朱载坖的圣驾渡过长江，抵达南京，在南京的臣僚们纷纷前来接驾，魏国公徐邦瑞，南京守备兼提督操江恭顺侯吴继爵、督师南京大学士殷士儋以及南京的文武官员，都来迎接朱载坖，朱载坖并没有在南京城外多停留，以皇太后一路舟车劳顿为由，奉请皇太后车驾到南京大内驻跸。
刘忠作为裕王府的老人，办事还是很得力的，南京的大部分宫殿都得到了修整，朱载坖对此很满意，同时东南各州县进贡的物资也都运到了南京，为了博皇太后的开心。朱载坖还命令苏松和浙江等地的戏班有技艺高超的，由地方官上奏送南京入宫献艺。
而朱载坖则忙着召见臣子，询问东南的情况，首先就是召见督师南京的大学士殷士儋和巡抚南直隶都御史杨继盛，南直隶作为大明的龙兴之地，又是财税重地，更是朝廷新政实施的要地，对于东南，朱载坖自然是极为重视的。
朱载坖问道：“殷师傅，椒山公，这东南现今情况如何啊？”
殷士儋和杨继盛向朱载坖介绍了朝廷新政在东南的执行情况，清丈田亩、打击投献这两点在东南开展的还是十分顺利的，大量的隐没、花分田产被朝廷重新登记征税，朝廷在东南田赋得到大幅度增加，除此之外就是东南的纺织行业也得到了极大的发展，得益于海上贸易，大量的丝绸、棉布从松江府出口到海外，松江府的海关关税银已经成为大明所有海关中最多的一处。
但是东南也并非没有不好的地方，东南的百姓一直希望将所有的田赋和徭役全部折色，但是朝廷上对此还是有所质疑，还有就是朝廷的银钱在东南的推广相对不是很顺利，大商人认为朝廷的银钱不足值，拒绝使用，导致民间也乐于使用银两而非银钱。
还有就是由于苏松人口的增加，粮价上涨，地方官员担心百姓舍本逐末，导致大量的良田不种粮食，这确实也是令人担心的事情。
朱载坖之所以一直没有下令将苏松的赋税全部折银，主要有两个考虑，其一是漕粮必须得到保证，即便是全部折银，也必须要保证漕粮的运送，这是关系到九边安定的问题，还有一个就是折色之后南北方的赋役倒挂问题，南方土地产出多而徭役相对较少，而北方土地产出少，但是承担的徭役多，一味的按照所承担的徭役折银，对于北方的百姓是不公平的。
朱载坖认为可以折银，但是南方的折银比例要比北方高，同时多余的徭役折银要上缴太仓，由太仓支付给北方州县，补贴北方的徭役折银，减少北方百姓的负担，但是这样一来，必然导致东南的不服，甚至可能会激起民变，这是朱载坖一直没有动的原因。
现在折银的呼声是越来越大，朱载坖也不得不正视此事了，既然要折银，朱载坖认为不应该以府州县或者省为单位，而是要从全国来讨论此事，朱载坖说道：“他们之所以要折纳，无非是认为折纳有利罢了，但是朝廷既然是要折纳，就要做到公平，山东、河南、山西、陕西、直隶等省，承担漕粮转运、运河维护，九边军储运输还有各种营建，边墙的修筑，民生不可谓不艰难也，朝廷不仅是要征收赋税，还要通过赋税起来调节贫富的作用。”
对于朱载坖的看法，无论是殷士儋还是张居正、杨继盛等人都认为是有道理的，但是有道理并不意味着就能够施行，善财难舍，对于谁都是一样的，朱载坖作为皇帝，要考虑的事整个大明的平衡和稳定，但是百姓考虑的更多的是自己的口袋，要从自己的口袋里掏钱，对于谁都是一样的。
杨继盛对朱载坖说道：“陛下，东南虽称富庶，但是百姓生活也并不宽裕，此事还是要慎重啊。”
朱载坖说道：“这是自然，从百姓的头上刮银子，算什么本事。”
这下轮到臣子们有些诧异了，对于臣子们来说，千百年都是从百姓的头上刮银子，不从百姓的头上刮银子，从哪里刮银子，朱载坖表示，朱某人这个皇帝，是投胎来的，当皇帝嘛，搞钱也是一件很重要的事情，而且朱某人不喜欢搞穷鬼的钱，谁有钱，朱某人就准备从谁的头上刮。
这下轮到张居正说话了，他说道：“陛下，东南财赋重地，一切要以稳定为主啊，不可轻用刀兵。”
张居正担心朱载坖又玩硬的，朱载坖在这种事情是有前科，所以张居正认为还是要提醒一下朱载坖，不能乱来，朱载坖当即表示，张师傅把朕看成何等样人了？朕是皇帝，不是土匪，你以为看上什么就随便拿啊？皇帝搞钱得讲究个名正言顺才是，朱载坖怎么能够做那种事情。
朱载坖认为，南北方赋役的差额，不能够从南方的百姓头上去刮银子，要从东南的这些富商大贾头上征收，不仅是要为朝廷解决银两的问题，同时也是减轻对于百姓的负担，他们从海上贸易中获取了巨额的利润，也应当报效朝廷和朱载坖一下了，他们要清楚，是谁让他们挣了这么多钱。
当然，朱载坖也很清楚，这些可能需要一些小小的提醒，这也是朱载坖为什么到南京的原因。
朱载坖命令督师南京兼参赞机务大学生殷士儋，命令南直隶、浙江的军队和南京京营，以及两省的水师、还有缉私水师抽调精锐赶赴南京，朱载坖要在南京检阅大明在东南的水陆二师，查看朝廷在东南的军事存在。
尤其对于水师的检阅，操江水师、南直隶水师、缉私水师和浙江水师都要参加，这还是大明第一次由皇帝检阅水师，应该怎么处理，一时之间还没有定例，朱载坖命令南京礼部和随行的重臣商量出一个章程来，准备检阅三军，同时提醒一下东南的富商们。