对于这些问题，朱载坖并不会现在就告诉朱翊釴的，现在父子两人的主要任务是对表，朱载坖南巡期间，朝廷的大事小情应该怎么处理，朱载坖和朱翊釴父子两人详细商量了在这期间朝廷的大事，由于这次朱载坖南巡的时间可能不短，朱载坖必须和朱翊釴交代清楚这些事情。
朱载坖认为经过大明对于土蛮部的打击之后，大明的北部边疆还是会比较安定的，即便是有一些宵小之徒胆敢袭扰大明，现在大明的九边诸将也足够对付他们，朱载坖并不担心大明的边疆有什么问题，反倒是担心这些边将擅起边衅，朱载坖认为现在大明和蒙古的关系已经是相对不错的，除了在西北，鄂尔多斯部现在也翻不起什么大浪了，西域的瓦剌等部确实是大明未来的目标，不过现在大明还是要继续力量。
朱载坖要求朱翊釴维持和蒙古人的良好关系，镇之以静，保持朝廷和土默特部的良好关系，同时加大和土默特部的经贸往来，对于朝廷在北方的行政，其实主要就是两北，即东北和西北，现在都是要大力发展屯垦，积蓄力量，在河套发展屯垦，用以平抑西北的粮价，保证陕西、甘肃等地的官军供应。
而朝廷在哈密卫的屯垦也已经取得了一些进展，要命令哈密驻军详细查探西域的情况，山川地理，瓦剌等部的兵力情况等，都要详细了解，为朝廷日后出兵提供条件。
而在东北，主要是两件事，一是对于吉林的屯垦，这是现在朝廷的大事，除此之外就是收复女真人，在辽东实施改土归流，将这些女真人也归于朝廷的编户之中，同时就是吉林等地还有一些零散的生女真部落加以清剿，保证朝廷在这里的屯垦不受影响。
第二就是辽东的重工业和道路建设，现在对于大明来说，辽东所能够提供的各种物资确实是非常重要的，要修建道路使得吉林、辽东和内地，还有辽东的煤铁产地等都要连接在一起，现在东北品位最好的就是茂山铁矿，但是隔着一条鸭绿江，使得铁矿石不好运输，要想办法在当地修筑桥梁，建设选矿厂，将高品位的铁矿石运到抚顺、鞍山等处炼铁。
同时也要在当地建设炼铁厂，直接就地冶炼生铁，运到抚顺等地深加工，对于这些重工业工厂，朱载坖是极为重视的，他们是大明国力的象征，不仅仅可以为大明提供制造军器的材料还有各种农具等材料，还是大明出口的重要商品，对于大明来说是很重要的，而且辽东煤铁丰富，生产成本比京畿还要低，这是朱载坖重点发展的重工业区，为朝廷在京畿的诸多工场提供优质原料。
所以之前朱载坖就派遣内官监、军器监、遵化铁厂的工匠前往辽东，选定厂址，大规模建设，到了现在，辽东的煤铁已经初具规模了，本溪所产煤的灰分低、硫分低，属于优质动力煤，适合作为炼铁的燃料，朱载坖命令在此建立炼焦厂，为朝廷炼铁、炼钢提供原料。
朱载坖要求朱翊釴继续支持辽东的各种工业基础设施，还有文思院的各种研究，都要拨款支持，朱载坖最关心的就是三酸两碱的制备，这是大明化学工业的基础，文思院已经学会制取硫酸，同时用硫酸制取盐酸的办法也被文思院所研究出来了，对于朱载坖来说已经是很大的进步了，朱载坖所以要求文思院继续研究，同时和遵化铁厂等工场研究有关金属的制备。
这些都是需要时间和金钱投入的，朱载坖要求朱翊釴满足这些科研部门的经费，还有就是有关蒸汽机的研制，也要尽快督促，有个成果才行，现有的机械所能够提供的军器已经基本上到顶了，这点朱载坖是很清楚的，所以朱载坖要求蒸汽机、冶金等方面加大研究力度，支持各种科研。
至于其他的施政，由内阁辅臣们支持，朱翊釴也是熟悉政务的人，朱载坖并不担心朱翊釴在行政上出什么问题，只要按部就班的处理即可，朱载坖只是叮嘱朱翊釴，一旦发生灾荒，要及时行动，勘明灾情之后救灾、恢复生产，切记不可让百姓沦为流民。
朱载坖交代了这些之后，就准备南巡的相关的事宜去了，首先就是随驾重臣和扈从官军，朱载坖挑选了兵部尚书徐渭、总理盐政庞尚鹏、翰林学士礼部右侍郎沈一贯、户部右侍郎赵志皋随行，莒国公戚继光、魏国公徐邦瑞、武定侯郭大乾、西宁侯宋世恩等勋臣随驾护卫，同时命令兵部尚书王崇古署部事，襄国公李成梁总督京营戎政兼提督巡捕，锦衣亲军都指挥使陆绎加京卫都指挥使、领侍卫内大臣、协理京营戎政，锦衣亲军都指挥佥事骆秉良、刘守有随驾。
随扈亲军方面，羽林左右卫和五军营一部、神机营左哨、右掖等军、勇士营等禁兵五万余护驾，朱载坖命令钦天监择定吉日，遣官祭告之后昭告天下准备南巡。
对于广西的战事，朱载坖反而没有再多说什么，在朝廷和兵部的调度下，各部官军的援军也已经开拔了，在南昌守制的刘綎也已经接受诏书夺情起复，赶赴两广，李化龙前往桂林，取代石星巡抚广西，张元勋指挥的广东官军也已经将叛军之前夺占的城池予以收复，正在肃清广东境内的叛军，然后进剿广西。
广西境内的官军也仍旧在坚守，黔国公沐昌祚所派出的援兵从云南向南宁府前进，准备解南宁之围，而贵州、湖南官军也正在南下桂林，驰援广西官军，也正如张元勋所料，见叛军势大，所谓狼兵畏缩不前，不敢进剿，朱载坖原本也就不指望狼兵，还得是官军才靠得住，朱载坖命令殷正茂相机进剿，不必太速。朱载坖想以殷正茂的老练，应该明白朱载坖是什么意思。