朱载坖的诏书下达后，严世蕃以最快的速度南下去处理此事，临行之前，朱载坖单独召对了严世蕃。
朱载坖问道：“德球此去，可有什么方略？”
严世蕃说道：“臣惟陛下命！”
朱载坖对严世蕃说道：“卿既有王命旗牌，就当为朕横扫魑隗魍魉，以靖天下！”
严世蕃赶紧领旨说道：“臣谨领圣谕！”
随后，朱载坖发布上谕，对于漕运以及东南方面大员予以严厉斥责：漕渠乃国之要害，漕运乃国之要务，尔等敷衍塞责，以至于奸人乱法，不能尽行缉拿，漕船倾覆，仓庾失火，尔辈岂能高卧？朕特遣钦差，前往查察要案，若仍抗拒天威，怙恶不悛者，朕必戮其三族，以彰国法！
朱载坖首先严厉震慑东南和漕运的官员们，随后在和劳堪的密疏批答之中，朱载坖一方面对于劳堪失误导致大量证人被灭口的事情予以严厉斥责，这确实是极大的疏漏，明明这些水次仓官员也是属于漕运系统内部的官员，这些粮长豪强们既然会将这些水次仓的官吏们都买通，难道就不会将劳堪漕运总督衙署的官吏们予以收买？劳堪不管是出于什么原因，这都是造成了重大的失误，使得朝廷在处理此事上极为被动，朱载坖对此极为不满，对于劳堪进行的严厉的斥责。
但是劳堪敢于对这些官员们动刑这点，朱载坖反而是很赞赏的，虽然现在科道因为此事疯狂弹劾劳堪，但是朱载坖在御批中反而说道：“非常之事，必有非常之法，卿不必拘束，务使元凶就擒，其余细枝末节之事，不必太过纷扰。”朱载坖的态度已经是非常之明确了，就是对于劳堪动刑一事予以默许，甚至是鼓励，只要能够尽快破案，用刑什么都不是问题，朱载坖很清楚，以劳堪的个性，对朝廷命官尚且敢于动刑，对于那些士绅豪强们就更加不会手软了，现在朱载坖就是需要这样的酷吏来帮朱载坖镇压这些豪强。
得到了朱载坖御批的劳堪当然明白了朱载坖的意思，同时张居正也通过书信告知劳堪，朱载坖对于这帮东南的粮长已经是忍无可忍了，这次是决心收拾这些人了，劳堪要充分体会圣意，好好给朱载坖当刀，才能够得到重用。
而有关科道对于此事的议论，朱载坖一律留中不发，同时应劳堪、张学颜等人的要求，朱载坖命令南京锦衣亲军配合钦差办案，现在劳堪已经不敢再信任这些当地的官吏了，劳堪命令将这些涉嫌灭口的漕运总督衙署官吏全部押解到南京锦衣卫的诏狱中羁押起来，要是在南京锦衣亲军的诏狱中还出了事情的话，那就别怪朱载坖动怒了，朱载坖为此还专门给南京守备丰城侯李儒下旨，要他严密南京城防，同时命令陆绎给南京锦衣亲军下令要严密看押这些钦犯，要是出了什么差错，涉事官校一律流放缅甸。
而奉朱载坖上谕的钦差浙直观察使严世蕃抵达南京之后，首先去拜会了督师南京大学士吕调阳，这位大学士相对比较温和，不似张居正和殷士儋在南京的时候，督促实施朝廷法令，绝对不留情面，他是有些和光同尘的，但是眼下出了这么大的事情，作为朝廷派驻的督师大学士，吕调阳的压力也很大，已经有不少言官上疏弹劾于他了，只不过因为现在大家的火力主要集中在劳堪的身上，在加上张居正一直在保他，所以现在还没有出事，但是他很清楚，要是此案再这么拖下去，自己这个督师大学士也没有好果子吃。
所以得知严世蕃来访，吕调阳赶紧亲自出来迎接，吕调阳对严世蕃执晚辈礼，问候道：“东楼公亲赴南都，此案不日即明矣！”
严世蕃并没有理会吕调阳的恭维，而是问道：“以吕阁老之见，此案可有端倪了？”
见严世蕃这么问他，吕调阳屏退下人，对严世蕃说道：“东楼公，以仆之愚见，虽不中，亦不远矣！”
虽然吕调阳没有明说，但是他和严世蕃都很清楚，这其中和东南的这些巨室豪门脱不了干系的，朱载坖这次特地命严世蕃来，也就是存了这个心思，经过朱载坖的几轮打击，东南的地主豪强势力已经远远大不如前了，从迁都以来几句膨胀的士绅地主阶层也被朱载坖严厉的打击了，但是他们在一些特殊的领域仍旧有很大的影响力，这次严世蕃来也就是为了此事。
严世蕃向吕调阳了解的情况之后，就以钦差大令召劳堪、张学颜赴南京商讨办案。
而在京师，自从朱载坖任命严世蕃为钦差浙直观察使之后，各级官员们的上疏就没有断过，对于朱载坖任命严世蕃为钦差，不管是科道官员还是出身东南的官员，甚至是部分清流，都感觉到无法容忍了，严世蕃又不是科甲出身，官拜工部尚书就已经是非常之离谱了，朱载坖还派他担任钦差，查察如此大案，大明朝是找不出人了吗？要严世蕃一个荫官出身的人担任钦差。
对于这些奏疏，朱载坖一概留中，不予理会，没想到他们上疏越发的肆无忌惮，不仅仅因为此事弹劾左都御史海瑞，甚至首辅张居正也被牵连进来，尤其是御史江东之、羊可立等人，上疏言辞激烈，朱载坖认为，不给他们一点颜色看看，很久没有庭杖，他们可能又忘了午门不仅可以开朝会，还能庭杖是吧。
朱载坖当即吩咐锦衣亲军都指挥使陆绎，拿捕上疏言辞激烈的官员，送诏狱关押严审，请他们吃吃诏狱的特色菜，在朱载坖采取的断然措施之下，这些官员的议论才被压制下去，朱载坖随即命令将张居正之前的陈六事疏刊印下各部院衙门和地方州县，让他们明白朝廷的意思，不要一天想着上疏言事，那是要付出代价的。