隆庆十五年是大明内外制度变革极大的一年，张居正领导的内阁，将一条鞭法、摊丁入亩等朝廷新政在大明全国推开，厉行对于田亩和人口的清查，而朱载坖则在推动朝廷官职的改革。
朱载坖首先是对于刑部进行了拆分，刑部管理天下刑名，事情颇多，原有的官员根本无法承担这么繁重的任务，尤其是朱载坖大量建设巡检司之后，刑部的工作就更加繁忙了，原有的刑部架构已经不能胜任现在的工作了。
之前对于巡检司的管理是由刑部一名左侍郎担任提督巡检衙门，现在巡检司的实力扩大，全国的巡检司，人数以万计，巡检司是朝廷设置在地方，用以维持治安，加强对于地方控制的重要机构。朱载坖不能够不重视此事。
朱载坖决定成立专门的巡检总署，管理大明全国的巡检司，为了加强巡检司的战斗力，巡检司的主要人员构成由官军的退伍士卒和低级军官构成，同时除了不装备甲胄和火炮之外，巡检司的军器装备基本和官军的一致，按照官军轻步兵的情况予以装备，巡检司属于半军事化部门，所以必须要重视。同时将刑部督捕司划归巡检总署管理，负责通缉要犯等事宜。
朱载坖决定巡检总署衙门和六部一样为正二品衙门，以刑部尚书衔总督巡检总署，同时为了保证巡检司的战斗力，还以大将一员，充提督巡检总署，负责大明各巡检司的训练、装备和大规模调动的事宜，同时在各省设立都巡检使由按察副使担任，同时为了保证巡检司的战斗力，按照各省巡检司的数量，配置巡检参将或巡检副将，负责本省巡检司的训练、装备、调动等事宜。
而南北两京作为大明的腹心之地，还要专门设立京师警巡司，直接由巡检总署管理，两京的五城兵马司、巡检司都统一由巡检总署直接管理。同时还要厘清地方官府和锦衣亲军之间的权责关系，锦衣亲军是皇帝的耳目，在地方主要负责侦查、搜集情报，查办诸如谋反、谋逆、官员贪墨等案件和朱载坖直接交办的案子，其他一般刑事案件，锦衣亲军不负责处理。
除了刑部之外，还有就是户部，现在的大明户部，是大明朝廷各部院中最为庞大的一个部门，因为户部所负责的事情也确实是大明朝廷非常重要的事情，户部除了本部之外，还有四个很重要的部门，海关总署衙门，提督钞关衙门和总理盐政衙门、总督仓场衙门。
其中海关总署衙门是正二品，其余都是从二品或者正三品衙门，对于这四个部门，朱载坖认为海关总署和总理盐政衙门不必再变动了，重要的是钞关衙门和仓场衙门，朱载坖认为要予以整合改组。
原本提督钞关衙门仅仅是负责大明的钞关税赋，但是现在朱载坖认为应当扩大职权，将一应钞关、车船、工商业的税收全部交由该衙门管理，将提督钞关衙门升格为税务总署，以户部尚书衔提督之，为正二品衙门。
而总督仓场衙门和司农寺合署办公，负责整个大明朝廷和地方的仓储储备之事，以户部尚书衔充总督仓场兼司农寺卿，而在地方则按照地域省份设置巡仓之官，仿宋制设立提举常平使，以司农少卿兼任，负责地方的粮储、物价事宜。
这样一来，户部除了本衙之外，就是海关总署、税务总署、总理盐政、总督仓场四个衙门，是大明六部之中最庞大的部门。
除了户部的这些附属机构之外，还有户部本衙也要予以改组，原本的户部本衙，由浙江、湖广、江西、四川、河南、山东、陕西、陕西、广东、福建、贵州清吏司和其他一些直属衙门组成，朱载坖认为这种体制不行，首先分省设司，各省都要由相应的清吏司，除了这些分省的清吏司之外，还要设立预算、军饷、催征、太仓、督察等司，负责朝廷的相关业务。
而对于工部也要实施相应的改革，将原本工部下设营缮、虞衡、都水、屯田四清吏司，现在朱载坖将都水司单独拿出来，将都水司升格为都水监，负责大明全国的河道、水利之事，以工部左侍郎兼任之，同时在工部中设立矿冶司，负责管理全国的矿冶生产。
然后就是对于礼部的管理了，礼部是大明六部中管理范围最宽泛的，掌管五礼之仪制及学校贡举之法，从考试、礼仪、外交、祭祀，礼部都要管理，朱载坖认为有些过于宽泛了，尤其是考试，这是国之大事，涉及到选举人才的事情，朱载坖当然是十分重视的。
朱载坖决定设立考试院，专门负责各级考试，从地方的县试、乡试到朝廷的会试、殿试，还有吏员的选取考试，吏员考选流内官的考试等，都由考试院负责，以礼部右侍郎兼任考试院使。
除了考试之外，就是学校的事情了，礼部现在仅有仪制、祠祭、主客、精膳四清吏司，主要是负责朝廷的礼仪、祭祀和外交事务，并没有专门管理学校的部门，朱载坖认为朝廷要建立起一整套完整的管理学校的制度，在礼部下设学院司，专门负责管理大明天下的学校书院，与地方的提督学政等官员们构成一套完整的学校管理体系。
吏部则是维持不变，仍旧是吏部本部和流外铨选院，负责执掌天下文武官吏的升迁选授。
而兵部就是一个比较麻烦的部门了，朱载坖还没有思考清楚，兵部应当扮演一个什么样角色，从朱载坖来说，现在的兵部肯定是权力过重，将原本属于五军都督府的训练、指挥之权完全予以削夺了，使得现在的大明兵部权力过重，朱载坖所以在设立练兵军务处来予以制衡，削夺兵部之权，但是兵部的权限到底应该是什么，朱载坖没有盲目作出决策，而是召集重臣们一道商量此事。