这事情比之什么盗窃库银，倒卖仓库物资要严重的多了，朱载坖将太子召回来之后，把严绍庭和陆绎的奏报给朱翊釴，朱翊釴这段时间跟随朱载坖处理政务，对于很多事情的敏感性还是很高的，朱翊釴当即问道：“父皇，这些物资莫不是通过走私到了蒙古那边去了？”
朱载坖点点头，从现在的情况来看，这些物资走私到蒙古的可能性是极大的，因为在山西附近，对于这些物资有这么大需求的，只有蒙古人，朱载坖对此感到极为愤怒，朱载坖很清楚，布匹丝绸能够绕过朝廷的九边军镇去往蒙古人，那么铁器军械呢？是不是也可以到蒙古。
更加令朱载坖气愤的是，朝廷在山西的诸多衙门，没有一个衙门向朝廷汇报此事，他们都烂了！
总督宣大山西、山西巡抚、布按二司，还有山西等镇的提督、总兵们，锦衣亲军山西千户所、山西镇守太监、巡按御史等各个衙门都是瞎子吗？都不向朝廷奏报。
尤其是边镇总兵，要想走私到蒙古去，没有这些边军的配合怎么能行？这是让朱载坖最为气愤的，同时也最害怕了，边军的军官们在这些事情上到底参与多深，这是朱载坖感到担忧的问题。
朱翊釴也深感此事之麻烦，不过朱载坖到没有因此慌乱，而是按部就班的开始处理这些事情了，朱载坖很清楚，不能急，要慢慢来，朱载坖先是带着朱翊釴，犒赏了宿卫宫禁的军士们，然后下旨，召提督蓟辽军务戚继光和河间知府王锡爵赴京师。
同时命令陆绎、严绍庭等继续追查此案。
部署完了这些事情之后，朱载坖才召集练兵军务处会议，朱载坖很清楚，现在要做的事情是先稳住山西等镇的官军，只要官军不出乱子，剩下的事情就好处理了。
朱载坖将锦衣亲军的奏报给诸位参赞军务大臣传阅，朱载坖问道：“山西的事情，应该怎么办？”
现在事情已经涉及到边镇了，朱载坖不得不重视起来，这些货物的走私，没有边镇军官的配合是绝对不可能完成的，但是就是因为事涉边镇，使得朱载坖不得不投鼠忌器，现在大明和土默特部毕竟是和平的，一旦这些边镇的军官得知朝廷要查办自己，狗急跳墙，不惜点燃大明和土默特部之间的战火，甚至再出一个赵全，干脆叛逃到蒙古去，这就麻烦了。
朱载坖不得不慎重对待此事，朱载坖召集各位参赞军务大臣，就是来商量此事的，既要严办此案，又要保证山西的稳定，这是朱载坖要做的事情。
李春芳等人认为，现在是隐瞒不了的，京师这边已经案发了，朱载坖大肆查办此案的消息也早就传出去了，山西那边恐怕已经早就知道的，再隐瞒已经是没有任何必要的事情，朝廷要大张旗鼓的查办此案，以威临之才行。
朱载坖和重臣们商量之后，决定派遣重臣以巡视九边的名义前往山西查办本案，朱载坖决定派遣文渊阁大学士张四维和潞国公马芳前往山西，张四维就不说了，他是山西大族，不仅在熟悉山西的情况，而且在当地颇有声望，马芳在宣大山西三镇威名素着，有他们两人，至少可以保证山西三镇的稳定。
当然，朱载坖也没把希望完全寄托在张四维和马芳身上，万一真的有那种铤而走险的人，朝廷也必须有足够的兵力予以应对，朱载坖将三千营二万精骑全部调给马芳指挥，以防不测，锦衣亲军都指挥佥事刘守有也亲赴山西，将锦衣亲近的内鬼揪出来送南镇抚司严办。
除了这些，原山西镇守太监也被调回京师，交东厂严审，除了这些之外，朱载坖决定对宣大山西的提督总兵都予以更易，延绥总兵黑春，升任提督宣大山西军务，三千营副将哱拜暂代山西镇总兵，京卫都指挥佥事李如松暂代大同镇总兵，蓟镇副将，英国公世子张元功暂代宣府镇总兵。
同时原任翰林侍读学士兼河间知府王锡爵，升任右佥都御史巡抚山西，原直隶按察使沈炼调任山西按察使，朱载坖还派人密令总督宣大郑洛，要他加强戒备，严防生变。
在和参赞军务大臣商量好了之后，朱载坖发布诏书，遣文渊阁大学士张四维、潞国公马芳巡视九边，赐天子剑假节钺。
随后还发布了对于宣大山西等处官员将领的调整，除此之外，朱载坖还召见内阁辅臣和吏部尚书张瀚，要求吏部提前选拔一批德才兼备的官员，准备应对山西可能出现的官缺问题。
除了吏部之外，朱载坖还召见了礼部尚书陆树声，要求礼部遣使土默特部，要求把汉那吉等人不得接纳从大明叛逃的人，发现有从大明叛逃的人，要及时送回大明。
做好了这些准备之后，朱载坖召见了参赞军务大臣、提督蓟辽军务戚继光，朱载坖交给戚继光一个任务，就是组织京营、亲军诸卫、班操京军和蓟镇、辽东、宣府的官军，在京师附近展开规模浩大的操演，展示朝廷的武力，以震慑心怀不轨的人。
朱载坖很清楚，宣大三镇这次的事情不会小，一大批军官可能要被惩处，宣大可能会陷入短暂的混乱之中，越是在这个时候，朝廷越要展示实力，使那些心怀不轨的人不敢妄动。
戚继光当即领命去准备了，召见了戚继光之后，朱载坖还召见了国子武学祭酒顺宁侯俞大猷，询问现在国子武学的生员情况，他们能否胜任带兵打仗的任务，第一批国子武学的生员已经在国子武学学习了三年了，俞大猷认为他们已经具备了担任百户级军官的能力。
朱载坖要求俞大猷率领这批国子武学的生员参加操演，其中表现优异的，给百户，其余给十百户，准备充实京营和宣大山西等镇的官军。