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崇祯四年(1631年)，孙承宗修筑大凌河城，秦翼明领一万人进行保护，修成后率兵回。
崇祯七年(1634年)，流贼打下河南，朝廷任命秦翼明为总兵官，让他率领军队前去讨伐。
次年，总兵邓王己死后，因为他的部下都是四川人，朝廷就下令让秦翼明率领他们，在青崖河、吴家堰、袁家坪连连打败贼兵，扼住了贼兵通往郧西的道路。
但秦翼明的性情慌张、胆子不大，部下的将领连连失败，他却不如实向上汇报，因此被免去了都督军衔，贬官二级，继续剿贼。
后来他跟从卢象升在谷城追逐贼兵。贼兵逃往均州，秦翼明在清石铺打败了他们。
贼兵进入了山地自卫，秦翼明又打败了他们。接着又在界山、三道河、花园沟连连破贼，捉住黑煞神、飞山虎两位贼军将领。
贼兵出没在郧阳、襄阳一带，巡抚郧阳的苗胙土派遣使者去招降贼寇时，秦翼明赞成此事，结果上当受骗了，贼兵最终没有投降。
秦翼明、苗胙土都受到弹劾。后来贼兵进犯襄阳，翼明连续作战获取战果，屯兵庙滩，用来扼守汉江的浅水处。
只是罗汝才、刘国能却从深水处渡了过去，接着就在蕲春、黄冈一带大肆骚扰。
崇祯皇帝于是罢了苗胙土的官，并严厉批评了秦翼明，不久秦翼明又被弹劾，解除了官职。
逆战反王
崇祯七年(1634年)，张献忠攻陷川东重镇夔州(今重庆市奉节县)，秦良玉率军赶到，张献忠不战而走。
秦良玉率军追击，与正好回川的儿子马祥麟前后夹击，打败张献忠，使之退走湖广。而后张献忠受朝廷招安。
崇祯十三年(1640年)，张献忠联合罗汝才再次造反。
罗汝才率兵攻打夔州。秦良玉率军前往，罗汝才不战而走。
秦良玉追至马家寨，大破罗汝才，斩首六百级，秦良玉又率军追击，先后在留马垭、谭家坪北山、仙寺岭大破敌兵。
将其首领东山虎斩杀，活捉副塌天，惠登相、王光恩投降。
并夺取了罗汝才的帅旗，罗汝才军逐渐走向衰落。
同年，杨嗣昌自请为督师入川剿贼。
杨嗣昌主张驱贼入川的战略，调离四川精锐入楚，四川巡抚邵捷春领二万老弱残兵守重庆。
所倚重的将领只有张令和秦良玉，但邵捷春不争山夺险，消极防守，让秦良玉在重庆附近三四十里处设防，派遣张令守黄泥洼。
秦良玉乃向已经辞官的绵州(今四川省绵阳市)知州陆逊之感叹，深刻指出这种布防的弊端，以与邵捷春一同战死为耻。
不久，邵捷春移营至大昌，监军万元吉也屯兵巫山，与秦良玉相互呼应。
十月，张献忠先后在观音岩、三黄岭大破官军，随后从上马渡过长江进军。
秦良玉与张令急率军于竹箘坪阻击，挫败了贼军的前锋。
但不久张令战死，秦良玉前去援救没有成功，辗转作战又失败了，部下的三万人几乎全部战死。
秦良玉于是单独求见邵捷春，建议调用自己二万溪峒的士兵用来击破贼军，自己愿出一半粮饷，其余一半需要官府支持。
但邵捷春与杨嗣昌不合，且仓库中没有现成的粮食，所以拒绝了。秦良玉就只好叹息而归。
当时摇天动、黄龙等十三家贼兵在四川横行。
有一个叫秦缵勋的人，是秦良玉的族人，给贼兵当了耳目，被捉拿后杀死狱卒逃跑了。
良玉抓获了他，把他交给了官府，他的手下也没有一个逃脱。
遗憾终老
崇祯十六年(1643年)，张献忠攻陷武昌，处死楚王朱华奎，率兵再次进犯四川。
秦良玉上呈全四川形势给巡抚陈士奇，建议派兵守十三个关隘。
但陈士奇不用，秦良玉又找巡按刘之勃，刘之勃同意秦良玉的计策，但是却无兵可派。
崇祯十七年(1644年)，张献忠领大军长驱直入，再次进犯夔州，秦良玉率军前往救援，但寡不敌众，被击溃。
张献忠攻下成都后，秦良玉对部下说:
“我兄弟二人都战死沙场，我一个妇人，受国恩二十年。到现在这种地步，也敢与贼势不两立!“
于是秦良玉分兵守卫石砫境，张献忠到处招降四川土司，却不敢来石砫。
隆武二年(清顺治三年，1646年)，远在福建的隆武帝朱聿键派使节专程赴石柱，加封秦良玉太保兼太子太保衔，封忠贞侯(钱海岳《南明史》为忠州侯)。
同时近在西南的永历帝朱由榔加封秦良玉太子太傅，任以四川招讨使，仍以镇东将军督兵平定川中诸贼。
清顺治五年(1648年)，秦良玉去世。
崇祯十七年，张献忠攻陷四川，于成都称帝后派人招降四川各土司。
秦良玉军事力量弱小，有建议投降的，有建议转移的，但秦良玉不肯投降反王张献忠。
作《固守石砫檄文》，誓与石砫共存亡。于是秦良玉分兵守卫各处险要，张献忠之前与秦良玉多次交战被击。
虽然现在势力庞大，却不敢靠近秦良玉守卫的石砫。
据传秦良玉死后发丧48处，事后埋葬的人又中毒而死。现存秦良玉墓有三处
:1，秦良玉墓，位于石柱县城东7公里的回龙山上。建于清顺治年间，总面积为320亩。
内有秦良玉墓，秦良玉衣冠冢、良玉子马祥麟墓、良玉兄邦屏、弟民屏及良玉后裔马光仁、马佑昭，麾下将官马德间等墓20座。
良玉衣冠冢前，有石俑、石马、石羊、石狮等石雕分列两旁，气势庄严;
2，秦良玉东墓，墓碑上刻有“秦良玉之墓“五个大字，旁边则刻有:“明上柱国光禄大夫镇守四川等处地方提督汉土官兵总兵官挂镇东将军印中军都督府左都督太子太保忠贞侯“铭文
;3，秦良玉西墓，主碑上刻有:“马母秦氏贞素之墓“。两旁则分别刻:“明万历二年甲戍岁吉诞““卒于清顺治五年戍子岁““孝男马祥麟立“等铭文。
秦良玉祠又称太保祠，始建于清朝乾隆壬午年(公历1762年)。
嘉庆19年(1815年)进行修葺。后改为村小学校。
再后来惨遭破坏，但窗花、浮雕、字碑依稀可见，远看秦家祠堂风光尤存。
现已列为重庆市一级保护建筑。