在崇祯皇帝大规模清除魏党余孽的过程中，崇祯皇帝却轻轻地放过了一个人，他就是驻扎在东江镇的毛文龙。崇祯皇帝并不愚蠢，他知道毛文龙的东江镇对于后金军队有着很大的威胁。
而东江镇的建立，几乎都是在毛文龙的操办之下一手建立的，所以在东江镇几万的军民的心中，毛文龙的威望是很高的。因此，崇祯皇帝不仅没有罢免毛文龙的官职，甚至连天启皇帝赐予毛文龙的尚方宝剑都没有收回去。
要知道，为了支持袁崇焕在辽东的事权统一，崇祯皇帝除了赐予袁崇焕尚方宝剑以外，其他将领手中的尚方宝剑，都给崇祯皇帝收了回来。
可是崇祯皇帝放过了毛文龙这个魏党余孽，东林党人就不会放过他了。什么国家兴亡的，和党派斗争的大事相比，那绝对是无足轻重的事。国家的大利益应该服从我们东林党的小利益嘛！
由此可以看出来，不要看东林党和魏党斗的是你死我活的，其实他们都是一丘之貉，完全是天下乌鸦一般黑。而相对来说，站在皇帝这一边的魏党的行为，倒反而是符合皇帝的利益的。
而这时候，拥有东林党背景的袁崇焕又到了辽东成为了督师。比较好笑的是，袁崇焕和魏党和东林党都有关系，哪一个党派得势，袁崇焕就变换成为这个党派的人，他是一点儿也不吃亏。
袁崇焕到了辽东以后，除了平息讨饷兵变的事务，他开始要进行完全掌握辽东权力的步伐啦。
这时候的辽东，除了东江镇的毛文龙以外，影响力和权力最大的武官有这么几个：祖大寿、赵率教、何可纲和满桂。他们都是老督师孙承宗留下来的人，因为孙承宗是东林党人，所以这些武官应该都是和现在的袁崇焕是一个派系的，也应该和袁崇焕有着共同语言的。
可是其中的满桂是个例外，他也是一个蒙古族人，所以满桂的性子是比较的直的。在前面我们已经说过了，辽东的武官对袁崇焕以前的功劳都有些不以为然。
而其他武官心里虽然这么想，但在表面上都没有表露出来。而满桂面对着袁崇焕的时候，基本上就是小胡同里赶猪——直来直去了。这样一来，可以想象得出袁崇焕和满桂这俩人之间的关系来。
不过，满桂也并不是完全缺心眼。当他知道袁崇焕又来辽东当督师以后，满桂立刻主动上书朝廷，要求调任。而熟悉袁崇焕和满桂关系不和的朝廷官员，也满足了满桂的要求。把满桂调任为大同总兵。
就这样，袁崇焕兵不刃血地达到了安内的目的，他在掌握权力的过程中，开始要攘外了。
袁崇焕首先在军饷和供养上，开始卡毛文龙的东江军了。那毛文龙当然是不会买账，他一边和袁崇焕据理力争，一边又威胁袁崇焕：如果袁崇焕再不给东江镇送来足够的军饷和给养的话，毛文龙将会带着军队到山东的登莱地区直接去强。
本来袁崇焕就是来收拾毛文龙的，他怎么会被毛文龙这两句威胁话给吓倒呢？于是，袁崇焕继续不供应毛文龙东江军的军饷和供养。
那毛文龙的匪性就上来了，他竟然真的带领军队，渡海到登莱地区去抢了。这个行动，一下子让一直以自我为中心的袁崇焕压不住火气了。
而毛文龙这次到登莱抢劫的事，也让登莱的老百姓对东江军是深恶痛绝。在以后，登莱老百姓的这种态度，将会引起一次影响明朝政局的大事件。在这里就暂时不提了。
这时的袁崇焕感到：如果自己要在辽东完全掌握权力，就一定要把毛文龙这个眼中钉从自己眼皮子底下给拔去。
因此，袁崇焕于崇祯二年五月二十九日乘船到达了皮岛和毛文龙见面。到了六月初四，袁崇焕先发了饷银十万两给予东江军的武官和兵丁。接着，袁崇焕就命令毛文龙准备收复镇江旅顺。
可对于这个不合理的命令，毛文龙怎么会同意呢？毛文龙的东江军是敌后游击队，并不是正规军。骚扰牵制后金军队是可以做到的，直接和后金军队对抗，那就是完全找死的行为了。
于是，袁崇焕就劝告毛文龙，让他就不要占着茅坑不拉屎啦，早点辞官回家乡养老吧。这也是袁崇焕给毛文龙最后的机会。
