对于鄢懋卿的上疏，朱载坖也是深以为然的，两宋对于仓储的管理确实是很严密的，远胜大明。这点朱载坖还是承认的， 大明的仓储，尤其是地方的仓储，实在是一言难尽。
朱载坖正在翻阅的是张四维和严世蕃的奏疏，张四维奉命巡视九边，现在已经抵达陕西了，他发现陕西等地的军储也不乐观，严世蕃也向朱载坖奏报，山西三镇的军储缺乏，和账面的数字相差甚多。
严世蕃向在给朱载坖的密疏中称：“自承平以来，一用宽典，吏有奸赃狼藉，未尝严惩，以致于今。”
山西军储出现大规模的盗用，原因其实也是很简单的，自从俺答封贡之后，山西没有战事，上至提督总兵总督巡抚，下至于小吏差役，他们都认为现在已经是承平时节，朝廷不太可能会和北虏发生冲突，既然没有战事，他们认为军储是可以做手脚、想办法的，在军储上动脑筋就很正常的事情了。
朱载坖命令严世蕃和王国光将一干涉案的官员押解到京师送三法司审断。
同时将这些密疏给太子朱翊釴看，现在看来，要建立仓储体系，已经是迫不及待的事情了。朱载坖问道：“太子可有什么想法？”
朱翊釴也认为要设立统一管理仓储的中央机构，同时要大量设立常平仓以应对可能出现的灾荒，朱翊釴对朱载坖说道：“父皇，儿臣学管子，“夫民有 余则轻之，故人君敛之以轻。民不足则重之，故人君散之以重。凡轻重敛散之以时，即准平。历代所沿袭，儿臣以为于国计民生甚为有益。”
朱翊釴想的是在大明建立起常平仓体系，用于应对可能出现的各种灾荒，增加地方抵御灾荒的能力，朱翊釴能够想到这点，朱载坖还是很高兴的，朱载坖直接让朱翊釴去和内阁商量，怎么在大明各州县建立常平仓和整个仓储系统。
同时朱载坖根据户部的奏疏，认为应当设立一个专门管理仓储的部分，现在的总督仓场掌督在京及通州等处仓场粮储，并不是全国性的仓储管理机构，但是实际上之前是有的，之前负责仓储事宜的是司农寺，掌粮食积储、仓廪管理及京朝官之禄米供应等事务，是专门管理粮食储备和仓储的衙门。
但是这个衙门在前元被废除了，本朝沿袭，也并未设立司农寺，朱载坖认为，元不设立司农寺是因为蒙古人根本就不了解农业，他们也不在乎中原百姓的死活，但是大明作为中原正统王朝，不设立司农寺就有些说不过去了，朱载坖授意新任户部尚书鄢懋卿上疏，请求重新设立司农寺，作为分管朝廷仓储的衙门、
鄢懋卿上疏之后，朱载坖召集内阁和部院重臣，商量此事，对于重新设立司农寺，其实朝廷内部倒是没有那么多的异议，很多有识之士早就发现大明由于缺乏仓储，使得朝廷在应对地方的水旱灾荒的时候极为无力，大明的荒政远远不如两宋。
不过现在的问题是朝廷已经设置了总督仓场管理京通仓，那么司农寺和总督仓场之间的关系应该处理，这是重臣们要请求朱载坖圣裁了，鄢懋卿等部院大臣们认为，司农寺既然是作为总管盗卖那个仓储的衙门，那么原本的总督仓场就应该撤销，将一应仓储事务全部由司农寺管理。
但是内阁不这么认为，因为司农寺只是正三品衙门，说白了和户部是有很明确的隶属关系的，如果将总督仓场撤销并入司农寺的话，户部的权力就过大了，内阁希望将户部在仓储上的权力予以分割。
内阁的建议得到了朱载坖的支持，朱载坖也认为总督仓场的仓库和司农寺的仓库是有区别的，司农寺的仓库主要是常平仓、广辉仓、备荒仓的仓储，主要是应对灾荒、调节物价的仓储，而总督仓场的仓储，主要是支付官俸军饷，支应大军征伐的，两者的用途不同，不能够混同。
所以朱载坖认为司农寺要重建，然后在大明各布政使司和重要的州县，要建立备荒仓储，由司农寺管理，不过在大明一下子建立这么多的仓库，需要的投资太大了，即便是现在朝廷的财政还尚且充裕，仓库的建设，还有各种粮食的购买，都是需要大量的银子的。
不可能一蹴而就，朱载坖和内阁、户部商量了之后决定，优先在直隶、河南、陕甘等地建立常平仓、备荒仓等仓储，因为这些地方都是大明最容易发生水旱灾害的地方，而且由于这些地方都是相对比较穷困的，地方州县官府力量也薄弱，所以必须要朝廷出资兴修仓储。
朱载坖在重新组建司农寺的诏书中明确说道：“州县常平仓，付司农寺系帐，所收钱谷羡利，止委本寺专掌。常平、备荒二仓，实系朝廷要政，不可不重也！”
朱载坖不仅重新设立了司农寺，而且在地方建立常平、备荒两大仓储体系，朱载坖在诏书中说明常平仓和备荒仓的经费来源和用途，诏书中说道：“朝廷虽按籍而索，锱铢皆入朝廷，未为不可。然且犹存上供之名，取酌中之数定为年额，而其遗利则付之州县桩管，盖有深意。一则州郡有宿储，可以支意外不虞之警急。二则宽于理财，盖阴以恤民。承流宣化者幸而遇清介慈惠之人，则上供输送之外，时可宽假以施，若不幸而遇贪饕纵侈之辈， 则那计优裕之余，亦不致刻剥以肆毒，所谓损上益下者也。呜呼，此朕之深意，望百姓得一二之实惠，则不负朕之所望也！”
朱载坖明确了常平仓、备荒仓的粮食来源，同时也明确这些仓储都是朝廷的资产，州县无权动用，只有在遭遇大的天灾之时，奏请皇帝之后，请旨动用才行，妄动常平、备荒仓储粮的，以谋逆论处。
除了地方的仓储之外，朝廷另外的一个重要的仓储就是军储体系。