《隐秘而伟大》开头的节奏并不快。
化身为“傻瓜”的男主东九，一直没有接收到来自组织的消息，平日里通过观察，他对村庄里的所有动态都了如指掌。
收养自己的好心杂货店大婶是个抠门达人，靠收垃圾攒的钱已经存满七个存折。
自己暗恋的对象小丹，小公司副理，她的弟弟小俊正在读高中。
3个月前刚搬来的阿兰身材火辣，总喜欢“骗”自己拿烟。
小镇上还有个邮差大叔，实际上则是和自己一样身份的间谍，潜伏16年和当地人没什么区别，这也是他在此地唯一的联络人。
在一个雨夜，东九走出门外执行任务——每个月在公众面前小便，每六个月来次大便，是他的日常任务之一。
但没想到，这个画面被晚上下班回家的女神小丹撞见。
那一刻，他觉得自己的心里天都塌了。
有什么比被暗恋对象撞见自己最不堪的一面——虽然是假扮出来的，还能更让人心碎呢。
虽然以两人之间一个“傻子”，一个样貌姣好的女白领的悬殊身份，本就没有走到一起的可能，但现在基本可以说是最后一丝希望都破灭了。
自此之后，小丹便对东九有些敬而远之，但他却无可奈何。
因为自己的身份是间谍，必须维持“人设”，不能暴露身份。
前面这段剧情，整体是以轻松、搞笑为主，放映厅内不时传来观众的笑声。
座位上，金美英双手抱胸，脸色平淡地看着屏幕。
在她的视角里，这部电影的开头只能算一般，搞笑也是靠装疯卖傻、皮滚屎尿那一套，唯一有点水平的便是处理得还算自然吗，夸张搞笑之余并不会让人觉得反感，除此之外也并没有什么高明的地方。
如果只是这样的话，那便只是二流编剧的水平而已。
然而，连续合作了两部电影，金美英知道叶知秋的能力当然不止如此。
继续往下看，剧情里，男主在一次送货中，发现来了一名新租客，通过声音隐约感觉到了对方的不简单。
——这是同类的味道。
次日，很快那名房客找上门，在狭窄的房间中，两人一见面，便一言不发地大打出手。
原来，对方叫李海浪，是组织中黑龙组的组长，从前在部队中两人便是死对头，经常在训练中拼个你死我活，这次来到首尔也是为了出任务。
这段打斗中，两名角色的动作可以说是拳拳到肉、行云流水，让在场观众看得过瘾无比。
次日，出于好奇与防范的目的，东九跟踪了李海浪，却惊愕地发现对方竟然去参加了娱乐公司的歌手竞选现场。
原来他的任务是通过经纪公司海选，伪装成一名摇滚歌手，原本以为任务很简单，没想到韩国娱乐市场竞争太激烈，直接变成了地狱级难度。
得知真相后的东九也暂时放下心来，生活似乎恢复了平静。
剧情继续，原本的接线人邮差大叔因叛变返北，另一名替代者出现了，名叫李海真，是当年东九组里的组员，化身为高中生出现。
自此，三位间谍碰面，平日里偶尔聚聚会，聊聊天，仿佛真的过上了正常的生活。
然而，不出意外地，意外还是来了。
因为政治形势变幻，北方想与南方恢复良好关系，迫于压力5446秘密部队原地解散，并向所有间谍发出了最终命令——自杀。
夹在权力的博弈间，个人便是一颗随时可以被舍弃的小小的棋子。
东九无法理解这个命令，想要当面向总教官问个清楚，而此时韩国情报局也找了上来，李海真被俘。
身份暴露，间谍任务也随之结束，东九不再掩饰，没必要继续装疯卖傻，他将自己那一头遮住容貌的蘑菇头剃成干净利落的短发，决定与杂货店大婶告别。
似乎早就预料到了有这么一天，她只是说先吃饱饭，然后拿出了一直保留着的元柳焕刚来时的衣服，说口袋里放了存折就当路费。
这里，出现了整部电影中的名场面。
房间中，短发的东九脱去绿色运动服，穿上西装、变回真正的元柳焕那一刻，影厅内传出不少女观众压抑的尖叫声。
“啊~好帅！”
“哦多茄！”
“我的妈，好帅啊！”
“这反差也太大了吧！”
金钟贤本就是知名男演员，剧里前后两个形象强烈的反差感，当即便击中了不少颜值粉的心。
另一边，为了追杀未死的元柳焕等人，5446秘密部队的总教官金泰沅南下，很快便循着追踪器找到了元柳焕。
在一处破旧的建筑内，面对金泰沅，元柳焕问出了钱藏在心底已久的问题。
“我只想确认一件事，是否我接受并完成了命令，我的母亲能继续接受国家的照顾吗？”
他并非抗命，而是心底还有着最大的牵挂，便是自己11年未见的母亲，想要知晓对方的安危。
面对元柳焕的质问，教官却说他只要无条件执行命令就行，再多问一句，便立刻枪决他。
看着教官的态度，元柳焕似乎意识到了什么，可教官压根不肯正面回答，而是直接下令击杀他。
元柳焕奋起反抗，却双拳难敌四手陷入险境，所幸被赶来的李海浪所救。
随后，从背叛的邮差口中，他得知了自己母亲的处境，在他们加入秘密部队的那一刻，家人便注定了结局。
得知真相的一刻，元柳焕的精神世界崩塌了。
他不理解，自己热爱并且至死效忠的组织，竟会这样对他。
与此同时，教官带着剩余的特工追了上来，与其被当作弃子毫无意义地死去，元柳焕与李海浪决定奋力一搏。
然而，元柳焕的一招一式都是从总教官的训练而来，即便解决了所有小喽啰，他的实力依旧不敌对手，被揍得倒地不起。
此时，情报局的部队赶来，在教官即将开枪的时候，被隐藏在部队中的李海真开枪杀死。
教官仍想引爆手榴弹与三人同归于尽，被李海浪不顾一切地推下高楼。
此时，情报局的徐队长仍想对元柳焕进行劝降，面对步步紧逼，李海真让元柳焕先跑自己做掩护，可此时已经没什么好失去的元柳焕，似乎已经找不到求生的意义了。
无论李海真怎么劝说，他都无法从中自拔出来，直到他看到临走前大婶塞在他衣服里的存折。
看着每个月大婶给他存的钱，起初用的名是“傻东九”，后来改成“小儿子东九”，而后每一笔都标注了用途，甚至连他以后结婚需要用的钱都想好了。
原来，在这段时间的相处中，大婶早已把东九当成了儿子。
这一刻，元柳焕再也压制不住心里的悲伤，泪水流得一塌糊涂。
他潜伏在异国观察，却被他所监视的目标所关怀，平日里抠门、连病都舍不得去看的婆婆，却将爱都给了他。
在生命的最后一刻，他只想回到那个杂货店，可是一切都太迟了。
为了完成最后的使命、不背负叛国的罪名，不连累村子里的人，元柳焕和李海真最终殉身，死在了枪林弹雨之下。
影片的最后，画面转换。
在村庄的街道上，似乎总会出现过曾经东九的身影，大婶回到她最初遇到东九的地方，在那里挂着一张她和东九的全家福。
相册的背后，完整地写着东九留下来的一段话。
“母亲，请您保重身体，您的傻儿子东九。”