辰军拿下城墙并打开中山门时，城下军营里，正在睡觉的明军才发现不对劲，因为城头上的喊杀声越来越大声，而且持续的时间太久了。不像是昨天夜里和今夜的二更天那样。
直到城头溃逃的士兵回营求救，明军的将佐才知道这自己等人麻痹中计了。于是，将校赶紧集合士兵，准备冲向中山门。只要城门在手，其他的都还有机会。如果城门失守，就万事皆休了。
可现实真的没有如果，守备南城的白夜人马合计三千人，除去刚才阵亡的九百多人和溃逃三百多人，还有一千八百余人。等他们赶到中山门时，迎接他们是一阵箭雨。辰军已经列阵整齐的阵势守住街口，后面还有一队队辰军正在开入城门。
透过火把的光芒，他们看到城头的明军黄色龙旗已经不见了，取而代之的正是蓝色青龙旗！
林宿承看着自己三千鱼鳞重甲士兵顺利开入城门，这才放下心头的石头。便轻松对身边的亲兵说道：“我们疾风营已经得手了，可以发现信号通知钱帅了！”。
......
随着一枚接着一枚的火箭升空照样，信号不断的从钟山山麓向东边传递，直到辰军的大营。
此时的辰军大营外，除了五千守营的人马，剩下一万人在钱延年和邓通的率领已经在营外列阵以待了。见到火箭的报信，邓通喜出望外的说道：“钱帅，林将军已经得手了！我们是不是也开拔？”。
钱延年说道：“出发！他娘的，没有掌心雷还真不习惯。年初时候，主上征战锦州把所有的掌心雷的存量都带走了；要不然，咱们这一战不用这么辛苦。直接投掷几轮掌心雷，看明军拿什么守城！”。
邓通尴尬的说道：“主上担心锦州有一场恶战，没想到这么顺利就打败清兵。不过，我们现在不是大局在握了吗？钱帅，末将这就带着我部人马先去攻城了”。说完，他策马带着兵连夜再次攻打神策门。
这就是他们三人定下的计策。先用水师的火炮打击明军的士气，然后再用疲兵计策麻痹和扰乱明军的部署。继而发起真真假假的攻势，最后由最擅长山地作战的疾风营发起致命一击，打开南京的南门！
当邓通率领五千人来到神策门攻城时，城内已经喊杀神一片，看来一万的疾风营已经进展顺利，攻入南京城内要道。想到此，邓通大手一挥，喊道：“将士们，疾风营的战友已经先拔头筹攻入南京，咱们也不能让人看扁了！攻城！”。
东城的明军此时也军心打乱，他们已经知道南城失守的消息，他们见到东城辰军连夜卷土重来，硬着劈头迎战。可惜，这一次的登城战的第一批士兵与白天不同。
邓通将分到的两千鱼鳞铠甲第一时间就用到自己将士身上，此时，这三千将士身着重甲，交战不到一刻钟，就顺利地登上城墙。他们上墙后，列成阵势开始逆推明军。面对刀枪难以凑效的装甲的辰军，以及辰军后阵一波接一波的箭雨，明军彻底放弃了在城头交战的信心。
随着更多的士兵登上无人防守的城墙，神策门在半个时辰后告破。没有久，金川门也被攻破。
钱延年留下着五千人守着两个城门，然后带着邓通的人马入城与林宿承汇合。辰军进城后，追着明军厮杀，第一时间冲向封各个方向的军营。
......
中山门被攻破没多久，南京城的临时统帅常泰，在鄂国公府邸被吵醒。他这几他和几个文官闹得不愉快，再加上他原本就不是统兵的主将，南京守备军的几个副将也不会过于服从他的指挥。所以，常泰白天在神策门上指挥了一天，与几个副将交待了巡夜的事情，自己也没有回军营，而是回到自己的府邸。
和四方城墙的明军一样，东门的二更天的骚扰过后。鄂国公府对辰军再次袭击中山门的举动，也当成是佯攻骚扰。
周幽王烽火戏诸侯，玩的是很开心，结果犬戎真的来攻打镐京时，发出去的烽火就没人当真了。同样的道理，南京城的官员和将帅被昨天夜里的警报骚扰一阵后，今天再听到警报便以为还是骚扰。
之所以如此，除了辰军用计之外，和明军的军事素养关系非常大。这种事情，如果用在辰军、清军、关宁军这样久经沙场老兵身上就用处不大。一支成熟的军队不单在警示通讯上有明确的分类，在防区、巡逻、戒备交替等问题也成了例行规矩，绝对不会出现大喜大悲等紧张失常的情绪。从根本上讲，明军还是太娇嫩了。
结果悲剧了，当常泰披甲带着亲兵冲出府邸时，辰军已经杀到天街，整片南城的主要街道都被辰军占领，南城的军营已经失守。南城溃散的明军将士，有部分分散向东西两面逃去，大部分却直接逃入民宅里，改头换面躲起来当逃兵。
以武传家的常泰，胆气倒是过人，他大声一喝：“贼子死来！”，便带着三百亲兵连同自己的家丁就往林宿承的疾风营策马冲去。
可惜，在狭窄的街区，可供战马和士兵同时展开的兵力的数量，冲锋的人马刚好一头撞进了手持神臂弩的营队防区。一阵密集弩箭爆射后，鄂国公府的众人顿时一排接着一排倒下，战马和士兵的尸体铺满了街区。可怜鄂国公常泰，有老祖宗常遇春的万人敌的胆气，却没有常遇春那样万人敌的武技。作为首当其冲者，常泰身中十多箭倒地阵亡。
......
东门败退下来的明军倒是和其他城门的援军汇合在一起了。但是，在黑夜里失去指挥之后，兵找不到将，将也找不到自己兵；一群人凭着感觉随大流到处乱跑。
到了辰时初刻，剩余的五千多的明军被围困在城隍庙一带，被林宿承和邓通的两路人马给包围了。
随着辰军高喊：“投降不杀，缴械不少...”，明军的将士陆陆续续丢下兵器，被押送回城东的营房。此时的，明军各部营房，早已经被辰军所占领。
到了天色明亮后，南京城正式易手。两万的明军守备人马，前后累计战死七千余人，被俘虏一万余人；剩下不到两千人打开西门后，往当涂方向逃走了。
至于南京城的衙门官员，有的是躲在家里的被窝里发抖，只有五城兵马司的三百多人随着南京兵部尚书魏仲道躲进了皇宫里。至于那位守备军的副将周天祥，见大势已去，干脆主动挂起白旗归降。这位周副将的归降，倒时让辰军少了一些杀戮。