对于朱载坖来说，这次广西的叛乱确实是给朱载坖敲响了警钟，一直以来，朱载坖对于安南是不重视的，虽然朱载坖早就有收拾安南的计划，但是应当怎么收拾，朱载坖之前并没有认真的想过，朱载坖认为以大明现在的国力军力，收拾一个小小的安南，易如反掌，大明连北虏都收拾的服服帖帖的，一个小小的安南算什么。
但是现在广西所发生的事情对于朱载坖来说是极大的冲击，安南和大明，就力量对比来说，肯定是不成比例的，不过安南的地理、气候等情况，对于大明来说是极为痛苦的，大明要想征讨安南，绝非易事，而且对于朝廷来说，现在的当务之急是收拾广西的叛乱，这次广西叛乱的规模之大，是朱载坖所没有想到的。
对于此事朱载坖认为在京师实在是不能有效的了解的实际情况，朱载坖决定南巡，亲自赴南京，就近指挥，同时朱载坖明发上谕，请群臣上疏讨论平定安南之策，朱载坖明确的将此事列入朝廷的大事中，未来数年，朝廷的大事就是征讨安南。
同时，面对安南的挑衅，朱载坖认为大明也必须有所反应，要不然黎朝的日子也未免过得太舒服了，因为朝廷从倭国调集浪人前来，也是需要时间的，现在朝廷要立即让安南感到痛，才能够使他们知道大明力量，朱载坖命令中南总督李贽，迅速整顿兵马，向占城等地增派官军，威慑安南，同时保护大明的粮食产地。
朱载坖也明发上谕，明年巡视南京，同时命令中军都督府的京操班军明年赴南京京操，同时下达诏命令太子监国，朱载坖和莒国公戚继光一道，在京营和亲军诸卫的护卫下，前往南京。
在朝廷官员们也纷纷上疏陈述征讨安南的策略，其实无论是前宋征讨安南还是成祖是征讨安南，对于中原来说，威胁最大的不是安南军队，而是安南恶劣的气候和环境，大量的非战斗减员时代当时的朝廷实在是难以承担，朱载坖也认同此事，所以朱载坖也要求翰林医官院要研制相应的药物，同时速派医生和药物前往广西，为官军诊疗，减少官军的非战斗减员。
对于朱载坖的南巡，群臣们虽然有意见，但是也不敢多激烈的上疏，但是太子却不太同意，原因也很简单，一旦朱载坖南巡，太子监国，所处理的政务肯定是比现在还大，朱翊釴向朱载坖请求自己代天巡狩，朱载坖予以了拒绝，朱载坖南巡主要是为了解决广西的事情，而不是游山玩水的，当然，朱翊釴的负担太重，也确实是朱载坖要考虑的问题，朱载坖与朱翊釴商量之后，决定朱翊釴只要负责北方诸省的奏疏，南方的奏疏由朱载坖自己处理。
同时开始调动援兵支援广西，由于广西的地形和气候，朱载坖决定主要从云南和福建等地抽调援兵，支援广西的作战，朱载坖同时严令各部官军，要听从号令，不得有误，之前广西巡抚巡抚广西都御史石星上疏请求朱载坖调动北方边军驰援广西，令朱载坖极为愤怒，广西九边万里之遥，而且北方士卒并不一定能够适应南方的环境，这不是瞎出主意吗？朱载坖当即以上谕予以驳斥。
朱载坖在上谕中说道：“朕惟祖宗随处设立卫所，自足以防御贼寇，保障居民，要在方略何如耳，岂必调军他处哉？况朝廷简任重臣，以济镇守、总兵之不及。今尔在彼，徒口虚文，全无实效。及观此举，尤见其才识无异于众，何以副朝廷委任？其仍照前救，会合广西官军、士兵、民壮剿贼。如违，重罪不宥。”
朱载坖对于石星有些不放心，这兄弟有些志大才疏，朱载坖命令兵部、吏部会推知兵臣子，以保证广西的战事，要选调知兵的臣子赴广西主持此事，朱载坖已经准备调换人选了。
同时也需要选择擅长在南方作战的将领，前往主持战事，朱载坖询问兵部：“刘綎何在？”
之前刘显去世，刘綎辞官守制，现在尚未起复，朱载坖特旨命令起复刘綎，任命他担任提督两广水陆军务事，主持广西的军务，而蓟辽总督凌云翼也向朝廷上疏，认为可以动员广西的狼兵为朝廷作战，凌云翼是有相关经验的，凌云翼在奏疏中说道：“高州府所属州县，山猺住栖山箐，有听招，有背招，有险恶，每山有总有甲，领其兵目。听招者有相信、抚猺领之。听招者，调之攻守、纳粮当差，与民为一，谓之良猺。背招者，势穷则降，稍利则攫。险恶者，贼不可与化。”
凌云翼认为狼兵可以为朝廷所用，利用狼兵征讨瑶人是可用之策，朱载坖采纳了凌云翼的建议，同时朱载坖还下达了命令，免去后军都督府的京操，将后军都督府本该京操的士卒全部都调到广西，协助官军清剿这些作乱的瑶人。
朱载坖明确指示官军要从严征缴，对于这些作乱的瑶人，要严厉予以镇压，绝不手软，朱载坖上疏称：“彼辈非如岐黎，负固世济，未易驯扰；亦非有深谋异计，敢与我角。特以幽崕邃窟，政法难周，含愤苦苛，逋逃丛集。所产矿冶，悍鸷乌合，号召土着，役使牟利。失利则鼓煽啸聚，出肆流劫。上人厌闻而莫之省问，彼得日益恣。不得内揣虚匮，仍袭招安。以致贼亦以听抚啖我，阳顺阴逆，喜则人，怒则兽，日以憸械伺上。苟不及时悉尽芟除，则臃肿溃裂，不仆不止。”
朱载坖严旨直达军前道：“诸军鼓勇上前，精察脉理，深达本标，痛此决裂极敝，不复踵姑息，必彰挞伐，一鼓而剪羽翼，再鼓而执渠魁，三鼓而捣巢穴，数纪妖氛，一时销息。泄神人之宿愤，伸邦家之明威，朕有所深望也！”