量如雨后春笋般崛起。经历大战洗礼的学员们，褪去青涩，成为教官，将实战技巧与坚韧精神悉心传授给新一代。课堂上，战术分析、灵能操控进阶等课程排得满满当当；训练场上，模拟实战演练的呐喊声、武器轰鸣声从未间断。他们深知，唯有传承，才能让宇宙在未来风暴中屹立不倒。
吴胜和思梨奔走于各个重建项目之间，协调资源、鼓舞士气。然而，在一片蓬勃景象之下，思梨心中却总有一丝阴霾挥之不去。一次偶然的精神力扫描中，她察觉到一股极其微弱却又熟悉的黑暗气息，若隐若现，源头竟指向宇宙深处未知之地。
她找到吴胜，眉头紧锁道：“我感觉不对劲，暗影议会虽已战败，可这股气息，与他们如出一辙，像是有什么更隐秘的后手。”吴胜眼神一凛，沉声道：“我也有所察觉，这段时间星际间莫名失踪的几艘探索船，恐怕与此有关。不能掉以轻心，必须彻查。”
二人迅速组织起一支秘密侦查小队，成员皆是擅长隐匿追踪、感知敏锐的精英。小队悄无声息地向着黑暗气息源头进发，一路上，穿越荒芜的星际尘埃带，避开危险的能量风暴区。终于，在一个偏僻的小行星带附近，发现异常。这里引力紊乱，时空似有扭曲之兆，周围还漂浮着一些疑似探索船残骸的碎片，上面布满诡异烧灼痕迹，显然并非普通事故所致。
深入小行星带，侦查小队发现一颗外表普通，内部却暗藏玄机的小行星。其内部被掏空，构建成一座隐秘基地，基地中弥漫着暗影议会标志性的黑暗能量。正当他们准备进一步探索时，基地警报突然大作，瞬间，一群机械傀儡蜂拥而出，这些傀儡相较之前更为先进，体表覆盖着能吸收灵能的神秘涂层，行动敏捷，武器系统也更为致命。
侦查小队迅速展开反击，凭借精湛配合，与傀儡周旋。但随着战斗持续，队员们发现灵能攻击效果大打折扣，只能依靠常规武器艰难支撑。关键时刻，队长当机立断，命令一名队员启动携带的电磁干扰器，扰乱傀儡控制系统，其余队员趁机集中火力突围。
好不容易突出重围，深入基地核心区域，他们竟看到几具被囚禁的外星生命体，这些生命体周身散发着奇异能量，眼神空洞却又透着痛苦。显然，暗影议会在战败后，妄图利用这些特殊生命体，汲取他们的能量，重启邪恶计划。更令人震惊的是，基地深处有一台半成品的超级武器，一旦完工，其威力足以再次掀起宇宙腥风血雨。
吴胜得知消息，心急如焚，立即召回部分舰队，并带上科研团队奔赴小行星带。一方面要解救被困生命体，另一方面，必须赶在暗影议会残余势力之前，摧毁这台超级武器。而此时，暗影议会残余似乎也察觉到危险临近，一场争分夺秒的较量，在这隐秘的宇宙角落悄然展开。