可是，毛文龙又直接拒绝了袁崇焕的劝告。在毛文龙的想法中，自己有东江军这么强大的武力，袁崇焕也奈何不了自己的。但是，毛文龙压根就没有想到：袁崇焕是这么一个胆大妄为的人。
第二天六月初五，袁崇焕把毛文龙和东江军主要武官传唤到自己的大帐中。他拿出了尚方宝剑，宣布了毛文龙的罪行以后，立刻把毛文龙给斩首示众了。
那毛文龙根本就没有什么心理准备，就这么糊里糊涂地被袁崇焕给杀了。而东江军的那些武官，看到了袁崇焕拿出来的尚方宝剑，还以为是崇祯皇帝交待袁崇焕来杀毛文龙的，所以也就眼睁睁地看着自己的主帅被袁崇焕给杀了。
接下来，袁崇焕也做了一些发放军饷，指定东江军继任指挥，甚至还上演了诸葛亮哭周瑜灵的戏码，以此来安抚东江军。而从表面上来看，东江军也暂时安稳了下来。
不过，在东江军的武官心中，却对袁崇焕杀毛文龙的行为有了深深的恐惧和提防。功勋卓着的毛文龙都可以被袁崇焕轻易地杀死，那么他们这些小武官将来的日子也肯定会不好过的。
在将来的日子里，东江军中大批的武官和兵丁叛变，投奔到了皇太极的后金去。不过，虽然他们的行为也是有情可原的，但是只要是汉奸，那就是最最最让人给唾弃的。不管这些汉奸有多少了不起的理由。
毛文龙这个人，具有明朝当时武官的一切恶习，甚至还有些变本加厉。如果放在道德的法**，确实杀他十次头，也不算是冤枉他。
可是，毛文龙的东江军牵制了后金四分之一，也就是两旗的兵力。再加上东江镇的地理环境，正是辽东被后金俘获的汉民逃亡的要道。
我们已经知道，后金掌权的熟女真是以耕种粮食为主的。他们在以前基本上是把俘获的汉民当作奴隶，为他们耕种粮食用的，
而大批汉民逃亡以后，一些熟女真的壮劳力就不得不亲自耕种粮食，这也变相地消弱了后金军队的实力。因此，毛文龙的东江军在实际上牵制的后金兵力还要更多。光凭着这一点，毛文龙就可以一俊遮百丑啦。
再说，毛文龙的东江军，是由他带领着二百名兵丁发展到现在的几万军民的，毛文龙也确实是一个极有能力的将领。而他对明朝朝廷也是忠心耿耿的，也积极地和后金军队作战的。
这样的一个将领，袁崇焕说杀就杀，那不是完完全全地自毁长城吗？另外，袁崇焕诛杀毛文龙的行为，也是一个极其严重的违法行为。
袁崇焕手中有尚方宝剑，毛文龙手中也有天启皇帝赐予的尚方宝剑，所以，袁崇焕根本没有权力来杀毛文龙。之所以最后顺利地诛杀了，只是袁崇焕谎称这是崇祯皇帝的命令。这不就是扎扎实实的假传圣旨吗？
而当袁崇焕诛杀毛文龙的行为传到京城，崇祯皇帝是大惊失色。在崇祯皇帝的心中，是很清楚毛文龙在辽东的作用的。因此，崇祯皇帝也根本就没有想去清除毛文龙，甚至连毛文龙手中的尚方宝剑也没有收回。
但是崇祯皇帝想到了袁崇焕——五年平辽的誓言，又在身边那些东林党大臣的劝说之下，凭着疑人不用，用人不疑的原则，崇祯皇帝还是选择了支持袁崇焕。
崇祯皇帝在袁崇焕上呈的诛杀毛文龙原因的奏章的批复中，肯定了袁崇焕诛杀毛文龙的行为，先从法理上，堵住了袁崇焕假传圣旨的漏洞。并且下令有司抓捕毛文龙的余党。以此来维护袁崇焕的权威。
甚至当袁崇焕要求朝廷增发军饷，来安稳东江军军心的这个要求上，崇祯皇帝也捏着鼻子认了。同样满足了袁崇焕的要求。可是，袁崇焕的这个行为，已经在崇祯皇帝的心中深深地扎下了一根刺。
而当袁崇焕诛杀毛文龙，传到盛京的皇太极耳中时，皇太极是仰天长笑。皇太极根本就没有想到，扎在后金腰上的那两根刺，就这么轻易地给解决了。而其中毛文龙的这根刺竟然是给明朝官员自己给拔去的。
现在的后金军队，因为没有了东西两边的威胁，是完全放开了手脚。而在皇太极的心中，他终于可以开展和明朝作战的大战略了。