不过朱载坖还是要求练兵军务处做好用兵的准备，才能够临事不乱，对于杨应龙，朱载坖实在是没有信心，同时朱载坖认为对内改革的重要内容之一就是改土归流，不能够将此事再拖延下去了，否则的话此事就会拖延下去，而朱载坖很清楚，改土归流需要朝廷拥有强大的武力才是。
而现在大明官军的主力主要集中的北方，下一步要在精简九边官军的基础上，增加朝廷在南方的军力，朱载坖对参赞军务大臣们说道：“土司世代为官，独霸一方，更有甚至土司专横不法，残害生灵、横行不法，土司之间为争权夺利挑起械斗或战争，导致生灵涂炭，对朝廷也叛服无常。朕早有意制之，行改土归流之法，奈何北虏势大，现在北虏宾服，朝廷要趁此机会，积蓄力量，一朝荡平此辈，永绝后患，不能遗祸子孙也！”
所以朱载坖要求练兵军务处制定在南方增设官军的整体方案，加强官军在南方的存在，尤其是对湖广、四川、云南、贵州、广西这五个土司势力较大，而且时常发生叛乱的省份，要增强朝廷的军力，加大镇压的力度，保证朝廷日后实行改土归流的时候，有足够的军力制服这些土司们。
处理完了这些事情，朱载坖决定不再等待了，现在马上要热起来了，就不再适合出巡了，朱载坖立马下诏，自己要亲自祭祀长陵和永陵，然后再巡视北直隶，同时命令太子监国，首辅张居正辅政。
朱载坖本人在京卫都指挥使严绍庭和蓬莱侯戚继光、武定侯郭大乾、宁阳侯陈继祖等人和勇士营、三千营马队的护卫下，出巡北直隶，这次朱载坖没有选择乘车驾出巡，而是和一众勋臣们一道骑马率军出巡，戚继光等人选拔了四千余精骑护卫，在祭祀完长陵、永陵之后，就将车驾仍在后面，首先赶赴的是三屯营。
这里是大明在京师附近最重要的指挥中枢，蓟辽总督、提督蓟辽军务、蓟镇总兵官都驻节于此，朱载坖圣驾抵达之后，早就收到消息的兵部尚书总督蓟辽谭纶，提督蓟辽军务曹国公李庭竹已经麾下文武官员早就在三屯营外迎接了，朱载坖下马之后说道：“诸位不必多礼！”
朱载坖和一众大臣们来到三屯营的蓟辽总督衙署，朱载坖就驻跸于此，对于朱载坖来说，这次第一步就是这里，对于朱载坖来说，蓟辽的防御仍然是非常重要的事情，也是朱载坖很关心的事情，所以朱载坖第一站就赶到三屯营，查看大明蓟辽大宁等镇的边防情况。
朱载坖直接说道：“谭制军，现在大明在三镇的防御情况如何？”
谭纶当然知道朱载坖关心的是什么事情，一应舆图都已经准备好了，谭纶为朱载坖和随行的臣子们介绍了现在大明北部边防的情况，现在蓟镇、辽东镇、大宁镇三镇中，辽东、大宁两镇是外边，蓟镇是内边，辽东镇主要负责东北的防御，负责对付土蛮部和女真人，以开平卫、沈阳中卫、辽阳卫为大明东北部边防的防御支撑点，广宁卫作为大明在东北的防御集结地和后勤粮秣转运中心。
而在大宁，则是彻底恢复了洪武年间的防御格局，在北方以全宁卫、开平卫、开平左屯卫、开平右屯卫、开平后屯卫为防御一线，大宁卫、开平中屯卫、开平前屯卫为大明在大宁镇的第二线防御，同时大宁镇的主力和预备队也都部署在此。
而西边的兴和千户所则是与宣府诸卫、万全都司、山西行都司的防御结合点，同时蓟镇通过蓟州、密云、遵化、永平等卫与大宁镇的兴和诸卫声势相连，蓟镇北倚大宁，东靠辽东，护卫京师，支援两镇，守卫内边，大体上形成了一个梯次配置，纵深部署的防御体系。
朱载坖仔细查看舆图，然后和诸将一起计划距离，朱载坖问道：“若是辽东有事的话，仅靠蓟镇驰援，恐怕力有未逮，蓟镇的兵力部署是不是过于靠后了？辽东毕竟是京师左臂，还是要重视的！”
现在蓟镇的兵力配置，在朱载坖看来有些过于靠近京师 ，这也是正常的，对于蓟镇来说，保障京师才是蓟镇最重要的任务，而对于现在的大明来说，最重要的敌人自然就是北虏了，所以蓟镇绝大部分兵力的都是摆在大宁镇的正南方，准备时刻支援大宁，将北虏挡在边墙之外，要不然就是在遵化附近，准备时刻勤王。
这就导致了蓟镇的东部，也就是遵化以东永平、山海关等处的防御是较为空虚的，朱载坖认为，蓟镇之兵不必向京师靠拢，现在京师由京营、亲军诸卫等部队，自保还是完全有余的，蓟镇应当把主力东移，朱载坖说道：“诸位，应当以蓟镇为大宁、辽东之后劲，京师为蓟镇之后劲。”
同时朱载坖还认为现在大宁镇的一线部队过于单薄，应该予以增强，大宁镇的北部正面，一共就部署了全宁卫和开平卫等五卫，加上镇协官军，也不过三万人，而主力还都在开平卫方向，东北方的全宁卫力量单薄，而这里又是一个敌情错综复杂的地方，土蛮部、土默特部、兀良哈部都有可能在此地活动，又是大宁和辽东两镇的防御结合部，还是要加以重视。
对于朱载坖指出的问题，谭纶也做了解释，现在外边一线的防御确实不能充分，主要是后勤还是相对比较困难，尤其是全宁卫方向，本来在全宁卫和开平卫之前，还应当有一个应昌卫的，但是由于兵力不足，而且后勤实在是过于困难，所以还没有恢复。
现在制约大宁镇的主要问题就是粮秣后勤，军屯现在还没有见到起色，道路还没有完全修通无论是从辽东还是从蓟镇补给，都十分困难，所以现在要想在大宁镇外边维持大军，是很困难的。