收拾好行李后，小新就准备回家了不过他并不打算等小智了，坐着水箭龟来到了距离关都地区最近的一座岛屿凸橙岛，坐上了去关都地区的船。
“对了！系统打开橘子联盟冠军礼包。”小新想起来了这个礼包还没有打开。
“叮！橘子联盟冠军礼包已打开，指定闪光宝可梦奇遇卡一张，高级球30个，所有属性进化石一颗。”
看完奖励小新还是很满意的，随后坐着船回到了枯叶市港口。在这里休息了一个晚上就朝着真新镇出发了。
在下午的时候回到了家里:“我回来了妈妈！”
妈妈:“小新你回来了，路上辛苦了快来吃饭吧我做了很多你爱吃的菜。”
小新:“好耶！”虽然小新和小智性格完全不一样但贪吃这项是完全一样，喷火龙也一样。
在吃完饭后妈妈:“对了小新大木博士前几天拿来一个包裹就在桌子上，说是给你的。”
小新:“大木博士寄来的？”随后来到了桌子旁边发现是一个盒子随后打开了，居然是一颗超进化石和两封邮件，其中一封已经打开了，小新拿出了打开的那封信件，发现是达马兰奇会长寄来的。
“小新，好久不见了，橘子群岛的事件我们已经知道了，对于你不顾生命危险拯救世界的行为，联盟表示万分感激，这个盒子里是联盟送给你的两个小礼物，其中一个是喷火龙的另外一种超进化石，虽然我知道你已经有超进化石了，但这是我们的一点心意，还有就是一封邮件我听大木博士说过你接下来要前往成都地区，你拿着这封邮件交给空木博士就可以得到一只成都地区的御三家了，好好加油吧我很期待你的成长--by达马兰奇。”
“原来是达马兰奇会长寄来的，超级喷火龙Y进化石，还有成都御三家都非常不错。”小新心里想道。随后前往了大木博士研究所。
来到了研究所第一件事就是将GS球交给了大木博士。
大木博士:“这就是GS球啊这个造型真是奇特，我完全没见过唉。”大木博士看着手上的GS球苦恼，完全没有一点头绪。
小新:“大木博士你慢慢研究，我去看看我的宝可梦了。”
大木博士:“好，你的伙伴们在后院你去看看吧。”随后小新来到了后院所有宝可梦围了上来，小新也把身上的宝可梦叫了出来和他们待了一下午，后面听说小茂要回来了小智也找大木博士交换了肯泰罗，这就说明小智也要结束了。
过了一个星期小智和小茂都回来了，而小新的宝可梦蛋也孵化了是一只六尾，不过是一只淡黄色的六尾，而且熟悉了小新的味道小新也是顺利收服了六尾。
不过就在小新前往大木博士研究所的时候:“好讨厌的感觉啊！”听到这个声音小新就知道是火箭队随后来到了研究所里面，一进门就听到了小智和小茂吵架。
看着得意忘形的小智，小茂和他打了一次用伊布打败了小智的皮卡丘，第二天就离开了前往了成都地区，而小智在听到小茂前往了场地他也要去。
大木博士:“小新你给我的GS球真是太奇特了我这里的仪器根本无法解析。”
小新:“大木博士之前我和洛奇亚并肩作战的时候我感觉GS球好像和洛奇亚有关系。”
大木博士:“洛奇亚吗？那就解释的通了。”
小新:“大木博士你能将GS球给我吗？我想我总有一天能解开的。”
大木博士:“那有什么问题给！”随后将GS球和升级后的宝可梦图鉴交给了小新，虽然知道小新可能不需要但还是交给了小新，小新在第二天也出发了，这次带了喷火龙、飞天螳螂、六尾就朝着成都前进，本来妈妈是想让小新带着小智他们一起走但小智又睡过头了没办法小新自己一个人出发了。