此时，坐镇贵阳的滇军头领唐继尧已经察觉国防军由鄂湘西进川黔迂回重庆、成都的企图，急忙调动刘存厚部川军由秦岭、大巴山南撤入川。令滇军一个军在南川及其以东地区布防，以迟滞国防军前进，掩护刘存厚集团主力南撤。基于这种情况，蓝季豪中将令第9集团军主力和第50山地师迅速经黔西北向泸州、宜宾前进，令快速反应77师等部立即强渡乌江，进至南川地区，围歼川军刘湘部。遵此命令，第9集团军主力以迅猛动作对川军在川东各部实施迂回包围，7月2日，第9集团军三个机步师将川军刘湘部及川东各部共计1万余人歼灭于南川以北地区，并乘胜在重庆外围歼灭前来增援之滇军第1军一部。5日，川军川东残部逃往成都，6日国防军第12机步师占领重庆。一直到7月12日，第9集团军主力和第50山地师等部分别进至内江、铜梁、广安、万县、自贡、荣县地区，至此，革命党军向黔、滇之主要退路已被切断。
在军事打击的同时，政治争取也取得了极大的成功。在新华党中央党部、国防军总部的统一领导和部署下，段芝泉、熊秉三、蔡元培等人积极开展了对敌政治攻势和策反工作。6月21日，吴宸轩以新华党党首、中国国防部总长名义向西南军阀部队的军政人员提出四项忠告，号召他们停止抵抗，投向光明，改过自新，立功赎罪，并明确规定了政策界限，对业已起义和投诚的武装，一律暂不编散，不收缴武器，指定地点集中，听候处理。
7月23日至29日，云南督军兼滇军总司令唐继尧、西康省靖边使刘文辉、革命党西南支部主任、革命党中央委员熊克武、川军第4军军长邓锡侯等率所部分别在云南昆明、西康雅安、四川彭县通电起义。
7月30日，刘存厚等人秘密逃往藏区。8月1日，第7集团军野战军第9、第15机步师分别由川东、川南西进，至20日进至遂宁、眉山、丹陵、邛崃、大邑一线，完全切断了川内残军的退路。
8月6日在国防军的军事压力和政治争取下，被围之川军第7、第15、第16、第20师宣布起义。由崇庆、新津分两路突围之川军第5师除一部逃往西昌外，其余被第7集团军山地10师歼灭在邛崃、大邑一线。
8月11日，成都警备区川军部队在成都以东地区宣布起义，当日，国防军占领成都，云南、贵州两省也已经传檄而定，至此西南战役胜利结束。
8月12日，吴宸轩发布了《祝贺西南战役胜利告前线将士和全国同胞书》，提出共和九年的新任务是：“统一包括新疆、西藏在内的大陆领土和歼灭任何非国家武装的最后残余，完成统一中国的事业，不让敌对侵略势力在我们领土上有任何立足点。”同时提出要逐步转入和平建设，医治战争创伤，克服战后的财政经济困难，恢复工农业生产和交通事业。
8月18日，即成都战役结束后的第7天，总参谋长段芝泉出席重庆市庆祝西南统一大会，发表入川后的第一次长篇演讲。
段芝泉号召驻西南全体部队说：艰巨的任务正安排在我们面前，10万起义、投诚、俘虏的部队急需改造，4000万的群众尚待从封建制度桎梏下解放出来，政令军令统一必须在明冬后春完成。而当前的肃清匪特、巩固治安和急不待缓的征粮工作，都有待于军队为主去参加完成。当我们战败了武装的西南武装割据集团后，彻底消灭封建的战略任务已经放在我们当前的日程上了。段总参的讲话获得了台下第7集团军、第9集团军和第10集团军各部军官士兵的热烈鼓掌欢迎，各部纷纷主动做好了继续进行剿匪战争和进藏进疆的准备。
此时在五千米的高空，有两位乘客却没这份豪情。手里捏着一份“公*函”，让熊克武此刻充满了气愤、失落、烦躁。原来这是西南战役前指在7月20日向各部发放的内部宣传稿件，其中对于唐继尧和熊克武这样的率部抵抗国防军的军阀头子自然没有好的评价，让以缔造共和功臣自居的熊克武深感自己的历史功绩被抹杀了。为了安抚熊克武，段总参、蓝季豪特地在重庆天府饭店小宴会厅宴请唐继尧、熊克武等人。段祺瑞一上来就先给两人吃了颗定心丸，说二位将军和平起义有功，国家和国防军都不会亏待。“便宴谈话”后，熊克武的情绪略有改变，但心中的不满仍未消除，他甚至向共和国南京政府外交部发电，要申领护照出国。
