共和九年的秋天，随着革命党和西南军阀的军事力量全面失败和国防军迅速的收复南方，就连远在拉萨的西藏统治者都很清楚，一场改朝换代的风暴已经近在咫尺，新华党或者叫商会派的胜利指日可待。商会势力的胜利消息传到拉萨，西藏统治者们一开始并没有产生严重的悲观，他们认为“无论是谁家当皇帝，西藏还是西藏人的西藏。”
不过很快从上层中就传开了，汉军（国防军）并非以前的满洲皇帝或者是乔大总统，他们对于西藏基本上保留一个宗主权，就是个面子上的统一就可以了，但是通过商旅和喇嘛们传来的青海和甘肃的消息，似乎国防军并不喜欢政教合一的统治体系，反正青马覆灭后，青海是世俗政权掌控当地，喇嘛们的庙宇倒也没有被焚毁，不过佛爷们的法旨却和茅山道士的符咒一样，变得没多少实际价值了。
随着康定和周边地区的陷落，曾经让藏军非常畏惧的刘存厚已经逃亡拉萨，然后转道尼泊尔去了印度。如果说以前只是听说国防军的威名，现在国防军的刺刀都顶在了西藏的咽喉上了。据《洛桑活佛回忆录》记载：“在拉萨，人们开始考虑逃亡印度，他们把贵重物品转移到印度或藏在寺庙中，寺庙开始购买印度的卢比。”“我记得，自己家中就装满了一袋卢比，并放在桌子上，一旦发生意外就可以随时逃走……”
而对于任何一个中国政权而言，西藏是中国不可分割的一部分，明眼人都得出来，国防军进入西藏是一件不容商量的事情。共和五年的青马覆灭之后，班禅就向中央政府和联合议会发出贺电，表达了敬意。当时乔夫和吴宸轩也分别回电班禅，表示“汉藏一家，共建盛世”的邀请，而“共和国中央政府和中国国防军必能维护西藏的繁荣稳定。”
实际上，西藏拉萨当局可不是这么想的，西藏“外交局居然发了一封异想天开的信给国防部总长吴宸轩，表达了西藏方面的立场：
新华党大统帅吴宸轩阁下：
西藏是观世音菩萨教化之地，已成为宗教兴旺发达的美好地方，无论过去还是现在，一直享有着独立自主的权利，从未丧权于外国。由于与中国的青海、新疆两省接壤，请您不要让国防军队越过边境，侵入西藏的领土。您若能向手下官员下达此项命令并认真执行，我们才能放心。西藏的一些领土，近年被中国占据，希望在您结束中国的国内战争之后，能够通过和平谈判的途径解决。
与此同时，西藏当局希望英印军协助西藏达成抵御国防军“入侵”的目的，并向德里派出“使团”。对此，共和九年10月20日，对外联络部发言人就西藏问题发表谈话，表示西藏是中国的固有领土，指责西藏地方当局的“外交活动”是叛国。由于双方对历史和现实的理解完全不同，军事冲突无可避免。
英印政府虽然全力在为欧洲的西线战场贡献人力物力，但是他们没有忽视身边的威胁，此时印度的殖民政府已经预测到了国防军入藏将是不可避免的事情，于是他们决定向西藏当局提供军事支持。在西南战役尚未结束的6月份，印度向就噶厦政府交付了一大批武器装备，包括维克斯重机枪54挺，刘易斯轻机枪168挺和1260支李恩飞步枪和大量子弹，藏军随即开始招募新的部队，扩充军力，藏军从6个代本（相当于团）扩充到9个代本，希望阻挡国防军的前进步伐。这些新式武器使得西藏当局有了和中央政府对抗的底气。
与此同时，西藏发生了“驱汉事件”，10月11日、17日、20日，藏军分三批将南京中央政府驻藏办事处全体人员和其他中央政府人员及家属还有一些汉族商人共130多人押解到印度边境，迫使他们返回内地，并对外宣称，这是为了防止国防军俘虏他们，这一事件表明了西藏当局企图独立的野心。
在吴子玉中将乘飞机赶赴第10集团军在西昌的基地的时候，联合议会发表了咨文表示：“联合议会对于西藏地方政府的分裂国家的做法表示极大的愤慨和坚决的反对，…..对于这种行径，我们的忍耐是有限度的。”同时，传到昌都的情报说，国防军已经进抵汉人控制的康区与西藏控制的康区的交界处——金沙江西岸。10月22日，联合议会议长熊秉三发出通电号召西藏政府和人民接受西藏和平统一的方案，并强调：“西藏是中国的一部分，西藏当局既不能阻止国家军队进藏，也不可能指望从英国印度方面那里得到外援。”在这种情况下，西藏当局被迫派出代表去济南进行和谈，全国各地的报纸都报道了这一消息，希望这样会避免西藏百姓遭受不必要的损失。
