在拿到宝可梦以后小新找乔伊小姐报名预赛，不打过预赛的话是无法进入正式比赛。
“叮！任务开启获得漩涡列岛大赛冠军，任务完成奖励丰富以及古代少年的记忆碎片敬请期待。”
听到系统的奖励后小新更有干劲了，毕竟可以知道古代少年的事情小新非常想要知道。来到宝可梦中心后发现这里很多人。
乔伊小姐:“好，下一位。”
小新:“我要报名。”
乔伊小姐:“好的，请报出出生地点跟名字。”
“我是真新镇的小新。”
乔伊小姐:“预赛会在十六个会场举行。”随后拿出了地图:“这张呢，是会场的地图小新你在c会场。”
小新:“是!请问预赛一共有几场？”
乔伊小姐:“预赛是采取车轮淘汰赛的方式只有64名训练家可以进入决赛所以预赛的场次会也那一年的参加人数而有不同我看看哦按照今年的参加人数计算的话……你只要打赢两场比赛就可以参加正式的决赛了。”
小新:“好的我明白了。”
随后小新来到了空地:“大家出来吧。”小新把去吧水系宝可梦叫了出来，不过小新感觉水箭龟他们有点不一样“系统这是怎么回事？”
系统:“宿主，之前你在浅葱市得到的宝可梦病毒已经植入它们体内，它们已经完全吸收，实力得到增强了。”
小新:“原来是这样啊。”随后小新和奈奈在宝可梦中心休息了一个晚上，第二天预赛开始了。
上午第一场比赛开始了，小新的对手是因为戴着眼睛的少年。
“去吧卡咪龟。”
“卡咪龟吗，那就去吧水箭龟。”少年派出了卡咪龟而小新则是派出了水箭龟出战，结局可想而知，卡咪龟被水箭龟打败，小智也成功打赢了对手的小海狮，而小霞的对手小新就想说一句谁家的熊孩子带鲤鱼王参赛，结局可想而知，蚊香娃连环巴掌轻松打败了鲤鱼王。
很快上午的比赛全部结束小新、小智、小霞成功晋级。
“今天的比赛太棒了!好多水系宝可梦啊!”小霞感慨道。
小新:“我想对小霞来说这是最幸福的时刻吧，能看到不同的水系宝可梦。”
随后经过中午两个小时的休息后，下午的第二场预选赛开始了，小新属于第一个登场他的对手是因为穿着水手服的大叔。
“去吧毒刺水母。”
“去吧河马王。”大叔派出了毒刺水母而小新则是派出了河马王出战。
“毒刺水母使出毒针。”
“河马王神秘守护。”毒针虽然命中但因为神秘守护河马王并没有中毒。
“精神强念。”河马王听到后使出了精神强念控制住了毒刺水母随后把它丢了出去，“就现在使出水炮。”
“毒刺水母破坏死光。”水炮和破坏死光对拼不分上下，但毒刺水母因为破坏死光的原因暂时无法行动。
“就现在精神强念。”河马王听到后使出了精神强念打败了毒刺水母，小新成功晋级。
“毒刺水母失去战斗能力，河马王获胜所以胜利者是小新选手。”随后小新收回了河马王离开了会场。
不过在选手通道遇到了一位他认识的人:“你是透也!”
“小新你也来了!”那位少年正是合众联盟冠军透也。