接着发生的情况更让熊克武心情恶劣。在西南战役前指政治处的安排下，唐继尧、熊克武从沙坪坝的军营搬进了九龙坡的刘存厚别墅。搬完家没几天，电话响了，听筒里的声音很冲：“我是重庆市政府善后工作处，现在通知你，立即到重庆市政府善后工作处办理登记。”“我是熊克武！”熊克武提醒对方。对方十分强硬，“通知的就是你熊克武。新的重庆市政府通告：凡革命党军、警、政人员，必须限期登记！你难道不是革命党军官？”熊克武一时间竟然不知如何作答。
熊克武失衡的心理，无法调整。这一切，直到他见过吴宸轩后才有所改变。8月18日，起义后的唐继尧、熊克武乘上标准航空队的专机。当天下午，留守总参的徐树铮将唐、熊二人到达济南西郊机场的情况向吴宸轩做了汇报，说：“我已经和唐继尧、熊克武两人通过电话交谈过了，看来情绪尚好。”
吴宸轩听后很是高兴，笑呵呵地说：“情绪好就好，我们希望的就是他们有一个好情绪。不要让他们来，还是我去看他们。”
夏日的济南已经是烈日炎炎，吴宸轩和熊秉三前往唐继尧、熊克武下榻的国防军政治处招待所。唐继尧、熊克武两人早已在门口等候，唐继尧穿着一身长袍马褂，带着一顶太阳盔，看起来神色淡然，而熊克武则穿着一身没有军衔徽记的蓝布军装，面色凝重，心事重重。
未等车子停稳，两人便快步迎上前，伸出双手，紧紧地与吴宸轩握手。吴宸轩风趣地说：“过去我们在战场见面，有来有往；今天我们是朋友相见，难舍难分。虽然各自有立场，不过大家都是中**人嘛，该是一家人。”熊克武深怀内疚，以负荆请罪的语气说：“我半生戎马，除推翻满清外，罪恶不小。”“唐将军、熊将军，你们有功！我要谢谢你们，西南百姓要谢谢你们，中国人民要谢谢你们。你们做了一件大好事。人民是永远也不会忘掉你们的！”吴宸轩这几句感人至深的话语，使了熊克武几个月来积聚在心头的疑虑顿时冰融雪化。
在会客室里，吴宸轩亲切地对唐继尧、熊克武说：“西南和平解放得很好，对你们的部下也是一件大好事，保护了他们的生命财产和家庭团聚。云贵是西南的宝地，各族人民世代居住在此，战火过后，生民涂炭，何其残忍。如果是外敌入侵，就算是流进最后一滴血也不能屈服，不过如果我们中国人自己打内战，把好端端的西南明珠被破坏了，子孙后代会骂我们的。”
吴宸轩请大家品茶，话锋一转，扳着指头从唐继尧日本陆士毕业，参加过重九起义，昆明起义，维护云南地方安定，到熊克武1904年东渡日本到领导黄花岗起义、武昌起义后再重庆响应，建立革命蜀军的桩桩件件，如数家珍。“两位将军在推翻满清的革命时期都是我们国家民族的功勋将领，一直没有向封建主义王朝屈服，不管是推翻满清还是后来维护地方安宁，两位将军都是是战功卓著的，这些人民都没有忘记。当年剿灭直皖两系北洋余孽的时候，唐将军、熊将军对我们的支持也是坚决的，是我们的友军。”
听到吴宸轩盛赞他们在在大革命时期的战绩，两人心中充满了感激，还想表达请罪的心情。吴宸轩打断了他们的话，说：“不过两位佣兵西南，妄图借手中武装抗拒中央，行割据之实。这让西南百姓和全国人民等候两位改弦更张，却是等了很长时间啊。”
唐继尧的头上已经是汗水涔涔，而熊克武长叹一声，连声说自己罪孽深重，愿意接受国家和人民的审判。吴宸轩摆摆手，说道：
“两位的功过暂且不论，但是你们能迷途知返，主动放下权位，接受和平起义的呼吁，这就是你们对我们这个国家最大的贡献，从任何方面讲，你们都是有功之人。对了我听说有我们派去接管地方政权的行政人员打电话给两位，语气生硬，态度蛮横，缺乏尊重，这是我们工作上的失误，也是对有功之臣的冒犯，作为新华党的党首，我想在这里向二位致歉，请你们原谅我们的这些错误。”
这下子两位将军可坐不住了，两人都知道这位吴宸轩几乎就是中国的无冕之王，若是在前朝那就是口含天宪，顺承天命的天子，当着众多官员的面向两位降将道歉，这是何等的心胸！此时两人才有了心服口服的感觉，对于吴宸轩邀请他们在新政府里面任职也表示愿意服从安排的意愿。
西南初定，国防军再次厉兵秣马，这次剑指何处，又有谁人能窥伺天机？