但是希望是美好的，现实确实残酷的。葛厦政府已经达成了内部一致意见，对抗汉人政权的“入侵”。10月24日，双方在昌都东北部约100英里处的一个村落邓柯发生了第一次军事接触。邓柯地处甘孜至玉树的交通要道旁，昌都总管格鲁?拉毛王赞在该地区设置了一座无线电台兼观察哨。国防军山地发动突然袭击，一举捣毁了这座电台。据逃回昌都的话务员描述：“我在无线电收发站内向窗外观看……他们已到了这里，有好几百人，他们一齐涌进电台的院子里。我告诉了在电台旁的索朗平措，可是他仍然继续发报，因而遭逮捕。他们已经在途中抓住了索朗多吉，我躲藏在一个食品柜里，他们始终没有打开看过。当晚我就爬出来逃走了。”格鲁得到消息后并没有表现出惊慌，他念经祈祷了一会儿之后，便命令驻扎在昌都东北部大约5天路程的玉树边境附近的穆恰代本马上带领他的军队返回昌都。其部队纪律非常严明，着重仪表，是藏军中的一支精锐部队。
格鲁希望调集一支精锐部队，向玉树的国防军第60山地师某连发起反击，解救报务员，夺回电台，并且对国防军备战给予沉重打击。他认为国防军初来乍到，对康区的百姓不了解，又不熟悉地形，这是发动突然袭击最佳时机。然而，事件并没有按照格鲁的计划发展。邓柯地区的康巴人欺骗了穆恰代本，没有把国防军的确切方位告诉他，使他的部队中了国防军的埋伏伤亡惨重。
在噶厦政府看来，他们在邓柯战役中夺取了战术性胜利。在这次战役中，他们打退了国防军的攻击，此战证明藏军能够同国防军较量。于是双方在都认为自己能取得最终胜利的情况下开始了交火，而此时吴子玉中将还在赶往成都的飞机上。
“谢参谋长。现在甘孜玉树方向的情况如何？”吴子玉从野战机场一下飞机就跟老伙计谢芳参谋长开始交流前线的情况。
“交火正在扩大到团级单位，不过我军基本上可以在进攻中以一个连对付对方一个营，如果防守的话，依托野战工事足够对方一个团啃得。”说的轻巧不过谢芳脸上可没多少笑模样，“关键是该死的高原反应，大家连平时的一半力气都使不出来，若不是有氧气枕头，还有火力上的优势，还真不一定敢用轻步兵加上迫击炮去对抗对方的大举进攻。不过如果行进中被对方伏击或者发生遭遇战，那我们能有多大胜算就不好说了。”
在开了一次师长以上战役会议之后，大家也都清楚了这次西藏战役的部署，兵力不多，仅仅是加入西南战役的第10集团军的特遣队，也就是山地50师、山地60师、快速反应66师全部和国防部直属的特战部队—代号701的一个特种战术连。虽然进藏的通道至少有三四条，不过从后勤保障的难度上看唯一可行的也只有打通青藏线的一种选择，相信藏军也是如此部署的。所以这场战役没有多少可以出奇制胜的地方，大家防守和争夺的就是青藏线上的各个隘口，而首先要争夺的就是藏区门户—昌都。
昌都战役是光复西藏具有决定意义的一战，联合议会和国防部都极为重视。当时从总参谋部到第10集团军主要担心的是高原反应和后勤补给问题。吴子玉第二天就下部队，从前线的三个山地连队里呆了三天，吴子玉就向段总参提出关于要求推迟进军时间的申请，在向总参谋部的报告中提出，“第66师进驻雅安之两个团，因蓉雅（成都至雅安）交通受阻，食粮尚感不足，而青藏部队（指2个山地师）所需之大批氧气袋、食粮、弹药则更无法按期赶筹。”
在11月6日关于推迟昌都战役给总参谋部的报告也是根据“绝难提前抢运最低数量之补给”而提出的。吴宸轩11月9日同意西藏战役前指吴子玉中将关于昌都战役实施计划给川、青、陕三省政府及第7集团军、第9集团军驻川东、青海部队的电报中特别询问：“你们为由甘孜向昌都进军的第10集团军各部提供给养物资，粮食全靠部队携带及牦牛载运，最大运量能否保证1..5个战役备份……甘孜是否已有这样多的粮食，部队及牦牛是否有这样大的运输力。”11月16日康藏公路通车至甘孜，总后勤部西南指挥部准备的物资已开始车运甘孜，而更让大家感到欣慰的是，标准航空队的神鹰们已经在江达县的野战机场开始起降，玉树地区的更大规模的半永备机场也基本建成，足以提供运输机和大型运输飞艇的起降要求。
国防军的鹰翼翱翔雪域蓝天的日子已经不远了。